genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  260  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25359302--25359354	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25358681--25359515	393	2.1	393	82	4	1013	20	26	27	24	1.99
25360269--25360319	26	2.0	26	96	0	93	27	27	15	29	1.96
25360668--25361141	159	3.0	156	75	7	425	20	27	29	22	1.99
25360854--25361157	158	1.9	159	79	3	344	21	28	28	21	1.99
25361136--25361187	26	2.0	26	88	0	77	28	30	19	21	1.97
25361586--25361638	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
25362654--25362705	25	2.0	26	92	3	88	26	28	19	25	1.98
25362981--25363034	27	2.0	27	89	10	85	25	24	20	29	1.99
25363109--25363138	10	2.8	11	90	10	53	20	26	36	16	1.93
25363926--25363978	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
25364307--25364385	26	3.0	26	92	0	131	27	26	21	24	1.99
25365245--25365590	157	2.2	157	78	5	353	22	24	30	23	1.99
25365677--25365728	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
25365855--25365907	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
25366220--25366272	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
25366719--25366770	26	2.0	26	85	14	72	26	23	19	30	1.98
25369558--25370024	159	3.0	157	73	7	401	19	25	30	24	1.98
25369644--25370058	158	2.6	159	74	4	428	19	26	30	23	1.98
25369322--25371480	685	3.2	674	80	5	2343	20	27	29	23	1.99
25372276--25372328	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
25373013--25373065	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373700--25373749	26	1.9	26	92	8	84	24	26	24	26	2.00
25373726--25374213	159	3.1	156	73	6	451	20	26	29	23	1.99
25374197--25374248	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
25374605--25374647	22	2.0	22	100	0	86	39	32	9	18	1.83
25375611--25375663	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
25381722--25381774	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
25382592--25382644	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
25382740--25382779	16	2.5	16	100	0	80	7	10	52	30	1.62
25383340--25383678	159	2.1	159	80	2	376	22	24	27	25	2.00
25383900--25384200	157	1.9	157	85	4	410	20	26	30	22	1.98
25383842--25384214	157	2.4	155	78	8	396	20	26	29	23	1.99
25384312--25384737	159	2.7	157	76	5	430	18	26	30	24	1.98
25384711--25384763	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
25384554--25384899	183	1.9	183	85	1	487	20	26	28	23	1.99
25384737--25385079	159	2.2	157	82	5	397	19	27	29	23	1.98
25385053--25385105	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
25385263--25385315	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
25386806--25386858	26	2.0	26	85	7	72	26	16	20	35	1.94
25387186--25387238	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
25387409--25387712	157	1.9	157	80	6	346	19	27	29	24	1.98
25387585--25388013	196	2.2	196	81	2	515	22	26	28	22	1.99
25388091--25388143	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25388434--25388486	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
25389444--25389494	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
25390165--25390217	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
25390227--25390738	159	3.2	158	72	8	389	19	27	30	22	1.98
25390409--25390731	170	1.9	171	80	3	382	19	27	28	24	1.99
25390862--25390913	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
25392211--25392266	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
25393056--25393105	26	1.9	26	88	8	75	24	24	20	32	1.98
25393555--25393607	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
25394852--25394904	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25395219--25395271	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
25395329--25395353	11	2.3	11	100	0	50	16	32	24	28	1.96
25395456--25396117	159	4.2	156	79	7	606	24	29	25	19	1.99
25395456--25396117	318	2.1	316	79	5	701	24	29	25	19	1.99
25396091--25396143	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25397680--25397732	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
25398046--25398098	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
25397482--25398883	368	3.8	366	82	2	1542	22	28	27	21	1.99
25398644--25398989	183	1.9	184	84	1	462	24	28	25	21	1.99
25398806--25399298	157	3.1	158	75	3	422	23	29	26	20	1.98
25399278--25399327	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
25399326--25399359	17	2.0	17	100	0	68	29	35	11	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25399343--25400121	367	2.1	367	81	2	886	24	28	26	20	1.99
25400029--25400081	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25400787--25401281	159	3.1	160	77	5	484	23	31	26	18	1.97
25401255--25401307	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
25401624--25401676	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25401759--25401860	50	2.0	50	88	0	150	23	20	16	39	1.92
25402404--25403060	159	4.1	158	74	6	558	23	30	27	18	1.97
25402404--25403064	317	2.1	317	89	1	1020	23	30	27	18	1.98
25402849--25403876	368	2.8	364	81	4	1138	24	29	25	20	1.99
25403774--25403826	26	2.0	26	92	0	88	32	18	20	28	1.97
25404488--25404540	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
25404513--25404931	159	2.6	158	78	5	434	24	30	27	17	1.97
25406203--25406255	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
25406031--25406362	171	1.9	170	83	1	423	22	27	29	20	1.99
25406704--25406756	26	2.0	26	92	0	88	24	13	30	32	1.93
25407578--25407610	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
25408840--25408892	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25408498--25409295	368	2.2	368	82	1	956	25	28	25	20	1.99
25409956--25410364	160	2.6	157	75	8	351	24	29	27	18	1.98
25410433--25410485	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
25410801--25410853	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25410237--25411250	368	2.8	363	80	7	1125	22	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25410566--25411292	355	2.0	350	83	6	910	21	30	27	20	1.98
25411022--25411367	185	1.9	184	82	4	437	22	30	26	20	1.98
25412096--25412148	26	2.0	26	89	7	81	26	15	28	30	1.96
25411998--25412173	96	1.8	96	83	2	237	27	23	24	24	2.00
25412451--25412503	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25412093--25412898	366	2.2	368	81	7	877	24	28	26	21	1.99
25413722--25413774	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25414067--25414120	26	2.1	26	82	0	63	29	18	24	27	1.98
25414433--25414511	26	3.0	26	92	0	131	26	18	26	27	1.98
25415505--25415804	158	1.9	158	86	2	433	24	29	27	19	1.98
25417053--25417105	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25418275--25418353	26	3.0	25	83	10	97	30	17	24	27	1.97
25418669--25418720	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
25419892--25419944	26	2.0	26	85	7	72	24	16	30	28	1.97
25420573--25420624	26	2.0	26	85	7	70	26	17	26	28	1.97
25421072--25421124	26	2.0	26	92	0	88	24	20	30	24	1.99
25422661--25422713	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
25423185--25423210	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
25423461--25423513	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25423203--25423939	355	2.1	353	86	1	1001	22	29	27	20	1.98
25424564--25425064	159	3.2	157	82	4	587	21	30	29	19	1.97
25425038--25425090	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25426097--25427110	355	2.8	357	79	5	1094	23	28	26	21	1.99
25427018--25427070	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
25428248--25428298	26	2.0	26	84	0	66	25	17	33	23	1.96
25428611--25428664	26	2.1	26	92	0	90	24	24	27	24	2.00
25428965--25429015	26	2.0	26	88	0	75	29	17	27	25	1.98
25429717--25430269	158	3.5	157	76	6	422	23	30	26	18	1.98
25430531--25430583	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
25430192--25430992	368	2.2	365	82	2	944	23	29	28	19	1.98
25430899--25430949	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
25431955--25432879	368	2.5	365	82	4	1083	24	29	25	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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