genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  52  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10033011--10033062	25	2.1	25	85	0	68	44	17	26	11	1.83
10038633--10038675	22	2.0	22	95	0	77	30	13	37	18	1.90
10045094--10045130	19	2.0	19	94	5	67	27	16	45	10	1.80
10087370--10087408	19	2.0	20	85	14	55	46	30	7	15	1.74
10101989--10102042	23	2.3	23	100	0	108	25	29	18	25	1.98
10102001--10102050	23	2.2	23	88	0	73	30	36	14	20	1.91
10114601--10114653	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
10114627--10115128	158	3.2	155	78	6	508	22	29	27	20	1.98
10114629--10115056	159	2.7	159	79	6	454	23	29	28	18	1.98
10115102--10115154	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10116249--10116666	159	2.6	158	79	5	416	24	28	27	19	1.99
10117775--10117827	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10117616--10117985	184	2.0	184	86	1	508	23	28	26	21	1.99
10117800--10118237	158	2.8	158	77	5	393	24	30	27	18	1.97
10120003--10120055	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
10120395--10120842	159	2.8	158	78	2	477	24	31	26	17	1.97
10120861--10120938	26	3.0	26	92	0	129	24	20	26	28	1.99
10121253--10121306	26	2.1	26	89	6	83	27	18	24	29	1.98
10119471--10121848	867	2.8	847	79	7	2422	24	29	26	19	1.99
10121724--10121776	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
10122460--10123239	317	2.4	314	78	7	798	23	30	25	19	1.98
10123426--10123821	171	2.3	171	76	6	399	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10123803--10123855	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
10122777--10124355	526	3.1	517	82	5	1751	23	29	26	20	1.99
10123829--10124329	158	3.2	157	77	8	417	23	29	27	19	1.98
10124303--10124381	26	3.0	25	90	3	113	29	18	24	27	1.98
10125399--10125450	25	2.0	26	96	3	97	32	21	19	26	1.97
10125450--10125906	158	2.9	156	71	3	412	21	32	27	18	1.97
10125888--10125940	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10131950--10132002	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10132328--10132827	157	3.2	156	73	8	472	23	30	26	19	1.98
10133035--10133467	159	2.7	158	79	7	466	23	29	28	18	1.98
10133045--10133537	158	3.1	157	78	5	526	23	29	27	19	1.98
10133523--10133589	26	2.6	26	92	0	116	25	17	28	28	1.98
10135693--10135745	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
10136060--10136112	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
10136561--10136613	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10143677--10143729	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
10144412--10144464	26	2.0	26	92	7	90	32	20	24	22	1.98
10144447--10144846	159	2.5	159	78	2	365	25	31	26	17	1.97
10144597--10145391	353	2.3	341	79	4	840	24	29	27	19	1.98
10144597--10145415	355	2.3	344	78	5	835	23	29	27	19	1.98
10145292--10145723	159	2.7	158	77	7	444	22	31	28	18	1.97
10145768--10145820	26	2.0	26	88	0	79	24	15	30	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10146489--10146539	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
10146515--10147140	159	4.0	159	84	3	739	23	32	27	17	1.96
10146515--10147140	317	2.0	317	82	4	771	23	32	27	17	1.96
10147151--10147200	26	1.9	26	91	0	82	28	16	28	28	1.97
10147685--10147737	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
10147526--10147896	184	2.0	184	82	1	447	25	29	24	20	1.99
10147710--10148210	157	3.2	156	75	6	465	24	29	25	19	1.99
10147973--10148892	464	2.0	462	86	2	1292	23	26	26	24	2.00
10149405--10150014	158	3.8	158	74	11	468	23	30	28	17	1.97
10150847--10151422	159	3.6	158	79	2	557	23	28	28	19	1.98
10151679--10151731	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
10151395--10151780	197	2.0	197	84	1	504	25	28	26	19	1.99
10152713--10152765	26	2.0	26	88	0	79	28	18	24	28	1.98
10153460--10153801	155	2.2	159	80	4	372	24	30	25	19	1.98
10153775--10153827	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
10154976--10155028	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
10156052--10156104	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
10156554--10156606	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10155733--10156841	502	2.2	509	77	6	1133	24	29	26	19	1.99
10156237--10157052	343	2.4	342	81	3	971	25	28	25	20	1.99
10157094--10157145	26	2.0	26	92	3	88	28	19	25	26	1.98
10157561--10157613	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10157725--10158284	164	3.4	163	75	7	575	22	31	26	19	1.98
10157600--10158537	159	5.8	159	75	7	800	21	32	27	18	1.97
10157587--10158577	323	3.1	323	88	1	1334	22	31	26	19	1.97
10158551--10158603	26	2.0	26	85	7	72	32	22	18	26	1.97
10159050--10159102	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
10160141--10160193	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10160138--10160597	184	2.4	184	81	8	464	26	27	25	21	1.99
10160325--10160377	26	2.0	26	85	0	70	32	18	20	28	1.97
10161021--10161073	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10161047--10161548	159	3.2	157	76	6	419	22	30	26	19	1.98
10161185--10161548	157	2.3	159	76	5	362	21	31	26	19	1.98
10161522--10161574	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10161663--10162098	159	2.8	158	79	3	455	25	30	25	18	1.98
10162312--10162344	12	2.8	12	90	0	57	3	27	27	42	1.70
10162369--10162418	26	2.0	25	88	4	73	30	16	28	26	1.96
10162395--10163207	158	5.2	158	75	7	591	23	31	26	18	1.98
10162395--10163207	315	2.6	315	82	5	912	23	31	26	18	1.98
10163183--10163232	26	1.9	26	95	0	91	26	18	30	26	1.98
10163561--10163613	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
10162709--10164653	860	2.2	872	80	4	2119	24	29	26	19	1.98
10166742--10166794	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10167761--10168200	159	2.8	158	77	5	426	23	30	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10168237--10168289	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
10174799--10174851	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
10175520--10175816	159	1.9	159	78	4	330	25	29	25	19	1.99
10176378--10176430	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
10175977--10176848	380	2.3	378	80	2	958	23	29	25	21	1.99
10177259--10177311	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
10177981--10178033	26	2.0	26	92	7	90	28	18	22	30	1.98
10178006--10178350	158	2.2	159	78	6	362	24	29	26	19	1.99
10178324--10178376	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
10178876--10178928	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
10178689--10179046	184	1.9	185	82	1	450	25	28	24	21	1.99
10178901--10179319	158	2.6	157	79	4	450	24	28	27	19	1.98
10179932--10179989	26	2.2	27	87	9	84	24	18	25	31	1.98
10180022--10180061	13	3.1	13	85	0	62	25	30	42	2	1.68
10180154--10180525	186	2.0	184	83	4	471	23	26	27	23	2.00
10181382--10181434	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
10182089--10182141	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10183140--10183192	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10183496--10183546	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
10184030--10184080	26	2.0	26	92	7	86	27	19	27	25	1.99
10184397--10184449	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10184422--10184859	159	2.8	157	80	6	465	22	28	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10184898--10184950	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10185583--10185632	26	1.9	26	87	0	73	28	10	28	34	1.89
10186843--10187340	157	3.2	155	76	7	412	24	30	26	19	1.98
10188197--10188247	26	2.0	26	88	0	75	27	13	27	31	1.94
10188924--10189281	158	2.3	158	79	4	391	25	29	25	20	1.99
10190468--10190969	158	3.2	159	70	8	396	24	27	26	21	1.99
10190943--10190995	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
10191469--10191521	26	2.0	26	85	0	70	24	15	30	30	1.95
10191310--10192248	342	2.7	343	84	2	1181	23	29	28	18	1.98
10192874--10192929	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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