genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.401.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36206385--36207035	158	4.1	159	76	5	480	20	25	29	24	1.99
36206664--36207035	157	2.4	157	82	3	417	22	25	27	25	2.00
36207011--36207061	26	2.0	26	88	7	77	33	23	13	29	1.93
36207389--36207441	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
36207891--36207941	26	2.0	26	92	7	86	31	27	11	29	1.92
36208443--36208495	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
36209266--36209863	159	3.8	158	78	6	595	18	26	30	24	1.98
36209836--36209888	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36209686--36210047	184	2.0	184	88	0	544	19	26	30	24	1.98
36210179--36210229	26	2.0	26	88	7	77	35	25	9	29	1.88
36210515--36210567	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
36209714--36210718	342	3.0	335	81	5	1146	20	26	28	24	1.99
36211421--36211471	26	2.0	26	92	7	86	27	23	21	27	1.99
36211764--36211814	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
36212142--36212194	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
36212852--36213353	158	3.2	155	76	6	481	19	26	29	23	1.99
36211848--36213354	684	2.2	683	80	3	1756	20	27	28	23	1.99
36213327--36213379	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36219879--36220230	159	2.2	159	82	3	424	18	26	32	22	1.97
36220347--36220399	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
36220803--36221110	159	1.9	158	85	1	420	19	27	29	23	1.98
36221241--36221293	26	2.0	26	82	13	65	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36221048--36221836	368	2.1	368	80	2	870	20	26	28	23	1.99
36221800--36222137	158	2.1	157	79	6	369	19	27	29	23	1.98
36219789--36221969	894	2.4	888	82	3	2168	20	26	29	24	1.99
36222110--36222162	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
36223470--36223887	159	2.6	159	77	5	380	19	26	28	25	1.99
36223859--36223911	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
36224593--36224644	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
36224657--36225278	158	3.9	157	79	4	642	19	28	29	23	1.98
36224657--36225276	316	2.0	316	82	5	770	19	28	29	23	1.98
36225251--36225303	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36225093--36225462	184	2.0	184	84	2	483	21	25	27	26	1.99
36225233--36225962	342	2.1	342	80	5	839	21	25	27	25	2.00
36225593--36225645	26	2.0	26	92	7	90	26	26	22	24	2.00
36225750--36226154	158	2.6	158	83	5	487	21	27	27	22	1.99
36226277--36226329	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
36226594--36226646	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
36227095--36227147	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
36227816--36227868	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
36227925--36228217	159	1.8	159	84	2	401	18	29	27	23	1.98
36229273--36229325	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
36229906--36229930	11	2.3	11	100	0	50	28	36	24	12	1.91
36230518--36230570	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36231021--36231070	26	1.9	26	87	0	73	26	28	18	28	1.98
36231532--36231584	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
36230478--36231891	500	2.8	506	82	4	1657	20	26	29	23	1.99
36231558--36232048	159	3.1	157	75	7	508	20	27	29	22	1.98
36232978--36233030	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
36231797--36233676	955	2.0	945	87	2	2716	25	24	23	26	2.00
36233709--36233761	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
36234077--36234129	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
36235302--36235354	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
36235455--36235828	158	2.4	159	78	6	402	20	28	28	22	1.99
36235800--36235850	26	2.0	26	88	0	75	25	23	19	31	1.98
36235997--36236049	26	2.0	26	89	7	81	32	22	16	28	1.96
36236590--36236640	26	2.0	26	84	0	66	25	25	17	31	1.97
36237072--36237124	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
36236914--36237282	184	2.0	183	83	2	463	21	25	28	24	1.99
36237098--36237619	159	3.3	159	75	6	488	22	25	29	23	1.99
36237743--36237795	26	2.0	26	85	7	72	30	24	20	24	1.99
36238612--36238664	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
36239326--36239376	26	2.0	26	88	0	75	25	19	19	35	1.95
36240086--36240137	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
36240282--36240334	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
36240947--36241503	157	3.5	158	77	6	396	20	23	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36240612--36241606	159	6.4	157	74	8	563	19	24	29	25	1.99
36242486--36242536	26	2.0	26	88	7	77	29	25	19	25	1.99
36243284--36243335	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
36243997--36244046	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
36244169--36244921	157	4.8	158	72	7	492	19	26	30	23	1.98
36244020--36245129	316	3.5	311	80	3	1105	20	27	29	23	1.99
36244020--36245151	159	7.2	158	72	6	718	20	27	28	23	1.99
36244660--36245640	511	1.9	498	80	4	1117	20	27	28	23	1.99
36245943--36245995	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
36250220--36250270	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
36250585--36250637	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
36250145--36250796	184	3.6	183	71	16	504	19	28	29	23	1.98
36250611--36251002	159	2.5	158	77	6	389	21	28	29	19	1.98
36251077--36251129	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36251811--36251863	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
36251837--36252336	158	3.2	156	76	5	445	17	25	31	25	1.97
36252309--36252361	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
36254442--36254494	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
36254811--36254862	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
36255716--36255768	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
36255987--36256399	158	2.6	159	77	3	377	20	28	28	23	1.99
36257127--36257179	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36259086--36259923	317	2.6	317	80	5	944	20	27	30	22	1.98
36259098--36260327	474	2.6	474	80	4	1215	19	26	29	23	1.98
36259085--36260327	159	7.9	157	74	5	784	20	26	29	23	1.98
36260301--36260367	26	2.6	26	83	9	75	28	22	19	29	1.98
36260756--36260808	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36260853--36261178	159	2.1	159	79	2	352	20	26	30	22	1.98
36261698--36262164	159	3.0	156	73	7	431	19	26	30	23	1.98
36262516--36262568	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
36260719--36263068	880	2.7	875	81	3	2621	20	26	29	24	1.99
36262597--36263045	159	2.8	159	78	5	471	18	28	30	23	1.97
36263017--36263068	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
36264223--36264275	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36264080--36264434	184	1.9	183	80	4	401	20	25	29	24	1.99
36264749--36264802	27	2.0	27	92	3	92	25	27	20	25	1.99
36265249--36265301	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36265275--36265934	158	4.2	157	76	6	476	19	25	29	25	1.99
36266092--36266144	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
36266118--36266621	159	3.2	159	76	8	445	20	27	30	22	1.98
36267380--36267677	159	1.9	158	84	2	400	18	29	31	20	1.97
36267380--36267775	159	2.5	158	78	7	383	18	28	31	21	1.97
36268837--36268889	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
36268986--36269372	157	2.4	160	79	5	383	20	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36269336--36269388	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
36269179--36269534	184	1.9	183	84	3	466	21	25	28	24	1.99
36269300--36269930	342	1.8	343	84	1	863	20	26	28	23	1.99
36271207--36271234	14	2.0	14	100	0	56	7	57	21	14	1.61
36271338--36271639	158	1.9	158	82	5	378	18	26	30	24	1.98
36272489--36272541	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
36273499--36274277	314	2.5	316	83	3	978	19	27	30	23	1.98
36273467--36274275	159	5.1	158	72	9	585	19	26	30	23	1.98
36274249--36274301	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
36274971--36275023	26	2.0	26	82	7	63	32	26	15	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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