genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  64  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10979922--10979974	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10980118--10980170	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
10979835--10980193	196	1.8	196	87	2	533	18	28	30	22	1.98
10981181--10981233	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
10981524--10981576	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10982251--10982303	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
10982571--10982950	171	2.3	163	80	7	385	20	26	29	24	1.99
10983671--10983723	26	2.0	26	82	7	63	30	26	16	26	1.97
10984470--10984522	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10985202--10985254	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
10985676--10985734	26	2.3	25	91	8	93	27	22	18	32	1.97
10986787--10986836	26	1.9	26	87	0	73	24	26	20	30	1.98
10987248--10987313	26	2.5	26	92	4	107	28	24	16	30	1.97
10987960--10988012	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10988050--10988483	159	2.7	158	77	5	419	18	27	29	24	1.98
10988456--10988508	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10988821--10988874	27	2.0	26	85	3	72	29	27	18	24	1.98
10990436--10990486	26	2.0	26	88	0	75	27	27	15	29	1.96
10990936--10990987	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
10991314--10991366	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
10991378--10991873	159	3.1	158	76	5	428	19	26	30	23	1.98
10992001--10992053	26	2.0	26	85	0	70	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10991060--10992307	683	1.8	685	82	4	1595	19	27	28	24	1.98
10991661--10992590	356	2.6	360	80	7	1044	19	28	28	23	1.98
10992523--10992886	158	2.3	159	78	3	392	20	26	29	23	1.99
10993660--10994106	159	2.8	157	79	5	472	18	28	30	22	1.97
10994078--10994171	26	3.6	26	98	0	179	27	22	19	30	1.98
10994509--10994561	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10994677--10995034	157	2.3	158	77	6	366	20	27	28	23	1.99
10995006--10995058	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
11001645--11002356	158	4.4	158	75	7	520	19	27	30	22	1.98
11001645--11003345	159	10.2	158	68	13	562	18	27	30	22	1.97
11002475--11002526	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
11002817--11002869	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
11002445--11003186	343	2.2	342	86	2	1042	18	27	30	23	1.98
11003319--11003371	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
11003536--11003634	26	3.8	26	86	2	110	28	24	21	26	1.99
11003536--11003634	52	1.9	52	87	0	144	28	24	21	26	1.99
11003756--11004087	159	2.1	158	79	7	352	18	29	30	21	1.97
11004457--11005903	316	4.6	316	82	3	1664	19	26	30	23	1.98
11004464--11005903	631	2.3	630	85	3	1889	19	26	30	23	1.98
11006574--11006624	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
11006598--11007139	158	3.4	158	74	6	461	18	27	30	23	1.98
11007254--11007309	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11010040--11010092	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11010721--11010773	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
11011044--11011094	26	2.0	26	88	7	77	25	21	23	29	1.99
11010382--11011757	689	2.0	688	87	1	1997	20	27	28	23	1.99
11011410--11011462	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11011889--11011941	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11010421--11012298	689	2.8	673	81	7	1845	20	27	29	23	1.99
11012085--11012137	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
11011781--11012140	196	1.8	196	88	1	551	20	27	28	23	1.99
11013287--11013664	159	2.4	158	78	7	397	18	26	30	24	1.98
11013713--11013754	12	3.5	12	75	12	50	35	30	30	2	1.71
11015040--11015373	158	2.1	157	85	3	440	20	25	28	25	1.99
11015550--11015602	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
11015905--11015957	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
11015931--11016431	159	3.2	156	74	7	465	19	25	30	24	1.98
11016405--11016457	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11016247--11016616	184	2.0	184	85	2	501	20	25	28	25	1.99
11016774--11016824	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
11017297--11017349	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11017494--11017546	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
11021185--11021686	158	3.2	157	78	3	542	19	27	30	23	1.98
11021660--11021712	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11022040--11022091	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
11022381--11022433	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
11021628--11022748	341	3.2	341	80	7	1016	18	27	30	23	1.98
11022447--11022909	159	2.9	160	78	6	451	17	28	31	22	1.97
11022881--11022933	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
11023098--11023196	26	3.8	26	86	0	135	28	25	21	25	1.99
11023098--11023196	52	1.9	52	91	0	162	28	25	21	25	1.99
11023253--11023649	159	2.5	158	79	5	401	17	29	29	23	1.97
11023414--11024333	343	2.7	345	80	7	983	19	28	28	22	1.98
11024084--11025469	157	8.8	157	73	7	601	18	27	30	23	1.98
11024021--11025468	316	4.6	316	81	5	1598	18	27	30	23	1.98
11026138--11026188	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
11026814--11026869	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
11028674--11028726	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
11029173--11029225	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
11029540--11029592	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11029630--11030087	158	2.9	155	73	8	413	19	28	29	22	1.98
11030562--11030612	26	2.0	26	88	7	77	25	21	23	29	1.99
11030929--11030981	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11031404--11031456	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11031599--11031651	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
11031296--11031654	195	1.8	196	88	1	551	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11032655--11032706	26	2.0	26	85	7	70	26	26	19	26	1.99
11032806--11033182	158	2.4	158	80	4	436	18	27	30	24	1.98
11033231--11033272	12	3.5	12	75	12	50	35	30	30	2	1.71
11034561--11034894	158	2.1	157	83	3	413	20	25	28	25	1.99
11035071--11035123	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
11035426--11035478	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
11035927--11035979	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11035769--11036138	184	2.0	184	85	2	492	20	25	28	25	1.99
11036297--11036347	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
11036820--11036872	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11037016--11037068	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
11040788--11040840	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11041511--11041563	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11041537--11042039	158	3.2	159	74	8	409	18	26	31	23	1.98
11042010--11042062	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
11043379--11043431	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11043405--11043906	158	3.2	156	75	8	453	20	24	29	25	1.99
11043880--11043932	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
11044214--11044240	13	2.1	13	100	0	54	7	44	25	22	1.79
11044278--11044330	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
11050640--11050692	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
11051140--11051190	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11052558--11052610	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11052647--11053080	159	2.7	157	75	6	383	18	27	29	24	1.98
11053425--11053476	26	2.0	26	85	7	70	28	25	19	26	1.98
11053596--11053881	159	1.8	157	79	3	331	20	24	30	24	1.99
11053386--11054845	696	2.1	697	82	3	1783	20	26	29	23	1.99
11054619--11054674	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
11056298--11056350	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
11056225--11056566	184	1.9	184	81	3	429	21	27	27	23	1.99
11056387--11058154	355	4.9	348	76	9	1320	21	27	28	22	1.99
11057271--11057577	158	1.9	157	81	3	366	16	29	31	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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