genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.146.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  146  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17097657--17097709	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17098700--17098750	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
17098723--17099094	171	2.2	170	82	6	439	23	31	25	18	1.97
17099067--17099120	26	2.1	26	89	6	83	31	20	22	25	1.98
17100449--17100499	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
17099227--17100726	514	2.9	519	74	10	1423	23	28	27	20	1.99
17100472--17100843	171	2.2	170	81	6	430	23	31	26	19	1.98
17100816--17100869	26	2.1	26	89	6	83	31	20	22	25	1.98
17101011--17101063	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
17100643--17101170	197	2.7	196	89	1	790	23	30	26	18	1.98
17101195--17101247	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
17101637--17101933	158	1.9	158	80	2	355	24	31	25	18	1.97
17101948--17101998	26	2.0	26	84	0	66	27	17	27	27	1.98
17102066--17102388	160	2.0	158	81	5	375	21	28	26	22	1.99
17102460--17102512	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17101634--17102721	513	2.1	513	80	4	1194	23	28	26	21	1.99
17103005--17103057	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17102843--17103210	185	2.0	185	83	1	468	24	26	25	22	2.00
17103277--17103715	170	2.6	171	79	5	467	22	29	29	18	1.97
17103587--17103888	159	1.9	159	81	1	372	26	32	23	16	1.96
17103578--17103982	159	2.5	158	78	4	368	25	32	23	18	1.97
17104095--17104147	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17104120--17104462	158	2.2	158	80	2	386	24	30	26	19	1.98
17104437--17104488	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
17103790--17104859	342	3.1	333	81	6	1080	24	29	26	19	1.98
17104780--17104830	26	2.0	26	88	0	75	29	17	23	29	1.97
17104772--17105360	185	3.2	183	81	5	625	24	28	24	22	2.00
17105185--17105676	158	3.1	154	77	5	475	23	28	27	20	1.99
17106911--17106963	26	2.0	26	89	7	81	30	18	20	30	1.97
17107917--17107995	26	3.0	26	96	3	142	29	20	24	26	1.99
17108444--17108496	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
17108532--17108559	13	2.2	13	100	0	56	21	25	46	7	1.76
17109297--17109352	26	2.2	26	86	0	76	28	14	25	32	1.94
17110321--17110373	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
17110876--17110925	26	1.9	26	95	0	91	26	16	30	28	1.96
17118787--17118839	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17120684--17121053	158	2.3	159	77	6	383	19	24	30	26	1.98
17120995--17121443	197	2.3	194	85	1	585	21	25	27	25	1.99
17121573--17121625	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
17122671--17122723	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17122308--17123037	343	2.1	342	84	1	908	21	26	28	24	1.99
17123172--17123224	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17124410--17124462	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
17124913--17124965	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17125072--17125442	158	2.3	159	79	6	394	21	23	28	26	1.99
17125414--17125466	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17125794--17125846	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17126134--17126186	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17133586--17133635	26	1.9	26	88	8	75	26	28	18	28	1.98
17134140--17134192	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17134483--17134533	26	2.0	26	92	7	86	29	23	15	31	1.95
17135189--17135244	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
17135666--17135718	26	2.0	26	85	0	70	28	20	18	32	1.97
17136046--17136098	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17136547--17136599	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17136928--17136980	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17135453--17137380	881	2.2	880	82	2	2305	21	26	28	23	1.99
17137553--17137605	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
17140295--17140347	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17139943--17140666	344	2.1	341	81	5	823	20	25	28	25	1.99
17140515--17140866	159	2.2	159	78	6	381	19	24	32	24	1.97
17141386--17141438	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17141571--17141623	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17141951--17142003	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17142465--17142515	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
17143222--17143274	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17143406--17143458	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
17143148--17143825	196	3.5	191	83	4	658	19	26	29	24	1.98
17143299--17143825	196	2.7	196	86	1	725	18	25	30	24	1.98
17143969--17144021	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17144081--17144496	159	2.6	157	78	3	424	17	27	29	25	1.98
17144584--17144891	171	1.8	171	82	4	397	19	28	29	23	1.98
17144572--17144935	171	2.1	170	77	7	387	19	28	30	21	1.98
17145347--17145400	26	2.1	26	89	6	83	25	22	20	31	1.98
17145715--17145767	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17144716--17145926	354	3.4	353	74	9	1067	21	27	28	23	1.99
17145899--17145951	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17146317--17146655	170	2.0	171	83	2	423	20	27	30	21	1.98
17146681--17146760	26	3.1	26	94	0	133	27	28	18	25	1.98
17147748--17148108	159	2.3	159	79	4	370	20	26	29	23	1.98
17148082--17148134	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17148486--17148978	159	3.1	158	74	6	458	20	26	29	23	1.99
17148803--17149168	184	2.0	184	86	2	511	20	27	28	23	1.99
17149501--17149553	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
17149696--17149748	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
17149605--17150416	352	2.3	340	80	6	893	20	28	28	22	1.99
17150137--17150441	159	1.9	156	84	4	398	18	28	30	22	1.97
17150560--17150612	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17149807--17150929	513	2.2	505	80	8	1218	20	28	28	22	1.98
17151623--17151675	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
17152099--17152151	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
17152492--17152993	158	3.2	158	75	7	415	18	24	31	24	1.98
17153503--17153552	26	1.9	26	92	8	84	28	26	16	30	1.96
17153755--17153806	26	2.0	26	85	7	70	26	23	21	28	1.99
17154146--17154648	159	3.2	158	77	5	462	20	26	29	24	1.99
17154622--17154674	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17155177--17155226	26	1.9	26	88	8	75	26	20	20	34	1.96
17156383--17156435	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17156577--17156629	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17156919--17156970	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
17157641--17157693	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17157667--17158168	158	3.2	156	73	9	437	19	27	29	23	1.98
17158142--17158194	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17158715--17158767	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17165273--17165325	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17165767--17165819	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17165963--17166015	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17166612--17166662	25	2.0	25	92	0	84	27	23	21	27	1.99
17167839--17167891	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17167266--17168909	503	3.3	499	80	7	1755	20	27	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17168453--17168881	159	2.7	157	79	5	459	18	29	28	23	1.98
17168854--17168906	26	2.0	26	89	7	81	30	26	16	26	1.97
17169699--17170116	159	2.6	160	76	6	404	19	27	28	23	1.99
17171095--17171147	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17171817--17171869	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
17172322--17172374	26	2.0	26	86	13	74	24	22	20	32	1.98
17172047--17172938	196	4.6	196	81	3	897	21	24	28	25	1.99
17172518--17172570	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17172717--17172767	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
17172107--17172938	393	2.1	386	82	3	972	22	24	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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