genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  282  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27010935--27010987	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27010508--27011168	354	1.9	354	82	5	834	19	27	29	23	1.98
27011158--27011463	158	1.9	158	80	3	355	19	26	29	25	1.98
27012115--27012167	27	2.0	27	88	7	81	30	28	15	26	1.96
27013201--27013253	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27017828--27017880	26	2.0	26	82	13	65	32	28	16	22	1.96
27018012--27018064	26	2.0	26	82	13	65	32	24	18	24	1.97
27018715--27018767	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27019961--27020012	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
27019610--27020945	368	3.6	368	76	7	1006	21	26	28	23	1.99
27020563--27020589	12	2.2	12	100	0	54	33	33	33	0	1.58
27020733--27021386	159	4.1	159	75	9	557	18	26	30	24	1.98
27020733--27021386	317	2.1	317	85	1	889	18	26	30	24	1.98
27021692--27021742	26	2.0	26	84	7	68	25	27	19	27	1.99
27022373--27022425	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
27021467--27023258	683	2.6	673	81	4	1984	20	26	28	23	1.99
27022707--27023624	367	2.5	366	80	3	986	20	26	29	24	1.99
27023410--27023462	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27024631--27024683	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27024857--27024896	19	2.1	19	100	0	80	15	10	50	25	1.74
27025005--27025057	26	2.0	26	88	0	79	32	22	15	30	1.94
27025361--27025413	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27027902--27027953	26	2.0	26	81	7	61	26	25	21	26	1.99
27029132--27029181	26	1.9	26	88	8	75	28	28	20	24	1.99
27029497--27029549	26	2.0	26	89	7	81	24	28	20	26	1.99
27029840--27029918	26	3.0	26	88	0	122	30	29	16	24	1.96
27030252--27030276	11	2.3	11	100	0	50	20	28	32	20	1.97
27030875--27030927	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
27030909--27031404	159	3.1	159	77	5	486	20	26	29	24	1.99
27032125--27032445	158	2.0	158	81	3	369	22	26	27	23	2.00
27032796--27033242	210	2.1	210	89	1	673	22	29	26	21	1.99
27033190--27033242	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27033864--27033916	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27033923--27033972	21	2.4	21	86	0	64	20	16	44	20	1.87
27034242--27034292	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
27034741--27034793	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
27035465--27035517	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
27036322--27036374	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
27038619--27038671	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
27039318--27039368	26	2.0	26	88	7	77	29	27	13	29	1.94
27038975--27040633	368	4.6	349	77	8	1236	19	26	29	23	1.98
27039659--27039711	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27040384--27040436	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
27044113--27044165	26	2.0	26	85	7	72	28	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27042736--27044322	814	1.9	814	87	1	2295	26	22	23	27	2.00
27044416--27044441	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
27044480--27044530	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
27044838--27044887	26	1.9	26	84	8	66	28	32	16	24	1.96
27044073--27045051	355	2.7	362	76	6	867	21	27	27	23	1.99
27046840--27046891	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
27047207--27047259	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27046789--27047751	355	2.7	356	81	7	1145	21	27	28	22	1.99
27047490--27048507	184	5.5	183	73	9	755	22	27	26	23	1.99
27048112--27048164	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
27048296--27048348	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27047157--27048873	551	3.1	543	82	4	1889	21	27	27	23	1.99
27048663--27048715	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
27050045--27050422	171	2.2	173	81	4	471	20	24	30	23	1.99
27050753--27050805	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
27051099--27051151	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27054579--27054631	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
27054153--27055189	354	2.9	350	83	5	1114	20	26	30	23	1.98
27054972--27055315	158	2.2	159	82	2	415	20	25	29	24	1.99
27056010--27056062	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
27056971--27057023	26	2.0	26	85	0	70	26	26	22	24	2.00
27056297--27057079	354	2.2	350	83	4	902	21	26	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27057053--27057098	20	2.3	20	88	3	67	26	21	43	8	1.81
27057136--27057688	158	3.4	164	74	11	374	19	26	29	23	1.98
27057375--27058071	355	2.0	355	82	4	850	20	25	29	24	1.99
27058097--27059227	158	6.9	159	67	11	491	20	27	28	24	1.99
27057696--27059415	672	2.6	672	92	2	2803	20	26	28	24	1.99
27059361--27059413	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27059988--27060040	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27060055--27060383	156	2.1	157	82	3	403	20	26	30	22	1.99
27060122--27060407	159	1.8	156	83	2	374	21	26	29	22	1.99
27060450--27060502	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27061440--27061487	25	1.9	25	100	0	96	64	8	14	12	1.49
27061685--27061737	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
27062040--27062092	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
27061654--27062640	353	2.7	357	83	4	1148	19	27	29	23	1.98
27063629--27063679	26	2.0	26	84	0	66	29	27	15	27	1.96
27065791--27065843	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
27065441--27066055	331	1.9	332	81	5	762	21	25	27	24	1.99
27066159--27066211	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
27067317--27069088	368	4.8	364	78	4	1745	20	25	29	24	1.99
27068470--27068522	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
27067315--27069088	736	2.4	734	82	3	2086	20	25	29	24	1.99
27068838--27068890	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27069002--27069365	159	2.3	157	79	8	382	19	26	30	24	1.98
27070060--27070112	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
27070774--27071276	159	3.2	159	79	6	522	18	27	31	22	1.97
27071957--27072009	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
27072315--27072376	30	2.1	30	93	0	106	22	22	24	30	1.99
27072697--27072749	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
27071906--27072929	372	2.8	366	79	5	1060	20	26	29	23	1.99
27073224--27073276	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27072419--27073459	527	2.0	526	81	4	1229	19	26	29	24	1.98
27074436--27074505	26	2.7	26	97	0	131	25	28	17	28	1.97
27075514--27075566	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27076014--27076066	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
27078632--27078684	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
27078665--27078992	158	2.1	159	79	4	349	22	29	25	22	1.99
27079146--27079198	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
27078076--27079452	514	2.7	503	77	6	1349	20	27	28	23	1.99
27079502--27079554	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
27079528--27080020	158	3.1	157	75	5	510	19	27	30	23	1.98
27080725--27080777	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
27081093--27081145	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
27080683--27082040	368	3.8	361	79	5	1328	20	27	29	23	1.99
27081816--27081868	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27082982--27083032	26	2.0	26	88	7	77	31	27	15	25	1.96
27083691--27083743	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
27082942--27083772	355	2.3	356	83	4	1018	21	26	29	22	1.99
27083768--27084209	159	2.8	159	79	4	444	17	27	30	24	1.97
27084904--27084956	26	2.0	26	86	13	74	30	26	18	24	1.98
27085806--27085863	26	2.2	26	90	3	89	31	25	17	25	1.97
27086179--27086231	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27086245--27086745	159	3.2	158	75	5	471	18	26	30	23	1.98
27086656--27087046	171	2.3	171	84	4	477	20	26	29	23	1.99
27087019--27087071	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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