genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  315  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29459803--29459858	25	2.2	25	81	6	60	28	26	17	26	1.98
29459811--29459860	25	2.0	24	84	3	64	28	26	18	28	1.98
29459986--29460038	26	2.0	26	82	7	63	30	18	18	32	1.96
29459580--29460390	197	4.3	185	77	9	681	22	24	27	26	2.00
29459455--29460390	379	2.5	378	82	2	1113	22	24	27	25	1.99
29461747--29461799	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
29461948--29462000	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
29462455--29462507	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
29462651--29462703	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
29462361--29462873	196	2.6	194	84	3	618	21	25	28	24	1.99
29461555--29462908	708	1.9	702	80	5	1465	21	25	28	24	1.99
29463058--29463453	158	2.5	158	77	6	397	23	25	29	20	1.99
29463536--29463607	26	2.8	26	89	4	110	29	23	16	30	1.96
29463752--29463804	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
29464097--29464146	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
29464824--29464876	26	2.0	26	92	0	88	26	18	20	33	1.96
29464850--29465183	158	2.1	158	85	1	445	20	26	29	23	1.99
29465166--29465235	26	2.7	26	97	0	131	25	25	20	28	1.99
29465015--29465392	210	1.8	210	81	1	479	22	25	27	24	2.00
29465560--29465617	26	2.3	25	88	8	91	25	27	22	24	2.00
29465585--29465960	159	2.4	158	75	5	382	19	27	31	21	1.97
29465585--29466086	158	3.2	158	76	5	469	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29466060--29466112	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29466086--29466419	158	2.1	158	85	2	438	20	26	29	23	1.99
29466402--29466471	26	2.7	26	97	0	131	25	25	20	28	1.99
29466796--29466853	26	2.3	25	88	8	91	25	27	22	24	2.00
29466821--29467196	159	2.4	158	75	4	373	19	27	31	21	1.97
29466821--29467322	158	3.2	158	76	5	460	19	26	30	23	1.98
29467296--29467355	26	2.4	26	83	10	72	30	25	18	26	1.98
29467322--29467655	158	2.1	158	83	2	411	20	26	29	23	1.99
29467638--29467707	26	2.7	26	100	0	140	25	27	20	27	1.99
29467480--29467864	210	1.8	210	81	2	477	22	25	27	23	2.00
29468032--29468080	25	2.0	25	88	8	73	24	30	18	26	1.98
29468514--29468566	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29468809--29469408	159	3.8	158	79	4	559	17	27	31	24	1.97
29469381--29469433	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29469882--29469932	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
29470889--29470941	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
29471072--29471123	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
29470855--29471284	186	2.3	181	86	4	574	19	27	28	24	1.99
29471415--29471465	26	2.0	26	88	3	77	31	25	17	25	1.97
29471447--29472024	318	1.8	311	79	6	675	20	26	28	25	1.99
29472079--29472130	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
29473260--29473311	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29473747--29473772	13	2.0	13	100	0	52	7	53	23	15	1.67
29474129--29474181	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
29474326--29474375	26	1.9	26	87	0	73	28	28	16	28	1.97
29475361--29475413	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
29475390--29475930	157	3.4	156	73	7	457	21	27	29	22	1.99
29476032--29476084	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
29476242--29476294	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29476581--29476636	26	2.2	26	86	0	76	28	21	19	30	1.98
29477624--29477674	26	2.0	26	84	0	66	29	27	21	21	1.99
29477650--29478144	155	3.2	155	72	10	418	21	25	29	24	1.99
29478292--29478341	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
29478787--29478839	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
29479216--29479584	157	2.3	158	78	1	373	20	27	28	23	1.99
29478945--29479958	474	2.1	475	81	3	1202	19	28	28	23	1.98
29479943--29479994	26	2.0	26	88	7	79	26	23	21	28	1.99
29480651--29480703	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29480870--29481166	158	1.9	158	80	5	350	21	23	29	25	1.99
29481151--29481201	26	2.0	26	88	0	75	21	23	19	35	1.96
29482459--29482509	26	2.0	26	88	7	77	29	21	15	33	1.94
29483242--29483574	180	1.9	180	87	1	497	22	29	26	21	1.99
29483528--29483580	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29483391--29483752	197	1.8	196	86	0	517	22	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29484350--29484402	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
29484376--29484799	184	2.3	184	84	3	557	20	27	28	23	1.99
29484904--29484955	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
29485614--29485666	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29486117--29486166	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
29487208--29487260	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29488542--29488594	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
29488655--29489100	158	2.8	157	73	6	400	18	27	28	25	1.98
29489226--29489278	26	2.0	26	85	0	70	28	26	18	26	1.98
29490490--29490879	159	2.5	158	76	8	421	20	26	32	21	1.97
29491484--29491536	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
29491606--29491638	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
29492213--29492267	26	2.1	27	96	3	103	21	30	20	27	1.98
29492240--29492745	158	3.2	155	75	10	488	20	28	29	22	1.98
29492719--29492771	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
29493442--29493494	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
29493626--29494025	183	2.2	184	80	3	448	21	27	28	22	1.99
29494295--29494345	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
29496046--29496098	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
29497320--29498027	158	4.5	157	75	7	549	19	26	29	23	1.99
29497313--29497838	158	3.3	158	78	5	571	19	27	29	24	1.98
29497306--29498047	317	2.3	316	83	3	909	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29498164--29498216	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29498190--29498693	158	3.2	159	79	4	498	19	25	29	25	1.98
29498665--29498717	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
29505277--29505793	159	3.3	157	74	6	450	20	26	30	22	1.98
29505872--29505927	26	2.2	26	87	6	78	28	23	19	28	1.98
29505717--29506282	184	3.0	185	77	9	529	21	25	28	24	1.99
29507131--29507184	26	2.1	26	96	0	99	24	27	22	25	2.00
29507622--29507674	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
29507523--29508042	196	2.6	197	82	3	600	20	23	30	26	1.98
29508186--29508238	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
29508212--29509030	159	5.2	157	75	6	591	20	25	29	24	1.99
29508212--29509030	317	2.6	315	82	4	925	20	25	29	24	1.99
29509003--29509055	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29509383--29509435	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
29509726--29509778	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
29514907--29515300	159	2.5	159	77	4	400	18	27	29	23	1.98
29515274--29515326	26	2.0	26	86	13	74	30	16	20	32	1.95
29515654--29515706	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
29516154--29516206	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
29516850--29516900	26	2.0	26	88	7	77	27	25	15	31	1.96
29518280--29518332	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29519332--29519382	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29519358--29520067	158	4.4	158	76	7	554	20	27	29	22	1.98
29519730--29520176	170	2.6	169	82	4	472	20	28	29	21	1.98
29520689--29520738	26	1.9	26	92	8	84	28	26	18	28	1.98
29520712--29521539	317	2.6	319	82	5	947	19	27	30	22	1.98
29520712--29521539	159	5.2	160	74	6	624	19	27	30	22	1.98
29521512--29521564	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
29522233--29522285	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
29522259--29522757	158	3.2	156	73	9	431	19	26	30	23	1.98
29522733--29522783	26	2.0	26	84	7	68	31	23	13	31	1.93
29523112--29523163	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402