genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  54  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10265953--10266005	26	2.0	26	89	7	81	32	16	22	28	1.96
10265951--10266347	183	2.2	185	83	2	485	23	28	26	21	1.99
10266161--10266613	159	2.9	158	76	5	423	24	31	26	17	1.97
10267491--10267543	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10273861--10274360	158	3.2	157	74	7	449	23	29	26	20	1.99
10274328--10274386	25	2.4	25	86	13	79	25	20	25	28	1.99
10274740--10275180	159	2.8	158	79	6	428	24	30	26	18	1.98
10275217--10275267	26	2.0	26	96	0	93	25	15	27	31	1.96
10275949--10276386	159	2.8	158	77	3	414	22	31	28	18	1.97
10276426--10276478	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
10277294--10277346	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
10277977--10278029	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
10278169--10278221	26	2.0	26	85	7	72	26	13	28	32	1.93
10278194--10278828	170	3.8	171	78	8	533	22	28	27	21	1.99
10279033--10279559	159	3.3	158	76	5	397	22	29	27	20	1.98
10279536--10279585	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
10279646--10279705	26	2.3	26	91	0	102	25	23	26	25	2.00
10279536--10279766	120	1.9	121	97	0	437	25	25	29	18	1.98
10280062--10280563	158	3.2	157	77	7	518	23	29	27	20	1.99
10280537--10280589	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10281243--10281293	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
10281241--10281888	355	1.8	355	79	4	763	24	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10282098--10282149	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
10281939--10282302	184	2.0	184	81	4	430	24	28	26	20	1.99
10281912--10282556	343	1.9	343	88	1	988	25	28	26	19	1.99
10282441--10282493	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10282421--10282798	197	1.9	196	82	5	478	24	29	24	20	1.99
10282992--10283044	26	2.0	26	82	13	65	33	22	16	26	1.96
10282467--10283225	354	2.1	355	82	5	910	24	29	24	20	1.99
10284032--10284084	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
10284228--10284280	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10284031--10284387	196	1.8	195	83	4	468	24	25	26	22	2.00
10284535--10284564	12	2.5	12	100	0	60	26	0	0	73	0.84
10284983--10285033	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
10285009--10285511	159	3.2	156	77	5	526	23	30	26	18	1.98
10285485--10285537	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
10292046--10292098	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10292768--10292825	26	2.2	27	90	9	93	27	20	24	27	1.99
10293270--10293322	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10293638--10293690	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
10293663--10294081	159	2.6	158	78	6	432	23	28	28	19	1.98
10294125--10294174	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
10294846--10294898	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10294872--10295365	158	3.1	158	76	8	486	24	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10295711--10295789	26	3.0	26	92	3	124	27	18	24	29	1.98
10295762--10296201	159	2.8	159	80	3	458	24	30	27	18	1.98
10296014--10296524	259	2.0	259	84	1	666	20	31	27	21	1.98
10296890--10296943	26	2.1	26	89	6	83	25	20	25	27	1.99
10296917--10297429	158	3.2	157	76	7	498	24	29	25	20	1.99
10296917--10297490	158	3.6	156	75	6	476	25	29	26	19	1.98
10298095--10298147	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
10298411--10298463	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10298607--10298657	26	2.0	26	84	7	68	27	17	25	29	1.98
10298791--10298843	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
10299260--10299608	158	2.2	158	82	2	414	23	26	27	22	1.99
10299260--10299853	158	3.8	158	75	7	380	22	28	26	22	1.99
10300570--10301014	159	2.8	156	76	8	432	23	30	26	18	1.98
10301047--10301096	26	1.9	26	92	8	84	28	22	28	22	1.99
10301767--10301819	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
10302934--10302986	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
10303677--10304178	159	3.2	157	75	5	415	23	29	26	20	1.99
10304152--10304204	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
10304520--10304572	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
10304545--10304964	159	2.6	158	77	7	415	24	27	28	19	1.99
10305020--10305072	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
10305749--10305799	26	2.0	26	92	0	84	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10305775--10306185	159	2.6	159	79	3	416	22	27	30	18	1.98
10306268--10306634	169	2.2	171	81	3	418	22	31	26	19	1.98
10306608--10306660	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10306633--10307128	158	3.1	155	78	6	498	22	31	27	19	1.97
10307829--10307881	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
10308171--10308223	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
10309513--10310014	158	3.2	157	78	5	546	22	30	27	19	1.98
10310161--10310591	159	2.7	158	78	5	469	24	31	26	16	1.97
10310014--10310683	317	2.1	323	81	5	777	22	31	26	19	1.98
10310659--10310709	26	2.0	26	84	7	68	29	15	23	31	1.95
10317186--10317224	11	3.5	11	100	0	78	20	33	28	17	1.96
10317294--10317346	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
10317489--10317539	26	2.0	26	88	0	75	29	17	23	29	1.97
10317868--10317920	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10318249--10318301	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10318593--10318642	26	1.9	26	87	0	73	26	18	30	26	1.98
10320364--10320415	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
10320388--10320838	170	2.7	170	80	6	448	22	29	28	18	1.98
10320888--10320940	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10322266--10322824	195	3.0	184	78	9	579	23	28	26	21	1.99
10322620--10322672	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
10322646--10323169	159	3.3	158	78	6	472	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10323470--10323521	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
10323970--10324022	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
10324724--10324773	26	1.9	26	84	8	66	30	18	24	28	1.97
10325079--10325552	158	3.0	157	76	6	481	22	28	27	21	1.99
10326271--10326323	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
10326455--10326507	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
10326664--10326716	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10326699--10327184	159	3.1	159	72	7	387	22	29	26	21	1.99
10328025--10328077	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
10329048--10329100	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
10330405--10330457	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
10331510--10331562	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
10332143--10332172	11	2.7	11	94	0	51	16	36	26	20	1.93
10332796--10332848	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
10332877--10332931	27	2.0	27	96	0	101	25	18	36	20	1.94
10332917--10333954	355	3.0	342	80	6	981	23	29	26	20	1.99
10340156--10340208	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10340871--10340923	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
10342074--10342126	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
10342099--10342535	156	2.8	157	86	2	574	22	31	29	16	1.95
10342099--10342590	156	3.1	156	83	2	495	22	30	28	17	1.97
10342597--10343550	489	1.9	489	82	7	1182	23	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10343426--10343478	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10343433--10343485	26	2.0	26	85	3	70	28	16	26	28	1.97
10344111--10344163	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10344109--10344471	185	2.0	185	84	3	480	23	30	26	19	1.98
10344639--10344691	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
10345382--10345728	159	2.2	159	80	4	389	23	30	27	19	1.98
10345910--10345962	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10345935--10346754	317	2.6	316	80	5	872	23	29	25	20	1.99
10346728--10346780	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10347452--10347502	26	2.0	26	92	7	86	33	9	25	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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