genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.324.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  324  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30118694--30118746	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
30125307--30125677	171	2.2	171	81	5	421	24	30	25	19	1.98
30125676--30126178	158	3.2	156	78	5	521	21	28	28	20	1.98
30126151--30126203	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
30126474--30126506	12	2.8	12	100	0	66	0	36	30	33	1.58
30126530--30126582	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30127762--30128207	159	2.8	157	77	8	429	23	30	27	18	1.97
30128237--30128289	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30128043--30128727	368	1.9	354	80	7	795	23	29	27	19	1.98
30129441--30129493	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30129467--30129966	158	3.2	155	74	10	460	23	28	26	21	1.99
30129940--30129992	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
30129965--30130334	171	2.2	171	80	2	411	22	28	27	21	1.99
30130308--30130360	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30130494--30131220	342	2.1	343	82	1	886	24	27	25	21	1.99
30131149--30131201	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
30131358--30131410	26	2.0	26	100	0	106	30	24	22	22	1.99
30131858--30131910	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
30132721--30132773	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
30133430--30133482	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30133736--30133789	21	2.6	21	77	11	56	14	38	24	22	1.91
30133950--30134002	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30133918--30134761	367	2.3	367	80	2	946	23	29	26	21	1.99
30135774--30135840	26	2.6	26	95	0	125	26	16	25	31	1.96
30135997--30136049	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
30136322--30136374	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30136348--30136850	159	3.2	157	74	7	372	24	28	26	21	1.99
30136824--30136876	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30136917--30136941	13	1.9	13	100	0	50	32	16	44	8	1.76
30137205--30137254	25	2.0	25	88	7	75	28	14	28	30	1.95
30143328--30143380	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30143704--30143756	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30143123--30145175	878	2.4	868	81	4	2398	24	29	26	19	1.99
30145790--30145842	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30146132--30146184	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
30146341--30146393	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30146367--30146781	159	2.6	158	76	8	369	23	27	28	20	1.99
30146488--30146868	158	2.4	158	74	3	354	22	30	25	21	1.99
30147599--30148090	159	3.1	159	76	5	384	24	29	26	19	1.98
30148066--30148115	26	1.9	26	84	8	66	28	14	26	32	1.94
30148263--30148763	158	3.2	158	80	3	411	23	28	26	21	1.99
30148737--30148789	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
30149458--30149509	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
30149493--30149982	159	3.1	156	78	5	518	24	30	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30150125--30150659	158	3.4	159	75	6	460	23	29	25	21	1.99
30150633--30150685	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
30151310--30151362	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
30151786--30151839	26	2.1	26	89	0	81	27	20	24	27	1.99
30151975--30152279	158	1.9	159	80	3	355	22	29	27	20	1.99
30153227--30153279	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30153740--30153792	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
30155347--30155399	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
30156360--30156412	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
30155345--30157096	499	3.5	496	80	4	1798	23	29	26	19	1.99
30156386--30156888	158	3.2	156	75	5	458	23	30	26	19	1.98
30156861--30156914	26	2.1	26	85	0	72	27	18	25	27	1.98
30156545--30157265	343	2.1	343	84	2	930	23	29	27	19	1.98
30157202--30157253	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
30157540--30157592	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
30159479--30159531	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
30159688--30159740	26	2.0	26	82	7	63	30	24	20	24	1.99
30160488--30160726	119	2.0	119	95	0	433	25	28	25	21	1.99
30160930--30160982	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30161120--30161178	26	2.3	26	86	11	79	28	18	23	28	1.98
30160922--30161282	196	1.8	196	82	3	467	22	26	27	22	1.99
30161624--30161676	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30162374--30162425	26	2.0	26	85	7	70	28	19	23	28	1.98
30162216--30162761	185	3.0	184	81	4	616	23	27	26	22	2.00
30162559--30162609	26	2.0	26	88	7	77	33	17	19	29	1.95
30162907--30162965	26	2.3	26	86	11	79	28	18	23	28	1.98
30162400--30163207	354	2.3	350	80	7	878	23	27	26	21	1.99
30162938--30163384	159	2.9	153	75	8	398	23	30	26	19	1.98
30164430--30164798	171	2.2	171	79	5	397	23	30	26	19	1.98
30164657--30165435	354	2.2	355	83	0	968	22	29	26	20	1.99
30165126--30165178	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
30165626--30165704	26	3.0	26	88	3	115	27	18	24	29	1.98
30166354--30166404	26	2.0	26	84	0	66	31	11	21	35	1.90
30173895--30174395	159	3.2	157	75	8	455	23	29	27	20	1.99
30174739--30174796	26	2.2	27	87	9	84	31	18	20	29	1.97
30174764--30175151	160	2.4	160	78	3	424	24	30	26	19	1.98
30175242--30175293	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
30175616--30175668	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
30175958--30176010	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
30176152--30176470	170	1.9	169	83	3	417	22	29	27	20	1.98
30176318--30176600	156	1.8	157	79	2	336	25	27	28	18	1.98
30177523--30178338	159	5.2	159	74	5	634	23	29	28	19	1.98
30177522--30178338	315	2.6	310	80	4	882	23	29	28	19	1.98
30178312--30178364	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30178941--30179655	159	4.5	159	77	5	642	22	30	28	18	1.97
30178942--30179487	158	3.5	157	79	6	600	22	30	28	17	1.97
30178941--30179626	317	2.2	317	88	1	989	22	30	28	18	1.97
30178941--30179834	159	5.6	158	76	7	588	22	30	27	19	1.98
30179516--30179825	171	1.8	171	81	5	394	23	30	26	19	1.98
30179884--30179936	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
30179909--30180526	170	3.8	158	74	8	519	24	31	27	17	1.97
30180567--30180619	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
30179225--30181023	683	2.6	680	83	3	2096	23	30	26	19	1.98
30181788--30181839	26	2.0	26	88	7	79	32	19	21	26	1.97
30181813--30182313	159	3.2	159	80	4	550	22	31	27	18	1.97
30182287--30182339	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
30182807--30182839	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
30183830--30183882	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
30184236--30184738	159	3.2	157	75	6	440	23	31	26	18	1.98
30184711--30184763	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
30184869--30185371	159	3.2	156	78	4	481	22	31	27	19	1.98
30185853--30186279	159	2.7	155	71	9	364	25	28	27	18	1.98
30186701--30186752	26	2.1	26	89	7	81	30	19	21	28	1.97
30186434--30187551	368	3.1	361	69	14	966	24	28	26	20	1.99
30186733--30187023	158	1.8	158	81	4	363	26	27	24	20	1.99
30187422--30187472	26	2.0	24	85	14	68	33	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30193949--30194001	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
30194819--30194871	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
30194872--30195336	158	2.9	157	78	4	513	21	30	27	19	1.98
30195310--30195362	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
30195151--30195523	184	2.0	184	85	2	507	23	29	25	21	1.99
30195335--30195996	159	4.2	159	85	2	735	20	31	28	19	1.97
30194636--30195803	501	2.4	491	82	3	1376	22	30	27	19	1.98
30194872--30196061	660	1.8	659	84	2	1634	21	30	28	19	1.98
30195973--30196022	26	1.9	26	91	0	82	26	20	30	24	1.98
30196695--30196747	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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