genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  293  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27833958--27834013	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
27834649--27834701	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
27835029--27835081	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
27835055--27835463	159	2.6	159	76	7	355	25	30	26	18	1.98
27836752--27836804	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27838039--27838091	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27838064--27838496	159	2.7	158	75	7	412	23	29	27	18	1.98
27839178--27839574	160	2.5	159	81	2	474	21	31	27	19	1.97
27839584--27839636	26	2.0	26	88	0	79	24	18	28	28	1.98
27840297--27840347	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
27841051--27841544	159	3.1	156	77	4	504	22	29	27	20	1.98
27841518--27841570	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27841201--27842133	515	1.8	514	83	1	1249	22	28	28	20	1.98
27842918--27842958	21	2.0	21	90	0	64	31	43	4	19	1.72
27843120--27843172	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27844356--27844408	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27844540--27844592	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27843477--27845469	903	2.2	902	86	2	2791	25	24	24	25	2.00
27845259--27845311	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27845284--27845722	159	2.8	158	79	4	483	24	30	26	18	1.98
27845760--27845812	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
27845601--27846070	184	2.6	183	83	3	523	23	27	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27845946--27845996	26	2.0	26	84	7	68	27	17	27	27	1.98
27847526--27847577	26	2.0	26	92	7	88	28	19	21	30	1.97
27848142--27848194	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27848643--27848695	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27848811--27849302	159	3.1	159	77	4	537	21	29	29	19	1.98
27848852--27849353	158	3.2	158	77	4	512	23	28	28	19	1.98
27849327--27849379	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27849678--27849730	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
27850943--27851399	158	2.9	158	77	4	402	22	32	27	17	1.96
27851418--27851467	26	2.0	26	88	4	75	26	18	28	28	1.98
27851801--27852224	159	2.7	156	79	5	424	24	31	26	17	1.97
27851875--27852366	159	3.1	155	76	7	445	22	32	27	17	1.97
27852269--27852515	123	2.0	123	88	0	368	27	21	34	16	1.95
27853113--27853615	158	3.2	157	73	10	427	22	27	28	21	1.99
27853591--27853642	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
27854527--27854579	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
27855031--27855083	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
27855705--27855757	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27855730--27856176	158	2.8	159	83	1	486	24	31	26	17	1.97
27856208--27856261	26	2.1	26	96	0	99	29	18	24	27	1.98
27856443--27857050	158	3.8	158	80	4	483	24	31	26	17	1.97
27856443--27857036	316	1.9	316	81	2	717	24	31	26	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27857543--27857913	159	2.3	159	80	1	352	23	29	27	19	1.98
27855731--27858364	874	3.0	864	83	2	3011	23	29	26	19	1.99
27857950--27857999	26	1.9	26	91	0	82	26	24	28	22	1.99
27859047--27859509	159	2.9	158	85	2	572	21	31	28	17	1.96
27859522--27859600	26	3.0	26	88	0	86	26	21	25	26	1.99
27860603--27860655	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
27861104--27861153	26	1.9	26	88	8	75	30	18	26	26	1.98
27861953--27862003	26	2.0	26	88	7	77	33	13	25	27	1.94
27862375--27862876	159	3.2	158	78	3	517	22	29	27	20	1.98
27863572--27863624	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
27864136--27864559	158	2.7	158	78	5	453	23	29	27	19	1.99
27864206--27865079	439	2.0	438	84	1	1133	24	27	27	20	1.99
27865004--27865056	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27865029--27865339	159	2.0	158	80	4	358	26	30	26	17	1.97
27865349--27865399	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
27866187--27866238	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
27866364--27866804	158	2.8	158	79	7	457	24	31	26	17	1.97
27867526--27867578	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27868747--27868799	26	2.0	26	85	7	72	32	18	18	30	1.96
27868772--27869187	158	2.6	158	83	2	523	23	31	28	17	1.97
27869285--27869573	158	1.8	158	82	1	373	24	31	26	17	1.97
27869602--27869680	26	3.0	26	98	0	149	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27869825--27869877	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
27870328--27870379	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
27869852--27871074	674	1.8	672	85	3	1737	22	28	27	21	1.99
27871000--27871053	26	2.1	26	86	6	74	24	18	27	29	1.98
27871179--27871231	26	2.0	26	85	7	72	33	22	15	28	1.94
27871204--27871499	159	1.9	158	84	0	394	21	29	28	20	1.98
27871204--27871548	159	2.2	158	81	2	388	22	28	27	21	1.99
27871903--27871955	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27871928--27872302	158	2.4	158	82	4	461	24	29	27	18	1.98
27871928--27872350	158	2.7	155	79	6	433	24	29	28	18	1.98
27872361--27872413	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27879005--27879467	156	2.9	157	77	4	430	23	29	26	19	1.99
27879485--27879566	26	3.2	26	94	0	146	23	12	35	29	1.91
27880771--27881111	171	2.0	171	79	4	375	22	29	28	19	1.98
27880544--27881245	367	1.9	353	79	6	757	23	28	27	20	1.99
27881115--27881480	158	2.3	158	77	4	371	25	29	26	19	1.98
27882274--27882326	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27882299--27882668	158	2.3	158	78	5	388	24	28	26	21	1.99
27882299--27882726	159	2.7	157	75	6	407	23	28	28	19	1.98
27883491--27883541	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
27883992--27884047	26	2.2	26	87	6	78	25	14	26	33	1.94
27884358--27884409	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27884858--27884910	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
27885579--27885631	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27885918--27886557	353	1.8	353	83	3	849	23	28	27	20	1.99
27886434--27886485	26	2.0	25	89	10	79	28	21	23	26	1.99
27886275--27886643	183	2.0	184	84	2	483	24	28	26	21	1.99
27886932--27886984	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
27887654--27887706	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27888016--27888068	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27888504--27888556	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
27889220--27889272	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27889245--27889587	158	2.2	157	80	5	363	23	30	27	18	1.98
27890209--27890545	59	5.8	58	88	6	450	33	13	7	45	1.72
27890587--27890641	17	3.2	17	87	5	76	81	1	5	10	0.92
27890586--27890645	11	6.1	10	72	16	54	81	1	5	11	0.91
27890588--27890640	27	2.0	27	85	7	72	81	1	5	11	0.94
27890589--27890653	17	3.9	16	78	8	60	80	1	6	12	0.97
27890678--27890721	10	4.1	11	80	13	56	77	2	2	18	0.98
27890678--27890721	22	2.0	20	83	12	52	77	2	2	18	0.98
27891053--27891097	20	2.2	20	88	0	63	33	17	24	24	1.96
27891735--27891863	11	11.6	12	69	25	56	63	5	0	31	1.17
27891753--27891865	16	7.7	15	66	24	62	61	7	0	31	1.23
27891734--27891863	53	2.7	46	72	25	115	63	5	0	30	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27891833--27891886	27	2.0	27	81	0	63	75	3	3	16	1.08
27892051--27892144	1	94.0	1	78	0	98	0	0	10	89	0.49
27892045--27892144	10	9.8	10	82	11	123	1	0	11	88	0.58
27892052--27892145	30	3.2	29	88	5	145	0	0	11	88	0.52
27892051--27892138	43	2.1	42	89	6	133	0	0	10	89	0.48
27892045--27892144	51	1.9	52	90	6	159	1	0	11	88	0.58
27893536--27893588	26	2.0	26	92	0	88	20	28	26	24	1.99
27893626--27893957	159	2.1	158	84	1	414	20	28	30	20	1.97
27894160--27894212	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
27894370--27894422	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402