genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  98  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13521827--13521879	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13522216--13522268	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13520377--13524505	866	4.7	859	77	7	3205	19	26	29	24	1.98
13522742--13523110	171	2.2	170	83	3	449	21	27	29	21	1.98
13523082--13523134	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
13523572--13523622	26	2.0	24	92	7	84	31	19	17	31	1.95
13524035--13524405	159	2.3	159	79	4	367	18	26	29	25	1.98
13524450--13524502	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13531093--13531587	159	3.1	158	78	5	487	18	26	30	23	1.98
13531935--13531987	26	2.0	26	85	7	72	33	26	13	26	1.93
13532639--13532688	26	1.9	26	87	0	73	28	22	18	32	1.97
13533141--13533191	26	2.0	26	92	7	86	25	23	19	31	1.98
13533509--13533561	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13533280--13534122	367	2.3	355	83	4	1001	20	28	28	22	1.99
13533909--13534403	158	3.1	157	75	5	478	20	26	28	23	1.99
13534377--13534429	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13534522--13534547	13	2.0	13	100	0	52	7	53	23	15	1.67
13534586--13534638	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
13534930--13534980	26	2.0	26	92	0	84	31	21	17	29	1.96
13535658--13535708	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
13536008--13536062	26	2.1	27	89	3	85	23	29	18	29	1.98
13536355--13536407	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13537067--13537119	26	2.0	26	85	7	72	30	28	15	26	1.96
13537093--13537586	159	3.1	159	80	3	539	19	27	29	23	1.98
13537340--13537914	292	2.0	292	82	6	700	19	26	27	26	1.99
13537860--13537913	26	2.1	26	93	6	92	31	24	16	27	1.96
13539054--13539105	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
13539217--13539599	159	2.4	160	79	6	409	20	26	28	24	1.99
13539950--13540002	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
13539983--13540478	159	3.1	158	76	8	425	20	27	29	23	1.99
13540451--13540503	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
13540294--13540662	184	2.0	184	80	3	420	20	26	28	24	1.99
13540515--13540978	158	2.9	158	86	0	624	16	27	31	24	1.96
13540951--13541003	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13541700--13542199	158	3.2	157	76	7	512	20	27	30	22	1.98
13542170--13542225	26	2.2	26	87	6	78	32	23	16	28	1.96
13542526--13542581	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
13541920--13542740	356	2.3	355	84	2	1040	20	27	29	21	1.98
13542728--13542778	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
13543740--13543792	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13543896--13544266	158	2.3	158	77	3	334	18	26	29	25	1.98
13544326--13544946	159	3.8	158	76	6	532	19	27	30	23	1.98
13545051--13545454	159	2.5	159	78	4	400	19	27	28	23	1.99
13546157--13546208	25	2.0	26	88	3	79	30	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13546640--13546692	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13547017--13547072	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
13547045--13547535	159	3.1	156	75	8	476	19	28	28	22	1.98
13554124--13554665	159	3.4	158	75	6	499	21	26	28	24	1.99
13555018--13555069	26	2.0	26	84	0	68	32	28	11	26	1.91
13555077--13555458	158	2.4	157	83	4	466	17	27	33	21	1.95
13556398--13556450	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13556476--13556916	159	2.8	157	78	7	397	17	27	30	24	1.97
13556889--13556941	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
13557586--13558294	328	2.2	330	78	5	740	19	25	30	24	1.98
13558267--13558320	27	2.0	26	92	3	90	25	25	20	27	1.99
13558969--13559390	159	2.7	158	78	7	442	20	27	30	22	1.98
13559448--13559507	26	2.4	26	83	10	81	26	23	20	30	1.98
13559976--13560572	301	2.0	302	85	4	821	20	26	30	22	1.98
13560366--13562002	343	4.8	339	76	8	1260	20	27	29	22	1.98
13561036--13561650	159	3.9	159	76	7	577	17	29	31	21	1.96
13561007--13561659	317	2.1	317	83	2	803	18	28	30	21	1.97
13561633--13561685	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
13560775--13562161	660	2.1	660	83	2	1698	19	27	30	22	1.98
13562134--13562186	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
13562846--13562897	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
13561945--13563534	711	2.2	715	81	5	1794	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13563239--13563291	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
13564465--13564841	159	2.4	157	75	6	364	20	26	29	22	1.99
13565097--13565149	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13565644--13565693	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
13566049--13566098	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
13566838--13567295	159	2.9	158	76	4	386	19	26	30	24	1.98
13566800--13567283	158	3.1	156	74	9	451	19	26	30	23	1.98
13567746--13568365	159	3.9	158	71	6	466	20	27	28	23	1.99
13569157--13569208	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
13569990--13570364	158	2.4	159	77	3	387	20	27	29	23	1.98
13571168--13571220	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
13572292--13572342	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
13573014--13573066	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13573040--13573539	157	3.2	158	77	4	409	20	26	31	22	1.98
13573722--13573774	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13574067--13574368	157	1.9	156	81	6	358	20	26	30	22	1.98
13574003--13574370	159	2.3	159	79	6	392	19	26	29	23	1.98
13574342--13574394	26	2.0	26	92	7	90	26	20	18	33	1.96
13575062--13575114	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13575088--13575589	158	3.2	156	78	6	526	18	26	30	23	1.98
13575563--13575614	26	2.0	25	88	3	77	28	21	19	30	1.97
13575865--13575890	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13575929--13575979	26	2.0	26	84	0	66	25	29	17	27	1.98
13577177--13577229	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
13577386--13577436	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
13577729--13577781	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13578455--13578505	26	2.0	26	88	7	79	27	23	21	27	1.99
13578479--13578969	158	3.1	156	73	5	466	19	26	29	24	1.99
13579854--13580301	157	2.8	157	76	4	400	20	25	30	24	1.98
13579751--13580301	159	3.5	154	73	5	424	19	25	31	23	1.98
13579769--13580461	316	2.2	316	81	5	756	20	26	29	23	1.98
13580090--13581565	488	3.0	484	80	6	1569	19	27	29	23	1.99
13582341--13582393	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
13589265--13589763	159	3.1	159	78	4	567	18	27	32	21	1.97
13589922--13590573	158	4.1	158	77	5	478	18	25	31	24	1.98
13590546--13590598	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13592000--13592052	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13592298--13592350	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13591965--13592558	298	2.0	298	85	2	809	20	25	30	23	1.99
13592448--13592826	158	2.4	158	77	1	355	20	25	29	25	1.99
13594294--13594348	26	2.1	26	90	6	85	29	21	20	29	1.98
13595014--13595614	158	3.8	155	76	7	474	19	26	29	23	1.98
13595014--13595612	317	1.9	317	83	1	770	19	26	29	24	1.98
13595588--13595640	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13595783--13595835	26	2.0	26	88	0	79	30	26	15	28	1.96
13596775--13596827	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13596801--13597293	159	3.1	157	76	6	422	20	27	28	23	1.99
13598172--13598227	26	2.2	26	83	6	69	30	19	19	30	1.97
13597917--13598750	353	2.4	354	79	4	835	21	25	28	24	1.99
13598908--13598960	26	2.0	26	86	13	74	30	26	18	24	1.98
13599552--13599601	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
13599000--13599887	457	1.9	456	90	1	1415	20	25	31	23	1.98
13601887--13602269	191	2.0	190	98	0	739	19	28	24	28	1.98
13604595--13604647	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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