genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  168  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18641389--18641467	26	3.0	26	85	3	106	30	17	22	29	1.97
18649428--18649858	159	2.7	159	81	2	463	22	29	29	18	1.98
18650784--18650836	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18651164--18651216	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
18649400--18651469	880	2.3	876	81	5	2357	23	28	26	20	1.99
18651873--18651925	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
18650781--18652182	709	2.0	715	81	4	1664	23	28	27	20	1.99
18651898--18652400	158	3.2	158	77	8	421	22	29	28	19	1.98
18652215--18652584	184	2.0	184	85	4	505	24	28	25	21	1.99
18651841--18652927	501	2.2	500	84	2	1374	23	29	26	20	1.99
18652407--18652865	159	2.9	157	78	4	492	24	30	26	18	1.98
18652875--18652953	26	3.0	25	82	10	97	26	17	26	29	1.98
18653069--18653459	158	2.5	158	76	5	378	25	30	24	19	1.98
18653570--18653621	26	2.0	26	88	7	79	25	15	28	30	1.96
18654633--18654688	26	2.2	26	86	0	76	23	19	28	28	1.98
18655353--18656184	158	5.2	160	77	7	702	22	30	27	19	1.98
18655355--18656184	328	2.6	317	81	5	963	22	30	27	19	1.98
18656008--18656372	188	2.0	184	83	3	462	23	29	26	21	1.99
18656193--18656690	159	3.1	155	77	7	421	23	30	26	19	1.98
18656664--18656716	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18655739--18656744	505	2.0	508	82	6	1219	22	30	26	19	1.98
18657384--18657727	158	2.2	158	80	4	388	22	30	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18658398--18658450	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
18659838--18659890	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
18660546--18660596	26	2.0	26	88	7	77	31	15	25	27	1.96
18661065--18661543	158	3.0	159	73	4	423	23	29	26	20	1.99
18661572--18661624	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
18663161--18663213	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18663002--18663372	184	2.0	185	90	0	582	25	29	24	20	1.99
18669339--18669391	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18669648--18669698	24	2.1	24	96	0	93	29	15	17	37	1.91
18671840--18671892	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18671291--18672238	367	2.6	358	80	7	837	24	28	25	21	1.99
18673399--18673450	26	2.0	25	89	10	79	28	17	23	30	1.97
18674619--18674686	26	2.6	26	97	0	127	32	20	20	26	1.97
18674659--18675090	159	2.7	159	77	6	444	24	29	27	18	1.98
18674660--18675161	158	3.2	157	73	8	453	23	29	27	19	1.98
18675882--18676384	158	3.2	157	76	6	478	24	29	27	19	1.98
18676713--18676765	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18676177--18676872	355	2.0	354	82	3	844	23	30	26	19	1.98
18676554--18676970	184	2.3	184	81	2	473	24	28	25	21	1.99
18677639--18677748	26	4.2	26	100	0	220	30	19	23	27	1.98
18677880--18677932	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
18678755--18678807	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18679285--18679349	33	2.0	33	96	0	121	18	46	18	16	1.85
18679509--18679561	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18679365--18679719	184	1.9	182	82	3	444	23	29	26	20	1.99
18679535--18680039	158	3.2	158	77	4	487	22	27	28	21	1.99
18680010--18680062	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
18679329--18680610	501	2.6	499	81	3	1517	23	28	27	20	1.99
18680035--18680480	158	2.8	158	73	8	413	23	28	27	19	1.99
18680511--18680563	26	2.0	26	92	0	88	24	11	28	35	1.90
18683179--18683608	159	2.7	156	76	6	425	21	30	27	20	1.98
18685250--18685302	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
18685941--18685993	26	2.0	26	92	0	88	33	20	20	24	1.97
18686655--18687493	315	2.7	310	80	5	826	24	28	25	21	1.99
18686988--18687493	159	3.2	158	74	8	418	23	29	25	21	1.99
18687467--18687519	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
18688713--18688764	25	2.0	26	89	10	81	28	19	25	26	1.98
18688738--18689240	159	3.2	158	77	5	514	23	29	27	19	1.98
18689214--18689266	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18690240--18690292	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18690081--18690518	184	2.3	188	80	8	469	22	28	27	21	1.99
18690437--18690487	26	2.0	26	88	7	77	29	13	27	29	1.94
18690211--18690573	196	1.9	196	81	2	442	23	27	26	21	1.99
18690911--18690963	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18692594--18692643	25	2.0	26	92	4	84	26	16	28	30	1.96
18691484--18693034	798	1.9	800	86	2	2177	26	23	23	26	2.00
18693222--18693246	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
18693324--18693376	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
18693349--18693692	158	2.2	158	82	3	415	23	30	27	18	1.98
18693666--18693718	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18693875--18693927	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18695034--18695086	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
18696096--18696148	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18696121--18696561	159	2.8	159	79	5	484	23	29	27	19	1.98
18698184--18698687	159	3.2	157	78	6	507	22	30	27	19	1.98
18699381--18699433	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18699406--18699908	158	3.2	158	77	5	433	23	30	26	19	1.98
18699882--18699986	26	4.0	26	88	2	158	28	20	23	26	1.99
18699966--18700323	158	2.3	158	79	4	398	25	31	24	17	1.97
18699966--18700373	159	2.6	156	77	5	397	25	30	26	16	1.97
18700434--18700486	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18701137--18701189	26	2.0	26	86	13	74	28	16	26	28	1.97
18701232--18701815	158	3.7	157	74	7	407	23	29	27	20	1.99
18701796--18701848	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
18701614--18702255	355	1.8	355	82	4	846	23	27	27	21	1.99
18702151--18702203	26	2.0	26	89	7	81	32	15	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18702111--18702412	155	1.9	155	87	1	435	24	25	26	22	2.00
18709944--18709996	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
18709442--18710905	524	2.9	510	80	5	1363	24	28	26	20	1.99
18711541--18712282	159	4.7	156	75	4	515	24	30	27	18	1.98
18711552--18712263	317	2.2	316	81	3	824	24	30	26	18	1.98
18712368--18712835	159	3.0	158	76	3	341	23	29	27	19	1.98
18712846--18712894	26	1.9	25	91	4	80	26	20	28	24	1.99
18713538--18713616	26	3.0	26	92	3	124	30	17	24	27	1.97
18713907--18713958	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
18714789--18714841	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18715156--18715208	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18713601--18715629	882	2.3	872	79	5	1997	23	28	27	21	1.99
18715837--18715889	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18716631--18716683	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18716656--18717001	157	2.2	159	79	6	373	25	29	24	20	1.99
18716973--18717023	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
18718047--18718099	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
18717073--18718638	867	1.8	867	81	2	1976	23	28	26	21	1.99
18718072--18718525	159	2.9	157	80	3	491	23	29	26	20	1.99
18719612--18719664	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18719809--18719861	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
18719834--18720182	157	2.2	157	78	8	377	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18720273--18720325	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18721893--18722387	159	3.1	157	80	5	548	22	31	27	18	1.97
18722367--18722418	25	2.0	26	85	3	70	28	23	21	26	1.99
18723086--18723137	26	2.0	25	88	3	77	28	19	21	30	1.97
18723111--18723452	158	2.2	157	79	4	359	23	30	26	19	1.98
18723426--18723478	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
18723634--18723686	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
18723406--18723795	208	1.9	209	84	4	538	22	28	26	22	1.99
18724186--18724558	159	2.3	159	81	7	436	26	29	25	18	1.98
18724632--18724684	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402