genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  89  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12851864--12851916	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
12851890--12852392	159	3.2	158	77	5	413	19	27	29	23	1.98
12851944--12852412	159	3.0	158	76	4	419	18	27	30	23	1.98
12853049--12853101	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12853756--12853834	26	3.0	26	87	3	106	27	29	18	24	1.98
12853808--12854202	159	2.5	156	78	7	422	20	24	31	24	1.98
12853808--12854298	158	3.1	155	75	6	461	19	24	30	25	1.98
12854639--12854691	26	2.0	26	85	0	70	30	28	18	22	1.98
12856732--12856784	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
12856291--12857320	354	2.9	352	77	8	989	18	27	30	23	1.98
12857112--12857614	159	3.2	157	71	9	410	18	26	30	24	1.98
12857588--12857640	26	2.0	26	82	13	65	26	22	20	30	1.98
12858309--12858643	184	1.8	185	85	1	476	18	26	31	23	1.97
12858671--12858720	21	2.4	21	86	0	73	26	26	46	2	1.64
12859355--12859407	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
12859380--12859749	171	2.2	171	78	4	379	22	28	27	21	1.99
12859723--12859775	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
12859748--12860181	160	2.7	157	75	4	395	23	29	27	19	1.98
12860225--12860277	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
12860951--12861000	26	1.9	26	84	8	66	34	18	24	24	1.96
12862321--12862823	158	3.2	154	75	10	441	23	30	26	19	1.98
12862797--12862849	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12861131--12863046	676	2.8	669	81	4	2180	23	28	26	20	1.99
12863310--12863388	26	3.0	26	96	0	140	25	17	27	29	1.98
12864065--12864568	158	3.2	156	75	5	483	23	28	27	20	1.99
12864542--12864594	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12864225--12864988	343	2.2	343	85	3	1009	22	29	28	19	1.98
12865297--12865708	159	2.6	158	77	7	422	23	29	29	17	1.97
12866238--12866289	26	2.0	26	92	7	88	28	15	25	30	1.96
12866755--12867199	158	2.8	157	72	6	378	25	30	26	17	1.98
12867259--12867311	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12866953--12868052	553	2.0	553	85	2	1501	24	26	26	22	2.00
12868533--12868585	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12868723--12868773	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
12869088--12869140	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12869113--12869564	159	2.8	158	80	4	514	22	29	27	20	1.98
12869114--12869616	159	3.2	159	77	6	511	22	29	26	21	1.99
12869590--12869641	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
12870308--12870360	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
12870834--12870886	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
12870517--12871659	552	2.1	551	83	3	1440	23	28	26	21	1.99
12871386--12871437	26	2.0	25	92	3	86	25	17	28	28	1.97
12872097--12872149	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12872293--12872345	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12872319--12872664	159	2.2	158	85	2	451	19	28	31	20	1.97
12872637--12872689	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
12874030--12874548	158	3.3	157	75	7	413	20	26	29	24	1.99
12874531--12874583	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12874736--12874793	26	2.2	27	84	6	82	27	24	20	27	1.99
12875242--12875294	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
12875600--12875649	26	1.9	26	84	8	66	28	22	20	30	1.98
12876262--12876314	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
12876761--12876813	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12878318--12878370	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12878513--12878565	26	2.0	26	92	0	88	33	26	15	24	1.95
12879578--12879630	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
12880643--12880694	26	2.0	26	96	0	95	34	25	15	25	1.95
12881488--12881541	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
12881514--12882984	159	9.2	157	74	7	1028	19	27	30	22	1.98
12882215--12882992	158	4.9	159	77	6	693	19	28	29	21	1.98
12881514--12882984	318	4.6	319	77	8	1175	19	27	30	22	1.98
12883128--12883180	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
12883466--12883523	26	2.2	26	87	9	82	25	24	20	29	1.99
12884157--12884564	159	2.6	158	75	8	348	20	25	31	22	1.98
12884542--12884588	20	2.3	20	96	0	85	23	23	46	6	1.75
12884567--12885005	159	2.8	159	82	3	539	17	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12884256--12884903	337	1.9	336	83	3	838	18	26	31	22	1.97
12890240--12890292	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12890266--12890768	158	3.2	158	78	5	453	19	28	29	22	1.98
12890741--12890793	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
12891099--12891151	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
12891125--12891632	159	3.2	158	77	6	476	20	28	29	22	1.98
12892383--12892849	159	2.9	160	80	5	466	18	27	31	22	1.97
12892823--12892874	25	2.0	26	92	3	88	25	21	23	30	1.99
12893615--12893667	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
12894074--12894126	26	2.0	26	89	7	81	26	18	22	32	1.97
12894197--12895655	159	8.8	157	69	13	558	18	27	30	22	1.98
12894940--12894992	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12894966--12895626	317	2.1	317	79	5	703	18	26	31	22	1.97
12894966--12895666	159	4.4	159	75	6	670	18	27	31	21	1.97
12895785--12895837	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
12894023--12896270	854	2.6	844	84	5	2756	19	27	30	22	1.98
12895875--12896241	158	2.3	156	78	6	355	19	28	29	22	1.98
12897097--12897522	159	2.7	159	80	2	464	17	30	29	22	1.97
12897495--12897547	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12897336--12897706	184	2.0	185	81	6	441	19	28	28	23	1.99
12897838--12897890	26	2.0	26	89	7	81	30	24	15	30	1.95
12898547--12899038	159	3.1	157	76	5	524	21	27	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12899336--12899362	13	2.1	13	100	0	54	7	44	25	22	1.79
12899400--12899454	26	2.1	26	86	0	74	27	27	18	27	1.98
12899704--12899756	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
12900426--12900476	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
12900452--12900952	158	3.2	158	80	3	578	19	28	30	21	1.98
12901046--12901075	11	2.7	11	89	0	51	20	43	23	13	1.86
12901662--12901711	26	1.9	26	88	8	75	26	26	18	30	1.98
12902160--12902212	26	2.0	26	85	0	70	26	20	18	33	1.96
12902528--12902580	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12902554--12902883	158	2.1	158	81	2	376	21	27	28	22	1.99
12902980--12903032	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12903006--12903437	159	2.7	157	75	4	402	21	26	28	23	1.99
12903076--12904291	159	7.6	156	71	10	479	20	25	29	24	1.99
12903006--12903825	317	2.6	314	81	3	883	21	25	29	24	1.99
12903404--12904313	488	1.9	488	80	3	1094	19	25	29	25	1.99
12904668--12904720	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
12905903--12905955	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12905963--12906769	159	5.1	156	74	8	596	18	28	31	21	1.97
12905929--12906773	315	2.7	316	82	3	982	19	27	31	22	1.98
12907070--12907657	300	2.0	302	82	2	727	20	26	29	23	1.99
12907548--12907914	184	2.0	184	83	2	468	20	27	28	23	1.99
12908734--12909099	184	2.0	184	83	3	459	20	27	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12909351--12910017	159	4.2	159	74	5	528	19	28	29	23	1.98
12909279--12910065	158	5.0	158	75	4	629	19	27	29	22	1.98
12909279--12910088	317	2.6	316	84	2	975	20	27	29	23	1.99
12910427--12910479	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
12915982--12916681	159	4.3	157	73	8	485	19	27	30	22	1.98
12916032--12916674	329	2.0	317	79	7	697	19	27	30	22	1.98
12916440--12916753	171	1.8	170	79	4	364	19	24	31	24	1.98
12916812--12916864	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
12917155--12917207	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12917868--12918228	159	2.3	159	80	3	404	18	26	31	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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