genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  65  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11057920--11057972	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
11059113--11059165	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11059613--11059667	26	2.1	26	90	6	85	30	23	14	30	1.94
11060130--11060181	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
11060666--11061135	158	3.0	158	79	3	509	18	27	31	23	1.97
11061306--11061358	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
11060999--11061385	196	2.0	196	83	1	497	20	27	28	23	1.99
11061649--11061701	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
11062088--11062438	157	2.2	159	80	7	401	17	25	31	25	1.97
11062423--11062474	26	2.0	25	88	3	77	26	19	21	32	1.97
11066470--11067281	158	5.1	158	74	7	646	19	26	30	23	1.98
11066473--11067282	317	2.6	315	84	4	1029	19	26	29	23	1.98
11067255--11067307	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11067383--11067407	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
11068658--11068711	26	2.0	27	92	3	92	25	29	20	24	1.99
11068828--11069187	158	2.3	159	78	7	392	20	26	28	23	1.99
11069159--11069211	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
11069557--11069609	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11076072--11076444	157	2.4	157	76	6	360	19	26	29	25	1.98
11076416--11076468	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11077283--11077663	155	2.4	157	77	6	378	18	27	29	23	1.98
11077632--11077687	26	2.2	26	87	6	78	30	25	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11080830--11080877	25	2.0	24	88	12	71	25	22	18	33	1.97
11080991--11081349	158	2.3	159	79	6	388	19	27	30	23	1.98
11080853--11081347	159	3.1	156	74	7	453	18	27	30	23	1.98
11081321--11081373	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11081447--11081486	11	3.6	11	86	0	62	20	27	37	15	1.92
11082064--11082116	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
11082090--11082520	159	2.7	158	75	6	424	20	27	29	22	1.98
11082563--11082618	26	2.2	26	87	6	78	32	19	17	30	1.95
11083007--11083474	158	3.0	158	76	5	462	18	25	31	24	1.98
11084557--11085057	159	3.2	159	75	6	376	19	26	29	23	1.98
11085730--11085782	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
11085756--11086130	158	2.4	158	78	5	362	21	26	29	22	1.99
11086426--11086478	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11086133--11087696	867	1.8	869	81	3	1950	21	27	28	22	1.99
11087327--11087696	159	2.3	158	76	9	376	22	27	28	22	1.99
11087963--11088015	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
11088465--11088517	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11088416--11089387	342	2.8	349	78	6	856	19	27	29	23	1.98
11088881--11089189	159	1.9	158	84	3	406	18	29	31	21	1.96
11090235--11090287	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
11090418--11090470	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11090792--11090844	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11091820--11091872	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11091983--11092345	158	2.3	157	79	6	376	19	25	29	26	1.98
11091846--11092343	156	3.2	157	76	6	479	19	26	30	24	1.98
11092317--11092369	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11092862--11092914	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11092949--11093404	159	2.9	158	79	2	515	18	29	31	21	1.97
11093538--11093590	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
11093881--11093933	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
11094604--11094656	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11095092--11095144	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11095767--11095799	11	3.0	11	90	0	57	18	33	36	12	1.88
11096510--11097063	159	3.5	156	76	6	519	20	28	28	22	1.98
11097851--11097947	27	3.4	27	65	15	77	37	12	7	43	1.70
11097852--11098127	60	4.7	58	91	3	439	34	12	7	45	1.70
11097852--11098126	116	2.3	116	92	4	444	34	12	7	45	1.70
11098142--11098198	30	1.9	30	92	0	96	77	1	5	15	1.03
11098138--11098230	18	4.9	18	74	16	82	75	3	6	15	1.13
11098143--11098198	5	11.6	5	75	21	57	78	1	3	16	0.97
11098151--11098237	32	2.9	29	77	14	70	73	3	8	14	1.20
11098268--11098304	19	1.9	19	88	0	56	86	0	0	13	0.57
11098267--11098301	16	2.2	16	94	0	61	85	0	0	14	0.59
11101112--11101208	8	11.6	8	73	12	70	79	0	11	9	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11101110--11101200	17	5.4	17	76	13	98	80	0	10	8	0.91
11101112--11101200	25	3.5	25	83	6	115	80	0	10	8	0.89
11101110--11101194	26	3.3	27	78	6	59	80	0	10	9	0.92
11101109--11101194	9	9.9	9	79	12	99	79	0	10	10	0.95
11102214--11102474	42	6.1	41	89	8	371	22	16	23	36	1.94
11102214--11102474	87	3.1	82	88	8	371	22	16	23	36	1.94
11102482--11102529	6	7.8	6	83	4	51	85	10	2	2	0.77
11102695--11102729	17	2.1	16	89	5	52	14	0	2	82	0.77
11102695--11102741	22	2.1	23	84	4	60	17	2	2	78	0.94
11102714--11102754	13	3.5	12	83	9	50	24	2	2	70	1.11
11102765--11102819	28	2.0	28	82	7	67	30	3	1	63	1.22
11102777--11102884	52	2.1	51	81	8	121	28	2	1	66	1.16
11103860--11103920	5	11.8	5	74	19	54	16	4	1	77	1.03
11103932--11104269	58	5.7	58	86	6	430	43	7	13	35	1.71
11103932--11104269	180	1.9	177	87	6	502	43	7	13	35	1.71
11105057--11105590	158	3.4	156	75	6	493	24	28	27	20	1.99
11106322--11106354	11	3.0	11	90	0	57	12	36	33	18	1.88
11106767--11106819	26	2.0	26	85	7	72	26	16	28	28	1.97
11106976--11107028	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11107464--11107516	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11108187--11108239	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
11108530--11108582	26	2.0	26	100	0	106	22	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11108710--11109229	159	3.3	157	79	4	580	20	29	29	20	1.98
11109203--11109255	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11109748--11109800	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
11109774--11110270	157	3.2	155	74	10	447	24	30	25	19	1.98
11110244--11110296	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
11110623--11110674	26	2.0	26	92	7	88	30	19	19	30	1.96
11111322--11111374	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
11111125--11111477	196	1.8	196	83	4	480	24	27	25	22	2.00
11111348--11111849	158	3.2	158	79	5	593	21	30	28	19	1.98
11111823--11111875	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11110475--11111949	697	2.1	699	83	3	1835	23	28	26	20	1.99
11112545--11112597	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
11112570--11112977	157	2.6	156	78	5	417	25	29	26	18	1.98
11112570--11113010	159	2.8	156	77	5	429	23	30	27	18	1.98
11114065--11114117	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11114275--11114325	26	2.0	26	88	7	77	29	13	27	29	1.94
11114775--11114827	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11115157--11115207	26	2.0	26	92	7	86	31	15	23	29	1.95
11115631--11115683	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
11116495--11116547	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11116897--11116947	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
11116294--11117057	403	1.9	395	86	3	1066	23	28	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11117964--11118016	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
11118383--11118435	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11118865--11118914	21	2.4	21	75	0	55	6	42	22	30	1.77
11119114--11119165	26	2.0	25	88	3	77	32	21	19	26	1.97
11119148--11119445	157	1.9	158	83	6	392	23	30	26	18	1.98
11119885--11119937	26	2.0	26	85	0	70	32	18	20	28	1.97
11120228--11120280	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11120069--11120634	196	3.0	183	75	11	505	24	29	25	20	1.99
11120449--11120951	158	3.2	155	79	5	544	22	30	26	19	1.98
11120925--11120977	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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