genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  272  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271275--26271327	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
26272023--26272466	159	2.8	158	78	3	426	23	30	26	19	1.98
26272496--26272548	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
26272588--26272613	13	2.0	13	100	0	52	23	15	53	7	1.67
26272314--26273665	367	3.7	363	79	5	1351	23	28	26	21	1.99
26273585--26273637	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
26274333--26274628	159	1.9	159	79	8	334	25	30	26	17	1.98
26274978--26275032	24	2.3	24	90	0	92	14	43	18	23	1.87
26275212--26275263	26	2.0	26	96	0	95	25	15	21	38	1.92
26276255--26277245	368	2.7	356	81	4	1071	23	28	27	20	1.99
26277169--26277222	26	2.0	27	85	3	74	25	18	25	29	1.98
26278226--26278278	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26278377--26278408	12	2.7	12	95	0	55	15	43	15	25	1.86
26278751--26278803	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26279119--26279171	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
26279842--26279894	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26280357--26280409	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
26279813--26280763	515	1.8	514	87	4	1423	24	28	27	19	1.99
26280858--26280910	26	2.0	26	88	0	79	22	16	28	32	1.96
26281213--26281265	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26281054--26281487	182	2.4	183	84	2	541	22	26	28	22	1.99
26282102--26282157	26	2.2	26	87	6	78	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26282956--26283008	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26282421--26283401	355	2.7	359	84	4	1226	23	29	27	20	1.98
26283311--26283363	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26285181--26285233	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
26285928--26286357	159	2.7	158	76	5	427	22	29	28	19	1.98
26285929--26286430	158	3.2	156	74	6	449	22	29	27	21	1.99
26286404--26286456	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26286772--26286824	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
26286220--26287940	355	4.8	365	80	4	1641	23	28	26	21	1.99
26287139--26287189	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
26287494--26287546	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
26287849--26287904	26	2.2	26	93	0	94	26	16	26	30	1.96
26289060--26289110	26	2.0	26	84	0	66	27	11	29	31	1.92
26288876--26289875	367	2.7	365	80	4	1087	23	28	26	20	1.99
26289794--26289846	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26288876--26289897	368	2.8	365	79	3	1102	24	28	26	20	1.99
26290431--26290460	11	2.7	11	100	0	60	10	36	26	26	1.88
26290845--26291484	354	1.8	355	84	3	878	24	30	25	19	1.98
26291392--26291442	26	2.0	26	84	7	68	29	13	25	31	1.94
26292113--26292165	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26292630--26292682	26	2.0	25	85	7	70	26	15	24	33	1.95
26292950--26292997	21	2.3	21	100	0	96	14	43	18	22	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26293006--26293057	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
26293392--26294249	367	2.4	368	79	6	901	23	27	27	21	1.99
26295205--26295254	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
26294207--26295582	356	3.8	355	76	5	1255	22	27	26	22	1.99
26295797--26295849	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26296292--26296378	33	2.6	33	100	0	174	20	13	33	32	1.92
26297020--26297072	26	2.0	26	92	0	88	22	18	28	30	1.98
26298478--26298556	26	3.0	26	92	3	133	27	20	25	26	1.99
26299144--26299195	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
26299002--26299353	184	1.9	183	81	2	429	22	26	27	23	1.99
26299170--26299670	157	3.2	157	74	7	465	23	29	26	20	1.99
26300012--26300064	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
26299450--26300485	367	2.8	365	84	3	1303	23	29	27	19	1.99
26300379--26300431	26	2.0	26	85	0	70	26	15	30	28	1.96
26300833--26301374	158	3.4	154	73	8	471	23	29	27	19	1.99
26301360--26301386	13	2.1	13	100	0	54	22	22	48	7	1.75
26301309--26302099	368	2.2	366	80	4	896	24	27	25	21	1.99
26302972--26303050	26	3.0	26	96	0	140	25	20	27	26	1.99
26303368--26303418	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
26304034--26304493	158	2.9	158	74	4	433	25	30	25	18	1.98
26304480--26304532	26	2.0	26	82	7	63	28	16	26	28	1.97
26304295--26305319	367	2.8	355	80	5	1075	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26305215--26305267	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26305964--26306794	158	5.2	157	75	7	659	23	31	26	18	1.98
26306400--26306719	171	1.9	171	84	2	437	22	31	27	19	1.98
26305963--26306794	317	2.6	316	79	6	884	23	31	26	18	1.98
26306768--26306818	26	2.0	26	100	0	102	23	19	29	27	1.98
26306439--26307573	356	3.2	352	82	4	1279	22	27	27	21	1.99
26307124--26307174	26	2.0	26	88	0	75	27	15	27	29	1.96
26307493--26307543	26	2.0	26	92	0	84	27	15	29	27	1.96
26307925--26307977	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
26308209--26308260	25	2.0	26	88	3	79	25	17	26	30	1.97
26309303--26309355	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
26309341--26309998	341	1.9	341	85	2	901	24	31	25	18	1.98
26310003--26310053	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
26311034--26311086	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
26312864--26313331	159	2.9	158	75	4	359	22	29	28	18	1.98
26313200--26313544	184	1.9	184	86	1	494	22	30	26	20	1.98
26312846--26313988	500	2.3	501	81	2	1339	24	28	26	20	1.99
26314196--26314251	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
26314963--26315454	158	3.1	158	76	7	426	24	30	26	18	1.98
26315428--26315483	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
26315697--26316069	159	2.4	159	78	8	384	24	29	27	18	1.98
26315941--26316389	184	2.4	183	82	4	476	26	28	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26316284--26316336	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26317426--26317478	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26318109--26318161	26	2.0	26	89	7	81	24	13	28	33	1.93
26319199--26319700	158	3.2	156	75	6	474	22	31	26	19	1.98
26320042--26320094	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
26320765--26320817	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26321255--26321307	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26321624--26321676	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26326471--26326523	26	2.0	26	85	7	72	26	16	24	32	1.97
26325312--26326794	684	2.2	684	81	3	1700	24	29	26	19	1.99
26327430--26327482	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26327490--26327531	21	2.0	21	90	0	66	38	30	21	9	1.85
26327635--26327978	159	2.2	158	81	4	397	23	32	26	17	1.96
26328320--26328372	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
26329042--26329091	26	1.9	26	84	8	66	28	16	24	32	1.96
26329067--26329499	159	2.7	158	78	5	437	23	30	27	18	1.98
26329898--26329950	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26333547--26333599	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26333731--26333783	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26334524--26334576	26	2.0	26	88	0	79	24	20	24	30	1.99
26334653--26334705	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26334995--26335045	26	2.0	26	96	0	93	25	17	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26336807--26336859	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26337289--26337341	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26338528--26338580	26	2.0	26	85	0	70	24	22	26	26	2.00
26338900--26338950	26	2.0	26	92	0	84	27	23	25	23	2.00
26338337--26339636	367	3.6	363	81	4	1367	23	28	26	21	1.99
26339264--26339314	26	2.0	26	92	0	84	31	15	23	29	1.95
26339468--26339962	159	3.1	157	75	7	478	23	28	27	20	1.99
26340292--26340340	25	1.9	26	88	12	75	30	16	26	26	1.97
26339755--26340619	354	2.4	354	80	4	1008	22	29	27	20	1.99
26340751--26341680	346	2.7	346	79	5	948	23	28	25	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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