genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13159083--13159135	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
13159109--13159613	159	3.2	160	76	6	472	20	27	29	22	1.99
13158133--13159613	678	2.2	682	83	4	1824	19	27	29	23	1.99
13159591--13159641	26	2.0	26	88	11	79	23	19	19	37	1.94
13166513--13166565	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13166539--13167355	159	5.2	158	74	6	661	19	26	29	24	1.98
13166539--13167354	316	2.6	314	89	2	1197	18	26	29	25	1.98
13168024--13168076	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
13168654--13169036	158	2.4	159	78	3	412	17	27	30	24	1.97
13169527--13170020	159	3.1	157	74	6	435	20	27	29	22	1.98
13170762--13171210	158	2.8	157	76	4	427	19	28	30	22	1.98
13171593--13171645	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13174952--13175004	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13175116--13175481	158	2.3	158	78	4	405	20	25	28	25	1.99
13175453--13175505	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13176053--13176343	158	1.8	157	81	6	363	21	29	26	22	1.99
13176318--13176370	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13176514--13176566	26	2.0	26	89	7	81	30	28	18	22	1.98
13176215--13176570	196	1.8	196	85	3	511	22	28	27	22	1.99
13175806--13177070	697	1.8	697	85	2	1806	20	27	28	23	1.99
13176621--13177043	159	2.7	159	76	7	417	18	29	29	23	1.98
13177019--13177068	26	1.9	26	88	8	75	24	24	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13177738--13177790	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13178559--13178611	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13178585--13179074	158	3.1	158	73	6	454	19	25	29	25	1.98
13179181--13179211	11	2.8	11	95	0	53	19	25	35	19	1.95
13179730--13180062	184	1.8	183	84	3	463	21	27	25	25	1.99
13179988--13180040	26	2.0	26	81	0	61	28	22	20	28	1.99
13180325--13180375	26	2.0	26	88	7	77	27	19	19	33	1.96
13181044--13181096	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13181070--13181570	159	3.2	159	76	6	397	18	26	30	24	1.98
13182171--13182223	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
13183050--13183102	26	2.0	26	92	0	88	28	32	18	20	1.97
13184256--13184308	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13184435--13184784	158	2.2	158	77	4	346	21	25	28	24	1.99
13184757--13184809	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
13184967--13185025	26	2.3	26	83	11	70	30	27	18	23	1.98
13185183--13185213	12	2.6	12	100	0	62	25	29	38	6	1.81
13185306--13185358	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
13185807--13185859	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13186697--13187114	159	2.6	158	79	5	466	18	28	29	23	1.98
13187086--13187138	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13187231--13187662	183	2.4	183	84	0	542	20	26	28	23	1.99
13187674--13188174	159	3.2	156	75	6	481	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13194693--13194745	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13195505--13196259	159	4.8	157	76	6	573	19	28	29	22	1.98
13195505--13196258	317	2.4	314	80	5	763	19	28	29	22	1.98
13196232--13196284	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
13202614--13203212	159	3.7	158	76	7	508	20	27	29	23	1.98
13203198--13203250	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
13204114--13204766	159	4.1	160	78	8	576	19	26	29	24	1.98
13204114--13204766	317	2.0	316	82	5	779	19	26	29	24	1.98
13204704--13205727	515	2.0	516	83	3	1301	21	27	28	23	1.99
13205294--13205796	159	3.2	154	77	8	440	20	25	29	24	1.99
13205770--13205822	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13205966--13206018	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13207723--13207775	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13207425--13207807	196	1.9	197	81	3	459	23	27	27	21	1.99
13208066--13208116	26	2.0	26	88	7	77	31	23	13	31	1.93
13208787--13208839	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
13208920--13209346	158	2.7	158	76	7	427	19	28	29	22	1.98
13208876--13209313	159	2.8	158	77	6	438	19	28	29	22	1.98
13209471--13209542	25	2.8	25	85	4	99	29	26	18	26	1.98
13209668--13210022	158	2.2	158	79	3	374	20	26	30	23	1.98
13209998--13210048	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
13210193--13210243	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13209893--13210247	196	1.8	196	84	2	489	22	27	25	24	2.00
13210098--13210417	173	1.9	171	86	2	462	20	27	25	25	1.99
13210955--13211007	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13210981--13211488	158	3.2	156	73	7	378	20	25	29	24	1.99
13211575--13212062	159	3.1	159	72	8	384	20	26	29	23	1.99
13211505--13212231	318	2.3	318	80	2	773	20	26	28	24	1.99
13212205--13212256	26	2.0	26	85	7	70	26	25	19	28	1.98
13212046--13212990	183	5.0	185	75	11	752	21	27	27	23	1.99
13212387--13212439	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13212570--13212622	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13212779--13212831	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
13212805--13213297	158	3.1	156	77	5	499	19	27	30	22	1.98
13213493--13213545	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13214523--13215067	159	3.4	160	80	3	555	19	26	31	22	1.98
13215040--13215092	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13215433--13216092	159	4.2	158	78	3	648	18	26	30	24	1.98
13216066--13216118	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13216787--13216839	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
13217251--13217283	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
13217853--13217905	26	2.0	26	89	7	81	33	28	13	24	1.93
13218705--13218757	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
13218929--13219233	159	1.9	159	79	5	339	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13225648--13226087	159	2.8	158	80	6	453	17	27	30	23	1.97
13226059--13226111	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13226427--13226479	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
13226899--13226954	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
13227505--13227557	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13228739--13228791	26	2.0	26	85	0	70	28	22	18	30	1.98
13228765--13229266	159	3.2	158	75	5	483	21	26	28	23	1.99
13229240--13229292	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
13229450--13229502	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13230318--13230370	26	2.0	26	89	7	81	24	24	18	32	1.97
13231010--13231683	159	4.3	155	73	9	401	19	25	29	25	1.98
13231026--13231691	318	2.1	310	82	5	781	19	25	29	25	1.98
13232554--13232920	158	2.3	159	80	6	431	19	25	30	24	1.98
13232891--13232943	26	2.0	26	85	7	72	26	18	22	32	1.97
13233115--13233619	158	3.2	158	75	8	511	19	27	29	23	1.98
13233593--13233645	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13234488--13234540	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
13234231--13234563	184	1.8	184	84	2	463	18	27	28	24	1.98
13235871--13235922	26	2.0	26	88	7	79	28	17	17	36	1.92
13236222--13236274	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13236248--13236739	159	3.1	156	76	6	495	20	25	30	23	1.99
13236724--13236775	26	2.0	25	88	3	77	28	21	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13237605--13237657	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13236548--13238287	881	2.0	879	90	2	2719	25	22	24	26	2.00
13238829--13238881	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
13239185--13239234	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
13238790--13239428	354	1.8	354	82	5	842	20	25	30	24	1.99
13239207--13239710	158	3.2	158	73	8	468	19	26	30	23	1.98
13239684--13239736	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
13240184--13240233	26	1.9	26	92	8	84	28	24	12	36	1.91
13241110--13241162	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13241834--13241886	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402