genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  273  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26341611--26341661	26	2.0	26	96	0	93	27	19	27	25	1.99
26341897--26341949	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26343121--26343173	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26343476--26343528	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26344729--26345852	355	3.1	353	83	5	1255	24	29	25	19	1.99
26345764--26345816	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26347834--26347886	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
26347642--26348657	368	2.7	372	81	5	1056	23	28	26	21	1.99
26348583--26348633	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
26349309--26349755	159	2.8	159	77	4	429	24	28	27	19	1.98
26349310--26349814	158	3.2	156	74	8	446	24	28	26	20	1.99
26350154--26350205	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
26350522--26350574	26	2.0	26	89	7	81	22	16	32	28	1.96
26349599--26350916	368	3.6	366	82	4	1506	22	28	27	20	1.99
26352088--26352140	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26352834--26353265	158	2.7	157	74	8	385	24	29	27	18	1.98
26353663--26353715	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26353927--26353980	22	2.5	22	78	0	63	37	20	37	5	1.76
26354360--26354860	158	3.2	157	79	7	480	22	30	27	19	1.98
26354834--26354886	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26355202--26355254	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
26355921--26355973	26	2.0	26	82	7	63	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26355946--26356362	158	2.6	157	76	4	415	23	29	29	18	1.97
26356410--26356460	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
26356765--26356817	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
26356506--26357211	381	1.9	382	86	2	1008	23	28	26	21	1.99
26359733--26359785	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26360101--26360152	25	2.0	26	88	3	79	28	17	23	30	1.97
26362056--26362108	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
26362506--26363346	367	2.4	359	80	7	898	24	28	25	21	1.99
26364489--26364541	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26364858--26364910	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26364318--26365607	369	3.5	362	82	5	1303	23	29	26	20	1.99
26365226--26365278	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26366361--26366413	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
26366101--26366832	368	2.0	366	83	1	928	22	29	27	20	1.98
26367487--26367979	159	3.1	156	77	7	501	22	29	28	20	1.98
26367953--26368005	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26367755--26368759	347	2.9	347	82	3	1158	22	29	28	19	1.98
26368444--26368474	12	2.6	12	100	0	62	6	41	25	25	1.79
26368655--26368707	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
26370508--26370539	14	2.3	14	94	0	55	18	25	34	21	1.96
26370883--26370935	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26373148--26373200	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26373896--26374335	159	2.8	157	76	7	415	24	29	27	18	1.98
26374373--26374425	26	2.0	26	82	7	63	26	18	26	28	1.98
26375044--26375096	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26375411--26375463	26	2.0	26	88	0	79	30	15	22	32	1.94
26374845--26375849	355	2.8	360	81	4	1150	23	28	26	21	1.99
26375766--26375818	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26376471--26376900	158	2.7	159	76	3	438	23	28	28	19	1.98
26376945--26376997	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26377312--26377361	26	1.9	26	91	0	82	28	22	26	24	1.99
26376761--26377700	367	2.6	367	82	2	1122	22	29	28	20	1.98
26377522--26378024	159	3.2	155	76	8	469	23	30	27	18	1.98
26377998--26378050	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26377135--26379382	672	3.3	677	81	5	2523	22	29	28	20	1.98
26378841--26379699	317	2.7	315	84	2	1040	22	29	27	20	1.99
26378881--26379699	159	5.2	157	73	5	599	23	28	27	20	1.99
26379472--26380797	367	3.7	364	78	5	1379	23	27	27	21	1.99
26382681--26382705	11	2.3	11	100	0	50	20	32	28	20	1.97
26382801--26383268	159	3.0	155	75	10	430	23	31	27	17	1.97
26383276--26383328	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26383130--26383585	184	2.5	183	84	2	572	23	29	28	18	1.98
26383460--26383512	26	2.0	26	88	0	79	30	20	24	24	1.99
26384185--26384237	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26384210--26384711	158	3.2	158	78	3	508	22	31	27	18	1.97
26384685--26384737	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26384369--26385069	355	2.0	341	81	5	805	22	30	26	20	1.98
26392135--26392187	26	2.0	26	92	0	88	22	16	28	32	1.96
26392502--26392554	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26391949--26392971	367	2.8	364	83	3	1214	23	29	27	19	1.98
26392869--26392921	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
26393776--26393827	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
26394144--26394196	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26395366--26395421	26	2.2	26	90	6	87	28	19	23	28	1.98
26395049--26396154	344	3.2	342	83	3	1272	23	29	26	20	1.99
26395710--26395762	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26396063--26396115	26	2.0	26	82	7	63	28	16	22	32	1.96
26395859--26396459	317	1.9	317	82	3	751	22	28	25	22	1.99
26396882--26396936	28	2.0	26	86	6	74	25	21	25	27	2.00
26397257--26397309	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
26398005--26398412	159	2.6	158	77	5	387	25	29	26	18	1.98
26399580--26400047	158	2.9	159	77	4	476	23	30	26	18	1.97
26400082--26400389	159	1.9	158	80	3	359	23	29	27	19	1.98
26400081--26400426	159	2.2	157	78	5	354	22	28	28	20	1.98
26400399--26400452	26	2.1	26	82	6	65	25	22	25	25	2.00
26400766--26400818	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26402368--26402418	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
26403088--26403140	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26403589--26403641	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26403449--26403895	182	2.4	183	83	3	533	23	27	28	19	1.99
26404029--26404385	159	2.3	158	77	5	360	23	29	27	19	1.98
26404366--26404417	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
26404784--26404811	13	2.2	13	100	0	56	21	32	46	0	1.52
26404392--26405003	342	1.8	329	84	4	837	22	30	29	17	1.97
26404392--26405073	342	2.0	329	82	4	819	21	30	29	18	1.97
26405971--26406052	26	3.2	26	91	0	128	26	15	26	30	1.96
26407120--26407554	159	2.8	159	80	3	495	22	29	29	18	1.97
26414633--26415444	159	5.1	160	75	4	669	23	29	27	19	1.98
26414632--26415445	318	2.6	317	79	3	821	23	29	27	19	1.98
26416171--26416673	158	3.2	159	73	7	439	26	31	24	17	1.97
26416647--26416699	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
26416456--26417438	355	2.8	352	84	3	1247	23	30	26	20	1.98
26418419--26418485	26	2.6	26	100	0	134	23	20	28	26	1.99
26418790--26418840	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
26419145--26419198	26	2.1	26	89	0	81	25	18	27	27	1.98
26418433--26419958	355	4.2	361	78	5	1474	22	29	27	20	1.99
26419878--26419935	26	2.2	26	81	9	64	25	22	25	25	2.00
26418424--26419958	735	2.1	709	80	7	1714	22	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26421427--26421479	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
26421570--26421598	12	2.4	12	100	0	58	6	31	27	34	1.83
26421780--26421837	26	2.2	27	82	14	68	25	18	25	29	1.98
26423004--26423056	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
26423333--26423385	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26423542--26423829	158	1.8	159	83	2	391	27	31	23	18	1.97
26423437--26424056	329	1.9	329	83	3	818	23	30	25	19	1.98
26424030--26424081	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
26425080--26426068	356	2.7	356	82	5	1073	22	28	27	20	1.99
26425620--26425672	26	2.0	26	85	7	72	24	16	26	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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