genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  297  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28118176--28118228	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28118555--28118606	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
28118582--28119026	158	2.8	158	79	5	434	25	31	25	18	1.97
28119751--28119803	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28120094--28120146	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
28120257--28120684	159	2.7	160	77	3	443	24	29	25	19	1.99
28120762--28120814	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28119777--28121059	666	1.9	661	83	4	1625	23	28	26	20	1.99
28121142--28121643	158	3.2	156	75	11	475	21	28	27	21	1.99
28122340--28122392	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
28122365--28122867	158	3.2	157	78	6	460	22	27	28	21	1.99
28122841--28122893	26	2.0	26	88	0	79	28	15	28	28	1.96
28123347--28123399	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
28123436--28123460	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
28124127--28124176	26	2.0	25	92	4	82	30	18	24	28	1.97
28124152--28124829	158	4.3	159	77	5	498	23	28	26	21	1.99
28124152--28124902	159	4.7	157	76	4	514	23	28	27	20	1.99
28124153--28124914	317	2.4	315	77	6	768	23	28	27	20	1.99
28125138--28125190	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28125475--28125525	26	2.0	26	96	0	93	27	17	27	27	1.98
28125816--28125867	25	2.0	25	85	3	68	25	19	26	28	1.98
28126195--28126246	26	2.0	26	88	3	79	28	19	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28126378--28126430	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
28126190--28126588	184	2.2	183	83	2	496	25	27	25	22	2.00
28126879--28126931	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
28127586--28127638	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28128088--28128139	26	2.0	26	84	0	68	23	17	28	30	1.97
28128453--28129121	316	2.1	315	82	3	817	22	29	28	18	1.97
28128620--28129114	158	3.1	157	77	4	521	22	30	28	17	1.97
28129095--28129147	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
28129815--28129867	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28130145--28130197	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28129813--28130446	329	1.9	330	88	2	952	23	28	28	19	1.98
28130170--28130498	170	1.9	170	80	4	367	21	30	27	20	1.98
28130539--28131114	159	3.6	157	74	7	498	25	29	27	18	1.98
28130538--28131115	318	1.8	317	83	3	777	25	29	27	18	1.98
28131711--28131763	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28131736--28132152	159	2.6	158	77	5	412	24	28	29	17	1.98
28132777--28133271	158	3.1	157	75	8	441	23	29	27	20	1.99
28133478--28133968	158	3.1	157	75	9	460	23	30	27	19	1.98
28133949--28134001	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
28135095--28135146	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
28135214--28135594	171	2.2	170	82	3	442	22	31	25	19	1.98
28135292--28136038	158	4.6	158	77	5	597	25	30	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28136832--28136884	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28137175--28137227	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
28138739--28138790	26	2.0	25	89	10	79	28	17	23	30	1.97
28141002--28141054	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
28140329--28141917	869	1.8	870	82	3	2054	23	29	26	20	1.99
28142602--28142654	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28144030--28144082	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
28144751--28145115	158	2.3	158	77	7	373	24	29	25	20	1.99
28144751--28145167	159	2.6	158	74	9	371	24	27	27	19	1.99
28145616--28146103	159	3.1	158	79	4	500	21	30	28	19	1.98
28147277--28147329	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
28153601--28153653	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28153627--28153917	158	1.8	158	81	0	357	26	28	24	20	1.99
28153599--28154249	354	1.8	353	82	3	835	26	28	25	20	1.99
28153979--28154409	159	2.7	158	77	5	438	24	31	26	17	1.97
28154755--28154807	26	2.0	26	85	7	72	32	24	20	22	1.98
28154921--28154976	26	2.2	26	90	6	87	28	19	21	30	1.98
28154760--28155081	166	1.9	165	83	4	407	25	26	26	22	2.00
28155421--28155473	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28156433--28156482	26	1.9	26	91	0	82	26	16	28	30	1.96
28156607--28157255	158	4.1	158	77	4	648	23	30	25	20	1.98
28156638--28157250	317	1.9	317	83	3	797	24	30	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28157895--28157945	26	2.0	26	88	7	77	29	17	25	27	1.98
28158029--28158081	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
28158520--28158574	26	2.1	26	96	0	101	23	20	29	27	1.99
28159397--28159449	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
28159775--28159827	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
28160060--28160114	26	2.1	26	90	6	85	25	18	27	29	1.98
28160271--28160323	26	2.0	26	92	7	90	33	20	18	26	1.96
28160766--28160824	26	2.3	26	88	5	86	23	18	28	28	1.98
28160613--28161167	184	3.0	183	81	4	641	24	29	25	20	1.99
28160992--28161557	158	3.6	158	79	5	631	23	30	27	18	1.97
28160982--28161557	317	1.8	317	86	1	841	23	29	27	18	1.98
28162282--28162681	158	2.5	157	75	6	360	22	30	26	21	1.99
28162655--28162707	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28162816--28162864	21	2.3	21	89	0	71	12	44	20	22	1.84
28162873--28162925	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28164011--28164063	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
28164414--28164915	159	3.2	154	76	6	486	24	30	27	18	1.98
28164889--28164941	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28165612--28165664	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
28165638--28166190	158	3.5	157	78	6	555	24	30	26	18	1.98
28166816--28167583	159	4.8	158	73	6	582	23	30	27	18	1.98
28166793--28167617	322	2.6	317	80	6	885	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28167274--28168177	343	2.6	343	79	7	873	23	29	26	20	1.99
28167586--28168239	352	1.9	352	79	5	739	24	28	26	20	1.99
28168441--28168740	159	1.9	157	82	2	377	20	32	29	17	1.96
28169114--28169166	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
28169139--28169589	159	2.8	158	76	6	408	23	29	27	18	1.98
28174864--28175354	159	3.1	159	72	8	340	24	28	27	20	1.99
28175708--28175760	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28176208--28176260	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
28176932--28176984	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28177233--28177273	12	3.4	12	93	0	73	7	21	26	43	1.79
28177493--28177545	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
28177518--28178126	158	3.8	159	77	9	577	23	29	27	19	1.98
28177518--28178116	329	1.8	329	81	4	742	23	29	27	19	1.98
28177820--28178126	159	1.9	159	83	5	399	22	30	28	18	1.97
28178334--28178385	26	2.0	26	88	7	79	30	17	23	28	1.97
28178688--28178739	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
28178006--28178898	354	2.5	353	78	4	929	24	29	25	20	1.99
28178872--28178924	26	2.0	26	85	7	72	22	20	28	28	1.99
28179558--28179610	26	2.0	26	89	7	81	24	20	30	24	1.99
28179925--28179977	26	2.0	26	85	0	70	24	20	20	33	1.97
28180717--28181236	159	3.2	157	79	8	523	23	29	26	20	1.99
28181218--28181270	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28182316--28182822	159	3.2	156	81	5	554	22	29	27	20	1.98
28182795--28182849	26	2.1	27	86	10	78	32	16	25	25	1.96
28182608--28183257	341	1.9	350	81	6	802	23	27	27	21	1.99
28184376--28184428	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
28184402--28184866	156	2.9	156	74	10	363	22	28	26	22	1.99
28186046--28186098	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28186714--28186766	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28186739--28187102	158	2.3	158	77	5	376	25	31	25	18	1.98
28187214--28187266	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28187592--28187644	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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