genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  310  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29060842--29060894	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
29060525--29061442	354	2.7	341	78	8	863	23	29	27	20	1.99
29061882--29061934	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
29062066--29062370	159	1.9	158	83	4	391	23	31	27	18	1.97
29062383--29062435	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29063130--29063631	158	3.2	158	74	7	435	22	29	27	20	1.98
29064251--29064329	26	3.0	26	94	3	133	27	20	25	26	1.99
29063678--29065869	695	3.2	665	80	5	2155	23	29	26	20	1.99
29065119--29065605	158	3.1	156	78	5	494	23	32	25	18	1.97
29065619--29065671	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
29064289--29066001	673	2.5	667	81	4	1965	23	29	26	19	1.98
29065975--29066027	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29066901--29066951	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
29075121--29075173	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29075826--29075878	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29076169--29076221	26	2.0	26	85	7	72	22	18	26	32	1.97
29078448--29078500	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
29079153--29079205	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29079496--29079548	26	2.0	26	82	13	65	22	16	26	33	1.96
29079889--29079940	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
29080822--29081448	159	4.0	157	77	6	534	23	30	26	18	1.98
29082215--29082716	158	3.2	156	75	7	422	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29082693--29082745	26	2.0	26	96	0	97	28	16	26	28	1.97
29089773--29089820	21	2.3	21	88	0	78	6	45	22	25	1.75
29089785--29089825	21	2.0	20	86	9	57	4	43	26	24	1.74
29090013--29090063	26	2.0	26	84	0	66	31	21	19	27	1.97
29090393--29090445	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29090419--29090920	158	3.2	158	75	7	514	23	30	26	19	1.98
29090420--29090870	160	2.8	158	77	6	471	24	30	26	18	1.98
29091613--29091665	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
29091797--29091849	26	2.0	26	85	0	70	26	20	28	24	1.99
29091970--29092489	159	3.3	160	73	8	425	22	31	26	19	1.98
29092470--29092522	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29092467--29092822	197	1.8	197	82	3	457	25	25	26	21	1.99
29092692--29093068	159	2.4	159	77	6	379	25	31	25	18	1.97
29093893--29093942	26	1.9	26	88	8	75	32	20	22	26	1.98
29094445--29094497	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
29094947--29094999	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
29094618--29095931	697	1.9	684	82	4	1627	23	29	26	20	1.98
29095644--29095696	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29095327--29096089	355	2.2	343	82	3	889	23	30	26	19	1.98
29096722--29096774	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29096807--29097248	157	2.8	157	75	5	424	23	31	26	19	1.98
29097222--29097274	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29098115--29098476	159	2.3	159	77	6	367	26	30	25	17	1.97
29098932--29098981	26	1.9	26	92	8	84	30	22	22	26	1.99
29098783--29099102	174	1.8	172	84	5	437	25	30	25	18	1.98
29098957--29099457	158	3.2	156	78	4	484	22	28	28	19	1.98
29100180--29100596	159	2.6	158	77	7	416	24	31	27	16	1.97
29100655--29100707	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
29101268--29101823	158	3.5	155	74	8	494	20	30	28	19	1.97
29101362--29101855	159	3.1	158	73	8	475	22	29	27	20	1.98
29101836--29101888	26	2.0	26	82	7	63	28	18	22	30	1.98
29102471--29102835	158	2.3	159	81	5	425	21	30	29	17	1.96
29102891--29102942	26	2.0	26	92	7	88	28	19	19	32	1.96
29102918--29103419	158	3.2	159	79	5	514	23	30	27	18	1.97
29102031--29103419	672	2.0	677	83	4	1699	23	30	27	19	1.98
29103393--29103445	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29104117--29104167	26	2.0	26	88	7	77	31	13	23	31	1.93
29104142--29105297	317	3.6	315	76	9	967	22	28	28	21	1.99
29104769--29105070	158	1.9	159	79	3	340	24	28	27	20	1.99
29105264--29105342	26	3.0	26	94	3	133	26	18	26	27	1.98
29105487--29105978	158	3.1	154	76	8	454	23	28	28	19	1.98
29105302--29107683	671	3.6	670	87	2	2988	23	29	27	20	1.98
29106314--29107803	355	4.3	353	76	11	1267	23	29	27	20	1.98
29106828--29107321	159	3.1	156	76	4	499	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29107302--29107354	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
29107657--29107709	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29107498--29107863	183	2.0	184	79	3	398	24	28	25	21	1.99
29116783--29116834	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99
29117002--29117054	26	2.0	26	85	7	72	22	18	26	32	1.97
29117395--29117447	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29118462--29118512	21	2.4	21	93	0	84	21	47	13	17	1.82
29119363--29119415	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29120067--29120118	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
29120410--29120462	26	2.0	26	85	7	72	24	18	24	32	1.97
29120499--29120526	13	2.2	13	100	0	56	14	25	53	7	1.66
29120803--29120855	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29121302--29121329	13	2.2	13	100	0	56	21	32	46	0	1.52
29121538--29121567	12	2.5	12	94	0	51	3	26	26	43	1.70
29121796--29122258	159	2.9	157	74	7	470	24	31	25	18	1.97
29121785--29122313	159	3.3	156	74	8	469	23	32	26	18	1.97
29123082--29123574	158	3.1	156	76	9	498	22	30	27	19	1.98
29123551--29123600	26	1.9	26	95	0	91	28	18	28	26	1.98
29125281--29125377	32	3.0	32	95	0	176	25	40	20	13	1.89
29125285--29125369	17	5.2	16	65	21	52	27	38	21	12	1.90
29125415--29125915	158	3.2	157	77	5	465	22	30	27	19	1.98
29126608--29126660	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29126792--29126843	26	2.0	26	88	7	79	28	19	26	25	1.98
29127170--29127222	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29127195--29127591	159	2.5	159	77	3	386	24	29	27	19	1.98
29128387--29128439	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29128412--29128850	159	2.8	158	78	6	460	24	30	26	17	1.97
29128888--29128940	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29128696--29129221	277	1.9	279	83	1	680	25	28	25	20	1.99
29129159--29129554	184	2.2	184	85	3	525	23	26	27	22	2.00
29129349--29129401	26	2.0	26	82	13	65	28	16	22	32	1.96
29129375--29129871	159	3.2	152	74	10	450	20	27	29	21	1.98
29130964--29131016	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29132372--29132422	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
29132581--29132633	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
29132607--29133109	159	3.2	159	77	5	462	22	30	27	19	1.98
29133083--29133135	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29133766--29133819	26	2.1	26	92	0	90	25	24	27	22	2.00
29133937--29134461	158	3.3	158	80	5	544	23	30	27	18	1.97
29133792--29134461	317	2.1	322	82	5	800	23	30	27	18	1.98
29134435--29134513	26	3.0	26	92	0	131	26	18	26	27	1.98
29136165--29136217	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
29136191--29136695	159	3.2	157	75	5	379	22	30	27	20	1.98
29137388--29137440	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29137573--29137622	25	2.0	25	84	11	66	30	18	26	26	1.98
29138231--29138281	26	2.0	26	84	0	66	29	13	27	29	1.94
29139500--29139941	158	2.8	157	73	6	354	22	30	27	19	1.98
29139915--29139967	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29138940--29140018	501	2.2	501	85	1	1432	23	29	27	20	1.99
29140421--29141239	158	5.2	157	74	8	557	22	30	27	19	1.98
29140380--29141111	158	4.6	157	76	6	636	22	30	27	19	1.98
29140380--29141239	317	2.7	317	84	2	1098	22	30	27	19	1.98
29140380--29141175	159	5.0	157	75	7	606	22	31	27	18	1.97
29141213--29141317	26	4.0	26	85	2	140	26	21	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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