genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  111  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14572541--14572593	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14572725--14572777	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14572467--14573500	184	5.6	184	76	10	786	20	27	27	23	1.99
14572922--14572974	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
14572638--14573143	197	2.6	195	87	1	735	20	27	27	24	1.99
14573292--14573341	26	1.9	26	91	0	82	26	28	22	24	1.99
14573790--14573841	26	2.0	25	88	3	77	25	21	23	30	1.99
14574195--14574247	26	2.0	26	85	0	70	32	24	16	26	1.97
14577378--14577430	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14577889--14577941	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14578083--14578115	11	3.0	11	95	0	57	18	30	27	24	1.98
14578735--14578786	26	2.0	26	85	7	70	30	17	19	32	1.95
14579231--14579286	26	2.2	26	83	0	67	25	19	23	32	1.98
14580839--14580890	25	2.0	26	92	3	88	25	21	28	25	1.99
14581522--14581574	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
14581732--14581783	26	2.0	25	88	3	77	30	19	21	28	1.97
14581757--14582249	159	3.1	159	75	6	374	23	29	27	19	1.98
14582233--14582285	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
14582955--14583007	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
14583463--14583995	158	3.4	157	74	6	502	22	29	26	21	1.99
14583969--14584021	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14584395--14584957	159	3.6	157	77	7	559	23	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14585554--14585606	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14585579--14586073	158	3.1	158	76	6	408	23	30	27	18	1.98
14586055--14586107	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14586778--14586830	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14586803--14587239	157	2.8	155	79	6	459	23	30	27	18	1.98
14587642--14587694	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
14587273--14587948	366	1.9	354	80	6	795	22	29	29	18	1.98
14587668--14588163	159	3.1	157	76	7	419	21	30	28	19	1.98
14588879--14589378	159	3.2	157	77	6	438	22	30	27	19	1.98
14589352--14589404	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14589582--14590075	159	3.1	157	79	4	526	21	30	27	19	1.98
14590049--14590101	26	2.0	26	89	7	81	26	22	28	22	1.99
14590764--14590817	26	2.0	27	86	10	76	27	18	25	27	1.98
14590789--14591271	158	3.1	157	77	3	511	21	31	28	19	1.97
14591663--14592669	342	2.9	342	85	2	1369	22	30	28	19	1.98
14592711--14593071	160	2.3	158	79	3	377	26	28	25	19	1.99
14593186--14593238	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14593899--14593951	26	2.0	26	85	7	72	30	24	20	24	1.99
14593739--14594109	185	2.0	184	82	1	456	23	29	26	20	1.99
14593924--14594370	159	2.8	157	80	4	497	22	29	28	19	1.98
14594400--14594452	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
14594241--14594600	184	2.0	184	88	0	531	23	29	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14594426--14594926	158	3.2	157	78	7	509	22	30	28	18	1.98
14593700--14595015	500	2.6	498	85	3	1651	22	29	28	19	1.98
14594900--14594952	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14595658--14596274	157	3.9	159	79	5	608	21	30	28	18	1.97
14595658--14596251	315	1.9	314	80	4	696	21	30	29	18	1.97
14596289--14596341	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14596643--14596695	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14595973--14596766	354	2.3	354	83	6	1000	21	28	29	19	1.98
14597390--14598009	158	3.9	158	83	3	719	20	31	28	18	1.96
14597390--14598009	317	2.0	316	82	3	755	20	31	28	18	1.96
14598024--14598076	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
14597707--14598669	356	2.7	341	80	8	1072	21	30	29	18	1.97
14598418--14598858	159	2.8	158	78	4	483	22	31	28	18	1.97
14603048--14603100	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14603258--14603757	157	3.2	156	75	5	470	24	30	26	18	1.98
14603218--14603686	157	3.0	158	76	4	478	24	31	27	17	1.97
14603731--14603783	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
14607407--14607910	159	3.2	158	76	6	396	23	30	26	19	1.98
14608606--14608658	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14608631--14609133	158	3.2	158	72	8	385	23	30	27	18	1.98
14609109--14609159	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
14609513--14609948	159	2.7	158	74	7	412	25	29	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14610671--14610720	26	1.9	26	88	8	75	34	8	22	36	1.83
14610697--14611195	159	3.2	156	75	7	378	22	28	28	20	1.99
14611170--14611221	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
14611194--14611561	171	2.2	168	80	5	400	21	29	27	21	1.99
14611535--14611587	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
14613031--14613081	26	2.0	26	88	7	77	25	13	31	29	1.94
14614114--14614166	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
14613932--14614898	355	2.7	351	78	9	1001	23	28	27	20	1.99
14614246--14614892	356	1.8	355	86	3	933	23	29	26	21	1.99
14614812--14614864	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14616036--14616086	26	2.0	26	84	0	66	29	17	25	27	1.98
14616429--14617050	158	3.9	157	77	4	525	23	31	26	18	1.97
14617061--14617113	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
14617298--14617797	158	3.2	157	75	7	436	24	27	26	21	1.99
14618524--14618957	159	2.7	158	82	4	509	22	31	28	17	1.96
14618994--14619046	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
14619420--14619718	152	2.0	153	94	0	528	38	17	15	29	1.90
14619776--14619812	1	37.0	1	100	0	74	100	0	0	0	0.00
14620140--14620189	20	2.5	20	90	3	73	24	26	28	22	1.99
14620332--14620381	26	2.0	25	92	4	82	34	18	10	38	1.84
14620746--14620855	4	26.8	4	68	23	52	67	3	0	28	1.14
14620759--14620891	3	43.3	3	68	27	52	65	3	1	29	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14620747--14620810	14	4.6	14	76	23	55	68	1	0	29	0.99
14620746--14620881	11	12.2	12	68	24	61	66	3	1	28	1.18
14621077--14621157	1	81.0	1	73	0	54	6	0	8	85	0.75
14621077--14621157	15	5.1	16	78	16	71	6	0	8	85	0.75
14621076--14621157	14	5.8	14	78	19	66	7	0	8	84	0.79
14621076--14621121	23	2.0	23	95	0	83	13	0	6	80	0.89
14621083--14621154	8	8.8	8	77	11	74	5	0	9	84	0.76
14621083--14621157	24	3.1	24	83	10	91	5	0	9	85	0.74
14621106--14621155	9	5.7	9	83	11	68	2	0	10	88	0.61
14621166--14621946	41	18.9	39	89	7	1033	37	21	17	23	1.94
14623073--14623097	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
14623133--14623187	8	7.1	8	79	4	51	3	14	0	81	0.82
14623152--14623189	10	3.6	10	86	13	58	0	10	0	89	0.49
14623152--14623205	11	4.7	11	86	6	72	1	14	0	83	0.73
14623135--14623212	26	3.2	25	77	15	81	5	15	0	79	0.90
14623152--14623212	12	5.3	11	83	14	61	3	14	0	81	0.80
14626893--14627512	156	3.9	156	95	2	1071	38	17	14	29	1.90
14627561--14627603	1	43.0	1	100	0	86	100	0	0	0	0.00
14628927--14628979	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14629687--14629730	21	2.1	21	100	0	88	18	9	50	22	1.75
14629809--14629864	26	2.2	26	87	6	78	33	21	17	26	1.96
14630008--14630060	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14630165--14630503	183	1.9	183	81	5	418	21	26	29	23	1.99
14630709--14631072	158	2.3	158	80	5	376	20	24	29	25	1.99
14631046--14631098	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
14631241--14631293	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
14632331--14632823	158	3.1	158	71	8	444	20	27	29	22	1.98
14633494--14633853	158	2.3	158	82	1	427	20	26	27	24	1.99
14633827--14633878	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
14633669--14634025	184	1.9	184	82	3	441	22	26	27	24	2.00
14634510--14634562	26	2.0	26	89	7	81	28	30	18	22	1.98
14635899--14635948	26	1.9	26	92	8	84	34	22	12	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402