genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  77  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11967487--11969187	867	2.0	868	86	2	2367	23	28	26	21	1.99
11968884--11969548	316	2.1	323	80	7	744	23	30	26	19	1.98
11969055--11969548	158	3.1	158	78	5	500	23	30	26	18	1.98
11968385--11969826	671	2.1	669	82	3	1752	23	29	27	19	1.98
11969554--11969886	171	1.9	171	82	2	409	21	31	27	19	1.97
11969897--11969949	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11969922--11970352	159	2.7	159	80	3	476	23	30	28	17	1.97
11971108--11971160	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
11971133--11971507	158	2.4	159	80	5	427	25	29	27	18	1.98
11971204--11971579	159	2.4	158	81	4	427	23	29	28	18	1.97
11972321--11972373	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
11972822--11972871	26	1.9	26	100	0	100	32	20	24	24	1.98
11972662--11973029	184	2.0	184	80	4	420	24	27	27	19	1.99
11973333--11973385	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11973548--11973597	26	1.9	26	88	8	75	34	22	20	24	1.97
11973652--11974076	159	2.7	156	76	7	424	23	30	26	20	1.99
11974672--11974704	11	3.0	11	95	0	57	15	36	27	21	1.93
11975602--11975654	26	2.0	26	89	7	81	24	15	30	30	1.95
11977204--11977255	25	2.0	26	89	10	81	28	17	23	30	1.97
11977229--11977699	158	3.0	159	78	8	505	23	30	27	18	1.98
11978400--11978452	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11977387--11978699	344	3.8	340	75	11	1180	23	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11979017--11980076	344	3.0	343	78	6	994	23	28	26	21	1.99
11979800--11980171	185	2.0	185	81	3	426	24	27	26	22	2.00
11979286--11981057	858	2.1	863	81	4	2065	23	28	26	21	1.99
11979985--11980416	159	2.7	157	77	5	409	24	29	27	18	1.98
11982014--11982066	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11982040--11982539	159	3.1	159	74	5	382	23	29	26	20	1.99
11982859--11982911	26	2.0	26	85	0	70	26	18	28	26	1.98
11982199--11983478	343	3.7	339	80	4	1216	23	28	27	20	1.99
11983202--11983254	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11983227--11983666	159	2.8	159	83	1	463	24	30	26	18	1.98
11983704--11983754	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
11983913--11984274	185	2.0	185	85	3	498	24	28	26	20	1.99
11984103--11984447	158	2.2	158	79	6	376	23	28	25	21	1.99
11984575--11984626	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
11984416--11984775	183	2.0	184	82	2	438	25	28	24	21	1.99
11983887--11985162	500	2.5	499	81	5	1428	23	29	26	19	1.98
11984599--11985093	159	3.1	156	76	7	406	23	30	27	18	1.97
11985074--11985126	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
11986014--11986420	158	2.6	157	85	1	526	20	32	29	17	1.96
11986427--11986479	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
11986110--11986909	355	2.3	342	81	5	908	23	28	28	20	1.99
11986782--11986835	26	2.0	27	89	3	83	25	18	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11988829--11988880	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
11995361--11995396	11	3.3	11	88	0	54	11	27	30	30	1.91
11995460--11995512	26	2.0	26	89	7	81	35	20	18	24	1.95
11995485--11995910	158	2.7	158	79	5	409	23	28	29	19	1.98
11995940--11995992	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
11996320--11996372	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11996345--11996790	159	2.8	158	80	6	512	23	30	28	17	1.97
11996820--11996872	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
11997447--11997497	26	2.0	25	96	3	93	33	19	19	27	1.96
11997471--11997758	159	1.8	158	88	2	443	22	30	29	17	1.96
11997801--11997851	26	2.0	25	92	7	86	31	21	19	27	1.97
11998155--11998205	25	2.0	25	88	7	77	31	21	19	27	1.97
11997447--11998645	354	3.4	354	95	0	2112	22	30	27	19	1.98
11998542--11999034	158	3.1	154	76	6	513	23	32	25	18	1.97
11999008--11999060	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
11998172--11999301	512	2.2	508	79	8	1168	23	30	26	19	1.98
11999214--11999463	129	1.9	129	81	1	295	24	28	28	19	1.99
11999644--11999702	26	2.3	26	88	5	86	25	18	28	27	1.98
12000726--12000776	26	2.0	26	92	0	84	29	9	29	31	1.89
12000935--12000987	26	2.0	26	85	0	70	32	16	22	28	1.96
12001120--12001172	26	2.0	26	85	0	70	26	18	28	26	1.98
12000903--12001245	185	1.9	185	83	1	454	24	26	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12001855--12002293	159	2.8	158	76	6	449	23	29	27	19	1.98
12002699--12003114	159	2.6	158	77	5	437	22	29	28	18	1.98
12003175--12003227	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
12004062--12004442	170	2.2	169	77	5	399	22	28	27	21	1.99
12004458--12004949	159	3.1	155	78	7	524	22	31	27	18	1.97
12003897--12004892	524	1.9	519	82	3	1263	23	28	27	19	1.98
12004926--12004975	26	1.9	26	91	0	82	26	14	32	28	1.94
12005630--12005682	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
12005838--12005890	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
12005866--12006324	159	2.9	157	77	4	458	23	30	26	18	1.98
12006743--12007105	158	2.3	158	78	8	398	23	31	26	18	1.97
12007219--12007271	26	2.0	26	89	7	81	26	20	28	24	1.99
12008045--12008094	26	2.0	26	88	11	77	26	12	28	34	1.92
12008777--12008829	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12009120--12009172	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
12009330--12009382	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
12016841--12016893	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12016866--12017311	159	2.8	156	75	8	400	23	28	27	19	1.99
12016867--12017359	158	3.1	155	72	8	404	23	29	26	20	1.99
12017340--12017392	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
12017707--12017759	26	2.0	26	89	7	81	26	16	24	32	1.97
12018201--12018250	26	1.9	26	87	0	73	30	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12018934--12018986	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
12019278--12019329	25	2.0	26	92	3	88	25	19	28	26	1.98
12019302--12019665	171	2.1	171	77	6	378	23	31	26	18	1.97
12019258--12019938	355	1.9	361	81	7	821	23	30	27	19	1.98
12019670--12020088	158	2.6	157	81	4	477	23	30	29	17	1.97
12020869--12020919	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
12020895--12021332	159	2.8	159	78	5	456	23	31	27	17	1.97
12021369--12021473	26	4.0	26	78	2	113	23	23	24	27	2.00
12021373--12021474	52	2.0	52	84	7	136	23	24	25	26	2.00
12021453--12021948	158	3.1	157	78	6	484	22	30	28	19	1.98
12020872--12021975	553	2.0	553	85	2	1493	22	29	27	19	1.98
12021922--12021974	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12022667--12023272	159	3.8	158	80	3	626	23	31	27	16	1.97
12022667--12023321	317	2.1	317	79	5	698	23	30	27	17	1.97
12023302--12023354	26	2.0	26	82	13	65	26	15	26	32	1.95
12023115--12024039	366	2.6	356	80	7	1021	22	29	27	20	1.99
12023497--12023880	196	2.0	196	85	3	522	21	27	28	22	1.99
12023832--12024648	159	5.1	159	78	3	838	22	31	27	18	1.97
12023864--12024654	317	2.5	317	86	1	1093	22	30	28	18	1.98
12025224--12025276	26	2.0	26	86	13	74	30	16	24	28	1.97
12026148--12026200	26	2.0	26	82	7	63	32	18	22	26	1.97
12026615--12026668	25	2.1	27	86	6	76	25	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12027333--12027733	159	2.5	156	82	5	448	25	26	27	20	1.99
12027502--12027800	159	1.9	159	79	2	341	23	29	27	20	1.99
12027968--12028019	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
12028314--12028366	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
12028339--12028842	159	3.2	157	75	5	485	22	30	27	19	1.98
12028816--12028868	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
12029554--12029609	26	2.2	26	87	6	78	28	16	25	30	1.96
12029580--12030354	158	4.8	157	74	9	569	23	30	26	19	1.98
12029579--12030357	317	2.4	324	82	6	895	23	30	26	19	1.98
12031917--12031969	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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