genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  245  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24344171--24344223	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
24344526--24344578	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
24344099--24345143	355	2.9	350	82	7	1204	19	26	29	24	1.99
24344894--24344946	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24346131--24346183	26	2.0	26	85	0	70	26	26	22	24	2.00
24346499--24346550	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
24347405--24347457	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24347774--24347824	26	2.0	26	92	7	86	29	25	19	25	1.99
24347798--24348265	159	3.0	159	79	3	442	17	27	31	23	1.97
24348245--24348286	21	2.0	21	90	0	66	7	16	30	45	1.74
24348294--24348346	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24349014--24349066	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
24349382--24349434	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
24349459--24349909	159	2.8	158	73	5	426	19	26	29	24	1.98
24349446--24349941	158	3.1	157	72	5	471	19	25	30	24	1.98
24349040--24350596	686	2.3	686	82	3	1857	20	26	29	23	1.99
24350570--24350621	26	2.0	26	85	7	70	28	26	17	26	1.97
24354212--24354264	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
24354578--24354627	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
24354741--24355106	160	2.3	159	81	6	436	19	26	29	23	1.99
24354641--24355106	159	2.9	159	77	6	487	19	27	30	22	1.98
24355800--24355852	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24356224--24356535	159	2.0	158	85	1	419	17	29	32	20	1.96
24356508--24356560	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
24355768--24356752	365	2.8	347	78	9	1014	20	27	29	22	1.99
24357560--24357609	25	2.0	26	88	4	75	28	26	18	28	1.98
24357946--24358446	159	3.2	157	75	7	492	19	27	28	23	1.99
24358569--24358619	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
24359543--24359595	26	2.0	26	85	0	70	30	28	15	26	1.96
24359709--24360071	158	2.3	157	76	6	345	20	24	29	25	1.99
24360755--24360807	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
24361618--24362937	355	3.7	353	79	5	1305	20	26	29	23	1.99
24362369--24362418	26	1.9	26	91	0	82	22	28	24	26	1.99
24362727--24362777	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
24363621--24363673	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24364315--24364367	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
24364938--24365801	368	2.3	366	80	3	907	21	25	29	23	1.99
24368150--24368202	26	2.0	26	92	0	88	30	28	18	22	1.98
24368120--24368937	367	2.2	365	83	2	1003	21	25	27	24	1.99
24368883--24368935	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24369368--24369420	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24370861--24370911	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
24371191--24371243	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
24371217--24371715	158	3.2	155	77	6	511	21	26	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24371813--24371837	11	2.3	11	100	0	50	16	28	36	20	1.93
24372814--24374145	367	3.6	367	81	4	1416	21	26	28	23	1.99
24373907--24373959	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24373993--24375081	159	6.8	158	72	6	612	19	28	29	23	1.98
24373933--24375083	317	3.6	318	79	5	1224	20	27	29	22	1.98
24374567--24374619	26	2.0	26	96	0	97	24	22	22	30	1.99
24375056--24375108	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
24375778--24375829	26	2.0	26	84	0	68	32	26	17	23	1.96
24376601--24376653	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
24377250--24377666	158	2.6	157	77	4	415	16	28	31	23	1.96
24378364--24378416	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
24378732--24378784	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
24378313--24379020	368	1.9	368	82	2	886	20	25	29	24	1.99
24379968--24380018	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
24380309--24380361	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24379915--24380678	343	2.2	338	79	9	784	20	27	28	23	1.99
24381729--24381778	25	2.0	26	92	4	84	30	20	20	30	1.97
24381469--24381927	183	2.5	184	78	2	505	21	27	27	24	1.99
24382247--24382619	158	2.4	158	79	2	399	19	26	29	25	1.98
24382999--24383050	25	2.0	26	88	3	79	28	23	21	26	1.99
24383181--24383233	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24382959--24383390	183	2.4	182	81	3	494	21	26	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24383534--24383586	26	2.0	26	92	7	90	26	30	18	24	1.98
24383109--24384114	353	2.8	352	78	5	1003	20	26	28	25	1.99
24383902--24383954	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
24385014--24385066	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
24385040--24385331	138	2.1	135	84	4	372	19	31	28	20	1.97
24387960--24388012	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
24387986--24388480	158	3.1	156	77	5	449	20	27	29	22	1.99
24389133--24389210	26	3.0	26	94	3	131	35	19	16	28	1.93
24391849--24391901	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24390728--24392086	368	3.7	362	78	5	1357	21	26	28	23	1.99
24391875--24392374	159	3.2	155	75	10	449	21	26	29	23	1.99
24392879--24392931	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
24393234--24393286	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24393348--24393763	159	2.6	159	81	2	512	18	30	28	23	1.98
24393736--24393788	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24394469--24394521	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
24394615--24394675	32	1.9	32	93	0	104	8	32	36	22	1.84
24394676--24394728	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24396260--24396310	26	2.0	26	88	7	77	31	27	13	27	1.94
24396614--24396666	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24396704--24397140	157	2.8	157	79	6	470	18	27	31	23	1.97
24396647--24397140	158	3.1	156	76	8	491	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24398205--24398257	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24398305--24398357	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24398165--24398360	100	2.0	100	94	0	347	21	28	23	25	1.99
24398331--24398821	159	3.1	158	71	10	421	20	27	29	21	1.98
24399187--24399239	26	2.0	26	85	0	70	33	26	13	26	1.93
24399555--24399606	26	2.0	26	92	3	88	28	26	21	23	1.99
24399142--24400276	367	3.2	355	79	6	997	21	27	27	22	1.99
24399909--24399961	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24399299--24400145	354	2.4	357	81	6	980	21	27	28	22	1.99
24401122--24401171	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
24403519--24403571	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24404549--24404782	119	2.0	119	93	0	396	16	26	28	28	1.97
24404792--24404844	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
24405161--24405211	26	2.0	26	88	0	75	29	23	19	27	1.98
24405994--24406046	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
24406115--24406522	159	2.6	159	79	3	428	17	28	29	24	1.97
24407211--24407269	26	2.2	27	82	11	77	27	25	18	28	1.98
24407520--24407546	13	2.1	13	100	0	54	14	55	14	14	1.70
24407583--24407634	25	2.0	26	85	3	70	26	25	19	28	1.98
24407186--24408191	366	2.7	365	84	3	1213	20	28	29	22	1.98
24408091--24408476	159	2.4	158	79	7	426	18	27	31	23	1.97
24407974--24408474	158	3.2	154	76	9	465	18	26	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24408448--24408500	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24408956--24409006	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
24409405--24409846	158	2.8	159	80	7	454	19	28	29	22	1.98
24410692--24410744	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24410811--24411221	158	2.6	159	76	5	393	18	28	28	24	1.98
24411193--24411245	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
24412642--24412694	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
24411864--24413612	368	4.8	366	78	6	1569	21	27	27	23	1.99
24413010--24413062	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24411865--24413660	736	2.5	723	79	6	1902	21	27	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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