genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  265  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25747586--25747638	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25747929--25747978	26	1.9	26	95	0	91	28	22	26	24	1.99
25747270--25748053	343	2.3	341	80	3	869	24	28	26	20	1.99
25748677--25749117	159	2.8	157	76	4	440	20	30	29	19	1.97
25749131--25749183	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
25750869--25750919	26	2.0	26	84	7	68	29	15	25	29	1.96
25750895--25751396	159	3.2	153	74	10	411	23	30	27	19	1.98
25751737--25751789	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
25752458--25752510	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
25752483--25752914	159	2.7	158	78	4	415	24	29	27	18	1.98
25752959--25753011	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25753316--25753368	26	2.0	26	92	0	88	33	20	20	24	1.97
25758429--25758461	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
25758558--25758996	158	2.8	158	79	3	447	21	29	29	19	1.98
25759514--25759564	26	2.0	26	84	0	66	27	15	27	29	1.96
25759877--25759929	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25760599--25760649	26	2.0	26	84	7	68	29	19	25	25	1.99
25761065--25761115	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
25762144--25762196	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25762169--25762611	159	2.8	156	80	2	465	22	29	28	18	1.98
25762633--25762685	26	2.0	26	92	0	88	24	18	26	30	1.98
25763384--25763885	158	3.2	157	75	5	490	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25764398--25764450	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25764766--25764818	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25764799--25765547	374	2.0	374	90	0	1167	27	18	22	31	1.97
25765787--25765813	11	2.5	11	100	0	54	7	33	33	25	1.84
25766390--25766442	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
25766757--25766809	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
25766204--25767424	368	3.4	359	76	7	1119	24	28	26	21	1.99
25767290--25767823	158	3.4	153	75	7	478	22	30	27	20	1.98
25768152--25768203	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
25768307--25768814	158	3.2	155	73	8	400	22	30	27	20	1.98
25769195--25769246	26	2.0	26	88	0	77	26	19	25	28	1.98
25769545--25769597	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
25768927--25770038	354	3.1	351	81	6	1210	23	29	27	20	1.99
25769913--25769966	27	2.0	27	89	3	83	29	20	24	25	1.99
25770636--25770687	26	2.0	26	85	7	70	28	15	23	32	1.95
25770662--25770956	159	1.9	159	79	8	341	26	29	24	20	1.99
25770990--25771323	158	2.1	158	80	2	357	24	29	26	20	1.99
25772680--25772732	26	2.0	26	89	7	81	24	18	30	26	1.98
25772495--25773518	368	2.8	366	85	2	1338	22	28	28	20	1.98
25773256--25773694	184	2.4	182	85	6	569	24	27	26	21	1.99
25773416--25773467	26	2.0	26	92	0	86	26	19	28	25	1.98
25772888--25774056	552	2.1	548	89	1	1777	23	29	26	20	1.99
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25773457--25774161	364	1.9	364	83	1	912	23	30	25	19	1.98
25773963--25774015	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25775578--25775630	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25775874--25776442	158	3.6	158	73	5	484	26	29	26	18	1.98
25777039--25777091	26	2.0	26	82	7	63	24	18	26	30	1.98
25778637--25778689	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
25778478--25778895	183	2.3	184	82	4	488	24	27	25	22	2.00
25778133--25780281	551	3.9	549	80	5	2161	24	28	26	21	1.99
25779188--25779240	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
25779029--25779465	184	2.4	183	82	2	509	24	28	26	20	1.99
25779597--25780023	182	2.3	182	81	1	514	25	27	25	21	1.99
25780618--25780670	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25782346--25782398	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
25782475--25782516	21	2.0	21	81	9	50	9	42	23	23	1.83
25781669--25783808	347	6.0	353	72	9	1340	23	28	26	21	1.99
25783055--25783132	26	3.0	26	94	0	129	24	11	29	34	1.91
25783437--25783487	26	2.0	26	88	0	75	25	17	27	29	1.98
25783977--25784405	159	2.7	157	76	5	405	25	28	27	18	1.98
25784816--25784868	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25786099--25786126	13	2.2	13	100	0	56	14	25	53	7	1.66
25786377--25786429	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
25787734--25787786	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25788945--25788995	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
25789148--25789526	157	2.4	157	80	6	446	25	28	26	19	1.98
25789799--25789851	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25790545--25790929	158	2.4	158	72	8	341	24	27	28	20	1.99
25791021--25791072	25	2.0	26	88	3	79	25	13	30	30	1.94
25790831--25792211	368	3.8	368	82	3	1527	23	28	27	20	1.99
25792871--25793329	171	2.8	159	82	6	465	23	30	28	18	1.97
25793362--25793411	26	2.0	25	92	4	82	28	14	26	32	1.94
25793053--25793744	354	2.0	354	81	3	829	22	29	26	20	1.99
25793713--25793817	26	4.0	26	90	4	142	24	18	30	26	1.98
25794975--25795027	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
25795331--25795383	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25794735--25795428	355	2.0	355	83	2	883	23	28	27	19	1.99
25796556--25796608	26	2.0	26	85	7	72	26	16	24	32	1.97
25796925--25796977	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25797280--25797332	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
25796239--25797398	356	3.3	348	77	8	1074	23	28	26	20	1.99
25798894--25799318	184	2.3	184	79	5	462	23	27	28	19	1.98
25800579--25800631	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25800947--25800999	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
25801668--25801720	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
25801852--25801904	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25803452--25803504	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25803268--25803923	354	1.9	353	86	2	940	22	30	27	19	1.98
25803665--25804114	183	2.5	184	80	4	500	24	29	28	18	1.98
25805343--25805395	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25805701--25805751	26	2.0	26	85	14	70	27	19	25	27	1.99
25805727--25806254	158	3.3	157	76	4	488	22	29	27	19	1.98
25806544--25806596	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
25807267--25807319	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25807768--25807820	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25808834--25808886	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25809321--25809373	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25810791--25811084	159	1.8	159	80	2	349	26	32	23	17	1.97
25811256--25811306	26	2.0	26	92	7	86	27	11	29	31	1.92
25811624--25811676	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25812650--25812969	170	1.9	171	82	1	401	23	31	28	17	1.97
25813017--25813067	26	2.0	26	92	0	84	27	19	25	27	1.99
25814823--25814847	13	1.9	13	100	0	50	16	20	56	8	1.65
25815099--25815151	26	2.0	26	92	7	90	24	20	28	26	1.99
25815975--25816027	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
25815817--25816285	184	2.5	183	84	3	564	24	27	27	19	1.99
25816159--25816211	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
25816368--25816591	115	1.9	116	83	0	288	25	16	14	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25817497--25817546	26	1.9	26	95	0	91	26	20	30	24	1.98
25818190--25818242	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
25818950--25819452	159	3.2	157	76	5	503	23	31	27	18	1.97
25819426--25819478	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
25820528--25820579	26	2.0	26	88	7	79	26	19	26	26	1.99
25820555--25821020	158	2.9	158	77	8	392	24	31	27	17	1.97
25821029--25821081	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
25820955--25821286	184	1.8	184	87	1	495	22	29	26	21	1.99
25821213--25821265	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25820935--25821324	184	2.1	184	81	3	480	23	28	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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