genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  83  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12373819--12373871	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
12373884--12374347	158	2.9	158	78	8	476	19	28	29	23	1.98
12374319--12374371	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12375533--12375585	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12376754--12376806	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12377214--12377637	159	2.7	157	79	5	435	19	27	29	23	1.98
12377818--12377867	26	1.9	26	95	0	91	26	30	18	26	1.98
12378163--12378214	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
12384796--12384846	26	2.0	26	92	0	84	33	27	13	25	1.94
12384893--12385322	159	2.7	157	80	3	468	18	29	29	22	1.97
12384820--12385321	158	3.2	158	77	5	494	20	28	28	21	1.98
12385295--12385347	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12385491--12385543	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
12385520--12386017	158	3.2	155	74	7	439	19	27	29	23	1.98
12385994--12386043	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
12386956--12387008	26	2.0	26	85	7	72	22	24	24	28	2.00
12386660--12387180	196	2.7	196	86	0	709	20	27	29	22	1.98
12387976--12388013	19	2.0	20	84	5	51	50	13	10	26	1.73
12388489--12388523	12	2.9	12	95	0	61	34	25	34	5	1.80
12388668--12389164	158	3.1	156	73	6	444	19	26	29	24	1.98
12388988--12389349	184	2.0	184	82	2	449	20	25	28	25	1.99
12389507--12389557	26	2.0	26	92	0	84	29	31	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12390218--12390270	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12391873--12391923	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
12392487--12392532	19	2.4	19	92	0	74	30	26	41	2	1.68
12393225--12393274	26	1.9	26	92	8	84	24	28	20	28	1.99
12393387--12394572	159	7.3	160	72	11	471	19	27	30	23	1.98
12393167--12394256	502	2.2	502	83	2	1337	19	26	30	23	1.98
12394541--12394596	26	2.2	26	93	0	94	26	23	19	30	1.98
12395460--12395512	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
12396183--12396270	24	3.5	24	85	11	131	37	17	12	32	1.87
12396192--12396273	28	3.1	28	82	13	127	42	14	13	29	1.84
12397749--12397801	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12397775--12398163	159	2.4	159	76	5	401	19	25	30	23	1.98
12398251--12398303	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12398316--12398630	171	1.8	172	81	3	393	19	26	31	22	1.98
12398620--12398672	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12398804--12398856	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
12399523--12399574	25	2.0	26	85	3	70	30	26	17	25	1.97
12407191--12407652	159	2.9	157	78	3	469	17	28	31	22	1.97
12407150--12407651	158	3.2	155	77	6	506	18	27	30	22	1.98
12407816--12407873	26	2.2	26	81	0	71	25	27	20	25	1.99
12408887--12408939	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12409231--12409281	26	2.0	26	92	7	86	31	21	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12409951--12410029	26	3.0	26	96	0	140	26	30	20	22	1.98
12410323--12410375	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12411062--12411564	159	3.2	158	75	3	490	20	27	29	22	1.98
12411538--12411590	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
12411734--12411786	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
12411429--12411884	196	2.3	197	85	3	596	23	27	27	21	1.99
12411627--12412614	532	1.8	532	81	6	1203	22	27	27	22	1.99
12412502--12413005	158	3.2	157	76	8	511	18	26	31	23	1.98
12414878--12414930	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12415377--12415429	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
12415219--12415772	184	3.0	182	81	2	606	20	27	28	23	1.99
12417108--12417610	159	3.2	156	74	5	463	19	27	30	22	1.98
12417584--12417635	26	2.0	26	88	0	77	26	25	17	30	1.97
12418570--12418622	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12419568--12419640	26	2.8	26	95	0	128	28	21	17	31	1.97
12420173--12420225	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
12420585--12420639	21	2.6	21	94	0	92	18	14	43	23	1.87
12421200--12421254	11	5.0	11	84	0	74	20	25	34	20	1.96
12421200--12421254	22	2.5	22	93	0	92	20	25	34	20	1.96
12421859--12422361	159	3.2	158	77	7	442	19	28	30	22	1.98
12422176--12422925	184	4.0	184	79	7	738	21	25	28	24	1.99
12422176--12422925	196	4.0	183	78	8	634	21	25	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12423059--12423109	26	2.0	26	92	7	86	31	23	15	29	1.95
12424263--12424315	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12425341--12425393	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12425683--12426049	185	2.0	184	85	1	502	19	25	30	25	1.98
12426196--12426247	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
12426222--12426721	159	3.2	156	76	9	440	19	26	30	23	1.98
12426696--12426748	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
12427420--12427471	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
12427533--12427828	159	1.9	159	83	2	389	18	29	28	22	1.98
12427935--12427984	26	2.0	25	88	4	73	30	28	16	26	1.96
12428301--12428348	25	1.9	25	91	0	78	25	29	20	25	1.99
12429193--12429243	26	2.0	26	84	0	66	29	27	15	27	1.96
12430405--12430454	26	1.9	26	87	0	73	26	28	18	28	1.98
12431343--12431395	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
12432337--12432389	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
12433093--12433525	159	2.7	158	77	4	476	19	28	30	20	1.97
12433093--12433589	159	3.2	159	75	7	473	19	28	30	21	1.98
12433950--12434002	26	2.0	26	89	7	81	24	24	18	32	1.97
12433976--12434474	159	3.1	157	74	7	443	20	27	28	22	1.99
12434457--12434509	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12434815--12434867	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
12436039--12436091	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12435244--12436814	721	2.2	722	90	1	2465	26	23	22	26	2.00
12436760--12436812	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12436835--12437187	157	2.2	159	74	3	334	20	25	28	25	1.99
12437906--12438407	158	3.2	156	72	8	422	21	26	28	23	1.99
12438381--12438440	26	2.3	26	97	0	111	28	23	20	28	1.99
12439578--12439630	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
12439946--12439997	26	2.0	26	85	7	70	26	21	21	30	1.98
12441163--12441215	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12441547--12441596	26	1.9	26	92	8	84	24	26	22	28	1.99
12442046--12442098	26	2.0	26	89	7	81	24	22	24	28	2.00
12442255--12442307	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12442281--12442621	159	2.2	158	82	4	409	17	27	30	24	1.97
12443736--12443791	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
12444317--12444366	26	2.0	25	88	4	73	28	22	18	32	1.97
12444611--12444663	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12444736--12445148	168	2.5	164	78	10	384	21	26	27	23	1.99
12445120--12445172	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12445146--12445648	158	3.2	158	75	7	507	19	28	29	23	1.98
12446211--12446968	159	4.7	160	74	6	582	18	27	30	22	1.98
12447279--12447331	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12447952--12448004	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12449924--12449976	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12450030--12450237	103	2.0	103	88	1	310	17	30	25	26	1.98
12450564--12450616	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
12450907--12450958	26	2.0	26	88	7	79	32	25	17	25	1.97
12451627--12451679	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12451738--12452155	159	2.6	157	78	5	405	18	29	28	23	1.98
12452127--12452178	25	2.0	26	85	10	72	32	25	13	28	1.93
12453421--12453901	159	3.0	158	80	4	538	17	26	30	24	1.97
12453400--12453901	158	3.2	157	78	4	526	18	26	30	24	1.98
12453875--12453927	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
12454255--12454307	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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