Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  24  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5506732--5506813
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16
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18
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0
2
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1.14
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0
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0
0
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0
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0
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1.00
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0
0
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2.5
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0
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0
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0
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2.1
42
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1.80
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48
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210
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1.9
96
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0
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1.67
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24
2.1
24
100
0
100
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0
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48
1.46
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10.3
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6
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0
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1.08
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24
2.2
23
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2
10
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0
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38
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1.47
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2.9
19
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20
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30
3
10
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1.49
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25
2.5
24
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25
8
20
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1.79
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10
0
4
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2.4
16
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8
62
0
35
0
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0.94
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44
5.4
44
79
8
262
45
22
12
20
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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11
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0
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7
7
2
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0.94
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8
6.2
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82
4
55
10
0
4
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5551640--5551680
21
1.9
22
95
5
75
9
0
4
85
0.73
5551640--5551686
21
2.2
22
88
3
69
10
0
4
85
0.74
5552729--5552778
16
3.2
16
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16
50
78
8
0
14
0.97
5558241--5558290
22
2.3
22
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0
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64
6
2
28
1.28
5558240--5558304
19
3.2
19
79
16
67
58
6
1
33
1.32
5558566--5558612
20
2.3
20
88
0
67
48
2
6
42
1.40
5558886--5558922
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2.1
18
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58
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2
2
62
1.23
5559013--5559148
9
14.3
9
64
15
51
44
2
3
50
1.32
5559051--5559116
19
3.4
19
74
12
55
48
1
3
46
1.26
5559085--5559148
30
2.2
30
89
10
98
48
0
3
48
1.17
5560078--5560126
19
2.6
19
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0
80
38
0
14
46
1.44
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17
2.6
17
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10
56
20
6
2
71
1.20
5562212--5562281
35
2.0
35
86
5
97
37
7
2
52
1.44
5564121--5564154
15
2.1
17
89
10
54
58
0
5
35
1.22
5564591--5564668
16
4.8
16
72
21
56
25
2
2
69
1.14
5564593--5564668
34
2.3
33
80
10
84
26
2
2
68
1.16
5564950--5564992
10
4.1
11
79
8
54
51
2
0
46
1.13
5565201--5565284
18
4.9
17
75
18
68
77
5
1
15
1.02
5565200--5565285
9
9.1
9
72
15
59
77
5
1
15
1.01
5565253--5565284
5
6.8
5
86
13
50
84
0
0
15
0.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5565217--5565285
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1.9
37
85
11
99
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4
1
14
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11.3
3
100
0
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67
0
0
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1.9
25
87
8
71
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6
2
39
1.39
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2.1
17
94
5
61
67
0
0
32
0.91
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2.9
16
84
12
51
73
0
0
26
0.84
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9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
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3
10.3
3
100
0
62
32
35
0
32
1.58
5573087--5573134
23
2.1
22
85
11
62
39
0
4
56
1.19
5573443--5573485
22
1.9
22
86
13
61
41
2
11
44
1.53
5577809--5577885
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2.6
30
81
8
93
46
6
1
45
1.37
5577868--5577918
17
2.9
17
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13
50
50
1
1
45
1.24
5577904--5577975
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2.4
28
80
11
72
59
2
4
33
1.31
5577927--5577986
29
2.1
29
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0
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1
1
33
1.14
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15
3.0
14
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9
52
38
9
0
52
1.33
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2.0
30
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113
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9
11
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1.64
5584927--5585214
50
5.9
50
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304
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6
3
44
1.47
5584927--5585214
100
2.9
98
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338
45
6
3
44
1.47
5586860--5586888
15
1.9
15
100
0
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17
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1.76
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40.7
3
80
11
133
30
2
3
63
1.23
5587824--5587885
17
3.7
17
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2
72
22
0
1
75
0.88
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13
3.0
13
85
3
53
82
5
2
10
0.91
5590733--5591156
218
1.9
218
95
0
767
31
16
17
33
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5592901--5592937
14
2.6
14
87
12
58
78
0
5
16
0.93
5592901--5592938
13
2.7
14
84
8
51
76
0
7
15
1.01
5593677--5594207
55
9.7
55
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3
320
20
21
15
41
1.90
5593676--5594135
110
4.2
109
78
2
402
20
21
15
41
1.89
5593775--5594213
165
2.7
164
83
4
517
20
21
15
41
1.89
5593675--5594227
110
5.0
109
74
6
357
20
21
16
41
1.90
5593889--5594251
55
6.6
54
75
8
191
20
22
15
41
1.90
5594555--5594634
28
2.9
27
78
8
83
32
3
10
53
1.52
5594600--5594663
14
4.7
15
81
11
50
32
3
4
59
1.34
5594626--5594677
3
17.3
3
86
7
70
32
3
0
63
1.12
5595485--5595584
12
8.4
11
69
25
53
23
4
1
72
1.08
5595509--5595581
30
2.5
29
78
8
76
24
2
1
71
1.07
5599245--5599327
38
2.2
38
91
0
139
39
22
12
25
1.89
5599337--5599386
19
2.6
19
100
0
100
30
6
20
44
1.75
5613506--5613548
19
2.4
19
81
11
56
30
0
4
65
1.13
5614876--5614913
17
2.3
17
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4
51
5
5
10
78
1.06
5615791--5615942
80
1.9
80
88
0
232
38
5
9
46
1.62
5621047--5621146
30
3.3
29
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37
1
0
62
1.02
5621052--5621164
29
3.9
29
78
13
115
38
0
0
60
1.09
5623855--5623902
3
16.0
3
100
0
96
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0
0
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0.92
5624507--5624580
30
2.5
30
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45
2
2
48
1.30
5624600--5624677
29
2.6
30
85
2
95
58
6
1
33
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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2
100
0
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0
50
0
1.00
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24
2.5
24
80
10
74
15
7
3
73
1.20
5626974--5627014
19
2.3
17
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8
64
34
4
0
60
1.18
5626994--5627019
13
2.0
13
100
0
52
38
7
0
53
1.30
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3.7
64
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5
5
44
1.50
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100
0
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0
0
66
0.92
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13
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13
100
0
70
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0
40
1.49
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12
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3
0
82
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2
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2
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0
56
50
0
0
50
1.00
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12
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12
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0
51
30
10
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36
1.87
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20
1.9
20
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0
58
50
10
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15
1.75
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20
2.5
20
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0
89
53
6
20
20
1.67
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17
1.9
18
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2
5
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1.42
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94
2.0
94
91
2
300
30
8
8
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1.63
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12
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4
0
19
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12
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13
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14
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75
2
0
22
0.91
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22
2.0
23
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8
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77
2
0
20
0.87
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41
6.9
41
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2
327
42
20
12
25
1.86
5651318--5651608
124
2.3
123
83
2
377
41
20
12
25
1.87
5651861--5652052
79
2.4
79
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3
215
36
18
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34
1.84
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20
2.7
21
83
2
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39
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7
37
1.76
5652016--5652078
21
2.9
22
86
6
85
33
17
12
36
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5652960--5652990
9
3.4
9
95
0
53
6
3
0
90
0.55
5657627--5657915
145
2.0
145
97
0
542
30
13
15
40
1.86
5663836--5664116
151
1.9
151
91
5
464
29
11
9
50
1.69
5664212--5664590
201
1.9
200
81
8
466
35
12
6
44
1.69
5669446--5669482
15
2.5
15
90
0
65
40
5
0
54
1.24
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3
15.3
3
100
0
92
32
0
0
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0.91
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2.8
10
100
0
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0
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1.60
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2.0
22
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32
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9
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1.67
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30
2.0
30
86
0
84
51
5
6
36
1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          401   402