genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  114  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14770952--14771351	156	2.5	155	78	8	414	24	27	24	23	2.00
14770987--14771649	158	4.2	157	75	8	492	23	28	26	21	1.99
14771623--14771675	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14772382--14772673	157	1.9	158	81	3	365	23	30	27	18	1.97
14772698--14772750	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
14772907--14772959	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
14772932--14773342	159	2.6	158	79	3	425	24	30	27	18	1.97
14772932--14773433	158	3.2	159	76	3	478	23	30	27	19	1.98
14773409--14773459	26	2.0	26	92	0	84	25	13	33	27	1.94
14773262--14774011	184	3.9	184	75	11	524	23	28	26	20	1.99
14773592--14773644	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
14773801--14773853	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14773826--14774272	159	2.8	159	80	5	512	23	31	26	17	1.97
14773827--14774328	158	3.2	155	76	7	467	24	31	25	19	1.98
14772682--14774375	894	1.9	894	88	0	2577	24	28	26	20	1.99
14774302--14774354	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
14774500--14774552	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
14773484--14775762	699	3.3	694	81	4	2413	24	29	26	19	1.99
14774525--14774957	159	2.7	158	78	2	463	23	30	28	17	1.97
14775001--14775053	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14775211--14775711	159	3.2	156	76	7	476	23	31	25	19	1.98
14775685--14775737	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14776603--14776655	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14782831--14782881	26	2.0	26	88	0	75	27	17	29	25	1.98
14782854--14783600	159	4.7	159	75	4	605	24	29	27	18	1.98
14782855--14783539	316	2.2	316	83	2	829	24	30	26	18	1.98
14782854--14783673	316	2.6	316	80	4	735	24	29	26	19	1.98
14784026--14784078	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14784051--14784482	159	2.7	158	79	5	444	23	29	28	18	1.97
14784527--14784579	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14791161--14791593	158	2.7	158	76	5	401	24	29	27	19	1.98
14792502--14792554	26	2.0	26	88	0	79	28	15	26	30	1.96
14793198--14793315	59	2.0	59	93	0	200	31	22	22	24	1.98
14793282--14793334	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14793783--14793835	26	2.0	26	85	0	70	26	24	26	22	2.00
14794150--14794201	26	2.0	25	88	3	77	23	17	28	30	1.97
14793751--14794630	379	2.4	367	81	5	1009	23	30	26	20	1.99
14794529--14794581	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14794554--14795014	159	2.9	158	78	3	505	23	30	28	18	1.97
14795034--14795083	26	1.9	26	91	0	82	28	12	30	30	1.92
14795766--14796226	156	2.9	157	78	5	480	22	30	27	18	1.98
14796241--14796294	26	2.1	26	89	0	81	33	16	25	24	1.96
14796582--14796634	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
14797281--14797333	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14797307--14797800	158	3.1	157	77	4	510	22	29	27	19	1.98
14797306--14797751	159	2.8	158	78	4	459	22	30	28	18	1.97
14797782--14797834	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
14797465--14798210	343	2.2	342	84	3	982	23	29	27	19	1.98
14798446--14798498	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14800918--14800969	25	2.0	26	89	10	81	26	21	25	26	1.99
14801335--14801386	26	2.0	25	88	3	77	28	19	21	30	1.97
14802035--14802086	26	2.0	26	88	7	79	30	19	21	28	1.97
14802062--14802482	157	2.7	158	77	2	416	27	29	25	18	1.98
14802572--14803066	159	3.1	155	76	10	423	25	31	25	18	1.98
14802034--14803170	510	2.2	510	80	6	1208	25	29	25	19	1.98
14803793--14804611	158	5.2	158	73	7	570	23	30	27	19	1.98
14803792--14804611	317	2.6	316	83	3	986	23	30	27	19	1.98
14804964--14805016	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14804990--14805455	159	2.9	158	77	4	472	22	30	28	18	1.97
14804993--14805491	158	3.1	158	75	5	461	23	30	28	18	1.97
14805468--14805522	26	2.1	27	93	3	94	25	20	29	25	1.99
14806384--14806409	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
14806448--14806980	60	8.6	58	79	15	538	33	12	6	47	1.68
14806505--14806979	128	3.8	127	88	6	647	33	12	6	47	1.68
14806756--14807000	57	4.1	61	87	7	337	31	12	7	47	1.70
14806756--14806970	117	1.8	117	91	4	355	33	14	7	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14807018--14807077	6	11.4	5	80	16	52	76	0	6	16	0.99
14807003--14807070	21	3.2	20	72	24	59	75	0	7	17	1.03
14807021--14807078	17	3.6	16	81	4	64	77	0	6	15	0.97
14807101--14807150	26	1.9	26	88	8	75	80	4	2	14	0.95
14807925--14807969	22	2.1	22	83	4	56	66	0	8	24	1.20
14807934--14807988	23	2.5	22	80	11	58	63	1	7	27	1.31
14807995--14808042	23	2.1	23	88	11	73	79	2	2	16	0.93
14808031--14808115	34	2.5	33	78	16	84	67	4	2	25	1.23
14808090--14808124	11	3.1	12	88	12	56	80	0	0	20	0.72
14808092--14808126	6	5.8	6	90	10	54	80	0	0	20	0.72
14808456--14809275	159	5.2	158	74	5	681	22	30	27	19	1.98
14808455--14809275	317	2.6	314	83	3	975	22	30	27	19	1.98
14809249--14809301	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14810133--14810182	26	1.9	26	95	0	91	26	20	30	24	1.98
14811215--14811267	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14811704--14811756	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
14821821--14821873	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14822753--14822805	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
14823635--14823686	26	2.0	26	92	0	86	25	13	28	32	1.93
14824176--14824228	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14824520--14824573	26	2.0	27	89	10	85	22	20	29	27	1.98
14825235--14825289	27	2.0	27	86	6	76	27	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14827163--14827215	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
14827321--14827704	158	2.4	159	81	4	456	18	25	30	25	1.98
14827701--14828069	171	2.2	170	81	5	431	22	27	28	20	1.99
14828042--14828094	26	2.0	26	92	0	88	32	26	16	24	1.97
14827603--14828279	355	1.9	355	82	6	858	21	27	28	22	1.99
14828068--14828568	158	3.2	156	74	8	447	21	28	27	22	1.99
14829257--14829613	159	2.3	157	78	5	378	19	26	30	22	1.98
14829920--14829972	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
14830423--14830472	26	1.9	26	91	0	82	24	24	22	30	1.99
14830270--14830618	184	1.9	183	82	1	439	20	25	29	24	1.99
14831311--14831364	26	2.1	26	89	0	81	27	27	20	24	1.99
14831654--14831706	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
14832373--14832425	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
14833567--14833619	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
14833509--14834172	184	3.5	181	75	14	582	19	27	28	24	1.99
14833960--14834012	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14835207--14835256	26	1.9	26	91	0	82	24	28	24	24	2.00
14835383--14835739	158	2.3	159	79	8	370	20	26	29	23	1.99
14835827--14836222	159	2.5	157	80	3	427	19	27	29	24	1.98
14837414--14837466	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
14837794--14837846	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
14837947--14838323	159	2.4	156	80	9	424	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14838293--14838348	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
14838503--14838555	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
14838846--14838898	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14839570--14839622	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
14840450--14840502	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14842077--14842126	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
14842555--14842607	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
14842751--14842803	26	2.0	26	82	7	63	28	20	20	30	1.98
14842482--14842974	196	2.5	196	85	1	648	20	26	28	24	1.99
14843131--14843183	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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