genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  138  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16482238--16482290	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16482423--16483159	342	2.2	342	81	3	838	18	27	29	24	1.98
16482817--16483307	159	3.1	157	75	7	429	19	26	29	24	1.98
16483324--16483689	171	2.1	171	79	9	404	22	28	27	21	1.99
16484750--16484801	25	2.0	26	88	3	79	28	25	17	28	1.97
16485470--16485522	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16485834--16486231	184	2.2	184	86	1	539	22	27	26	24	2.00
16486355--16486407	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
16486933--16487425	161	3.1	160	74	12	411	18	26	31	23	1.98
16487412--16487464	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
16487793--16487843	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
16487958--16488479	158	3.3	157	79	7	493	18	27	30	24	1.98
16488452--16488504	26	2.0	26	89	7	81	26	18	20	33	1.96
16489336--16489388	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16489715--16489765	26	2.0	26	88	7	77	29	25	15	29	1.96
16489836--16490404	159	3.6	158	80	4	601	17	27	30	24	1.97
16490377--16490429	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16491587--16491639	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16491857--16493681	158	11.1	159	71	11	1090	18	26	30	23	1.98
16491868--16492508	317	2.0	317	84	4	846	18	28	31	22	1.97
16492075--16493071	501	2.0	500	84	1	1300	19	26	30	23	1.98
16492106--16493153	500	2.1	501	82	2	1257	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16492625--16493852	672	1.8	672	91	0	2019	19	26	29	24	1.98
16493798--16493850	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16493995--16494047	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16494338--16494390	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16494688--16495670	158	6.3	158	80	5	773	18	27	31	23	1.97
16494688--16495683	471	2.1	470	80	5	1089	18	27	31	23	1.97
16495656--16495708	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16495560--16495895	184	1.8	185	85	3	471	20	26	27	25	1.99
16495843--16495892	26	1.9	26	88	8	75	26	20	20	34	1.96
16496552--16496604	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16496578--16497085	159	3.2	159	76	10	428	19	27	29	23	1.98
16497056--16497110	26	2.1	26	93	6	94	29	23	23	23	1.99
16497425--16497477	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16497451--16497952	158	3.2	157	81	7	563	19	28	30	22	1.98
16498672--16499176	159	3.2	160	80	4	522	19	26	30	24	1.98
16499151--16499200	26	1.9	26	92	8	84	30	24	16	30	1.96
16498989--16499714	184	4.0	185	73	8	488	19	26	29	23	1.98
16499076--16499720	355	1.8	355	83	2	864	19	27	28	24	1.98
16500004--16500056	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16506616--16506668	26	2.0	26	85	0	70	32	24	15	28	1.95
16506682--16506976	159	1.9	158	83	0	383	17	26	31	24	1.97
16507118--16507170	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16508208--16508286	26	3.0	26	90	0	122	29	27	17	25	1.98
16509655--16509946	158	1.8	159	82	2	372	18	25	30	25	1.98
16509526--16509956	159	2.7	158	76	7	408	18	26	29	25	1.98
16510639--16510691	26	2.0	26	82	13	65	32	26	15	26	1.95
16511470--16511521	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
16511187--16512062	359	2.4	361	79	5	867	21	27	28	22	1.99
16511830--16511882	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16511996--16512356	157	2.3	157	79	5	370	21	24	29	24	1.99
16511856--16512387	158	3.4	156	75	5	505	21	25	30	23	1.99
16512449--16512473	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
16512511--16512563	26	2.0	26	85	0	70	30	24	20	24	1.99
16512849--16512900	25	2.0	26	85	3	70	28	17	23	30	1.97
16518815--16518867	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
16519559--16520061	159	3.2	156	75	7	451	20	26	29	23	1.99
16520035--16520087	26	2.0	26	85	7	72	32	24	16	26	1.97
16520232--16520283	26	2.0	26	88	0	77	30	25	15	28	1.96
16522363--16522415	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16522638--16523154	159	3.3	159	79	4	587	19	25	30	24	1.98
16523851--16523903	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16523877--16524373	159	3.1	157	75	6	417	19	25	31	23	1.98
16524738--16524790	26	2.0	26	89	7	81	30	26	15	28	1.96
16525046--16525422	158	2.4	157	80	4	398	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16525399--16525454	26	2.2	25	87	12	80	26	23	21	28	1.99
16526277--16526329	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
16526363--16526810	153	2.9	154	73	12	419	18	27	31	23	1.97
16525738--16526938	507	2.4	504	81	6	1285	19	27	29	23	1.99
16526784--16526836	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16526993--16527045	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16527337--16527389	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16527446--16527478	15	2.2	15	94	0	57	18	42	27	12	1.85
16528074--16528437	159	2.3	158	77	5	356	20	27	29	22	1.98
16528561--16528612	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
16527998--16529313	513	2.6	502	80	5	1350	20	27	29	23	1.99
16529063--16529115	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16529431--16529483	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
16530296--16530346	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
16530965--16531017	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
16531465--16531517	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16531580--16531944	185	2.0	184	83	2	455	20	26	29	23	1.99
16532104--16532157	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
16532130--16532634	158	3.2	157	78	5	525	20	28	28	22	1.99
16532450--16532989	183	2.9	184	80	6	524	22	28	26	22	1.99
16533185--16533906	196	3.7	196	86	1	761	20	24	29	25	1.99
16533487--16533539	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16534064--16534114	26	2.0	26	88	0	75	33	29	13	23	1.93
16535859--16536203	158	2.2	157	84	0	438	21	26	27	24	1.99
16536545--16536596	26	2.0	25	89	10	79	26	26	21	25	1.99
16536570--16537061	159	3.1	155	74	7	479	20	25	28	25	1.99
16537214--16537964	343	2.2	342	80	5	833	19	28	28	23	1.98
16538461--16538516	26	2.2	26	96	0	103	32	26	16	25	1.96
16539239--16539291	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16539582--16539633	25	2.0	26	96	3	97	26	25	21	26	1.99
16540303--16540355	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
16540664--16541061	184	2.2	185	86	5	549	22	27	26	23	2.00
16541739--16541791	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16541765--16543267	159	9.2	157	71	13	783	19	27	30	23	1.98
16542137--16542492	169	2.1	170	82	5	423	21	27	30	21	1.98
16543241--16543293	26	2.0	26	89	7	81	26	18	20	33	1.96
16543929--16544625	159	4.4	157	78	5	604	18	27	30	23	1.98
16544598--16544650	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16545806--16545858	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16546083--16547878	158	11.0	160	71	11	831	18	26	30	24	1.98
16546329--16547288	500	1.9	500	84	2	1277	19	27	30	23	1.98
16547352--16547403	26	2.0	26	92	0	86	30	26	15	26	1.96
16546839--16548060	664	1.8	664	90	1	1975	19	26	30	24	1.98
16548008--16548060	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16548388--16548440	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16548414--16548915	159	3.2	159	76	7	486	20	26	29	23	1.99
16549232--16549284	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
16550415--16550472	26	2.2	26	84	3	71	24	17	25	32	1.96
16550429--16550484	26	2.2	26	87	6	78	30	21	19	28	1.98
16552016--16552514	159	3.1	159	74	5	366	20	25	29	24	1.99
16552488--16552540	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16553397--16553745	158	2.2	158	78	4	353	20	26	28	24	1.99
16553719--16553771	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16554075--16554593	156	3.3	157	75	6	478	19	26	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402