genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  217  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290056--22290108	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
22291130--22291182	26	2.0	26	85	0	70	22	22	28	26	1.99
22291314--22291366	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
22290972--22291524	184	3.0	184	80	3	623	24	28	26	21	1.99
22291775--22291829	26	2.1	26	93	0	92	21	20	27	30	1.98
22291815--22292233	170	2.5	171	81	7	462	24	30	26	18	1.98
22292449--22292501	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
22293690--22293746	26	2.2	26	93	0	96	28	21	22	28	1.99
22293716--22294217	158	3.2	159	79	2	526	22	30	27	19	1.98
22294191--22294243	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22294590--22294641	25	2.0	26	88	3	79	26	17	26	28	1.97
22295455--22295513	26	2.3	26	85	5	77	25	16	27	30	1.97
22295658--22295710	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22295683--22296186	159	3.2	158	78	4	485	24	30	25	20	1.98
22296529--22296581	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22296731--22296783	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22297785--22297835	26	2.0	26	88	0	75	33	19	19	27	1.96
22298175--22298624	161	2.8	159	79	5	480	22	31	26	18	1.97
22298176--22298679	158	3.2	156	75	9	430	22	31	26	19	1.98
22298653--22298705	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
22299379--22299432	26	2.1	26	93	6	92	27	20	25	25	1.99
22299723--22299775	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299932--22299984	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22299957--22300395	159	2.8	157	76	3	432	20	31	30	17	1.96
22299958--22300459	158	3.2	156	75	3	468	20	31	28	19	1.97
22300433--22300485	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
22301154--22301206	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22301362--22301414	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
22301422--22301482	29	2.1	29	100	0	122	49	34	9	6	1.62
22302346--22302398	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
22302540--22302592	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22302323--22303745	197	7.3	196	84	1	1798	22	28	27	21	1.99
22302737--22302789	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
22302932--22302984	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22303326--22303378	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22302323--22303745	394	3.6	393	90	0	2145	22	28	27	21	1.99
22303523--22303575	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22304756--22304808	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22304781--22305282	157	3.2	158	77	4	546	21	30	28	18	1.97
22305258--22305332	25	3.0	25	92	2	123	25	18	29	26	1.98
22305306--22305819	171	3.0	170	82	4	573	19	31	29	19	1.97
22305828--22305880	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
22305853--22306355	158	3.2	159	75	7	421	20	29	29	20	1.98
22306968--22306992	11	2.3	11	100	0	50	12	32	36	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22307062--22307114	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22313317--22313369	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
22313698--22313749	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
22314050--22314101	26	2.0	26	96	0	95	26	23	21	28	1.99
22314769--22315361	159	3.8	157	73	10	476	23	30	27	18	1.98
22316300--22316352	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22317903--22318320	157	2.6	157	81	1	487	24	30	27	17	1.97
22317903--22318401	158	3.2	154	78	6	509	23	30	27	19	1.98
22318375--22318427	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22318755--22318807	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22319024--22319056	11	3.0	11	90	0	57	18	30	27	24	1.98
22319151--22319442	158	1.9	156	83	3	381	22	31	28	17	1.97
22319466--22319518	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
22320530--22320579	26	1.9	26	91	0	82	28	22	26	24	1.99
22320714--22321074	158	2.3	158	79	4	386	25	29	24	19	1.98
22320714--22321115	159	2.5	158	77	3	396	25	29	26	18	1.98
22321643--22321670	14	2.0	14	100	0	56	21	21	50	7	1.72
22321006--22321946	372	2.6	363	81	6	868	23	28	26	21	1.99
22322266--22322318	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
22324093--22324856	159	4.8	157	77	7	630	24	30	26	18	1.98
22324093--22324855	316	2.4	317	84	2	940	24	30	26	18	1.98
22326393--22326444	26	2.0	25	85	3	68	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22327635--22327687	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22327660--22328040	158	2.4	157	78	5	397	23	29	27	19	1.98
22334266--22334317	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
22334290--22334633	158	2.2	158	81	5	383	22	30	28	18	1.97
22335326--22335925	159	3.8	158	73	10	508	24	30	26	18	1.98
22335962--22336015	26	2.0	26	85	3	72	24	16	27	31	1.96
22336859--22336908	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
22338460--22338958	158	3.2	158	79	2	563	22	31	27	18	1.97
22338932--22338984	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
22339311--22339363	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22339705--22340009	158	1.9	158	81	5	366	22	31	28	17	1.96
22340022--22340074	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
22341084--22341133	26	1.9	26	95	0	91	30	22	24	24	1.99
22341241--22341296	26	2.2	26	90	6	87	30	17	21	30	1.96
22341267--22341759	159	3.1	157	77	5	438	24	29	25	19	1.99
22341741--22341793	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
22341556--22342501	366	2.6	367	87	0	1309	22	29	27	20	1.98
22342448--22342838	169	2.3	167	80	6	448	20	31	26	20	1.98
22342812--22342864	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22343415--22343467	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22343453--22344037	159	3.7	157	73	6	484	23	30	27	19	1.98
22344685--22344737	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22344710--22345476	159	4.8	158	76	6	670	23	30	27	18	1.98
22344710--22345479	318	2.4	318	81	5	912	23	30	27	18	1.98
22345544--22346045	159	3.2	158	79	3	490	22	29	28	20	1.98
22346019--22346071	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22346399--22346451	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22346895--22346946	26	2.0	26	92	0	86	25	17	30	26	1.97
22353505--22353557	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
22354536--22354826	158	1.8	158	82	2	370	25	30	27	16	1.96
22355568--22356557	354	2.8	349	81	5	1034	23	30	25	20	1.98
22356475--22356527	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
22356500--22356859	156	2.3	158	76	6	338	27	30	23	18	1.98
22356972--22357023	26	2.0	26	100	0	104	23	19	30	26	1.98
22357348--22357860	158	3.2	159	81	5	563	22	31	26	19	1.98
22357834--22357886	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22358555--22358607	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22358897--22358947	26	2.0	26	88	0	75	27	9	29	33	1.89
22359991--22360069	26	3.0	26	96	0	140	27	22	25	24	2.00
22360394--22360447	26	2.1	26	89	6	83	27	18	24	29	1.98
22360809--22360861	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
22361151--22361201	26	2.0	26	88	0	75	31	19	23	25	1.98
22361189--22361506	171	1.9	171	80	2	379	21	30	27	20	1.98
22361545--22362010	159	2.9	158	77	5	400	21	30	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22361546--22362047	158	3.2	159	76	7	518	22	29	27	20	1.99
22362021--22362073	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22363290--22363342	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
22363749--22363803	26	2.1	26	86	0	74	20	21	29	29	1.98
22365484--22365540	26	2.2	26	93	0	96	28	21	22	28	1.99
22365510--22366011	158	3.2	157	76	3	461	23	28	27	20	1.99
22365985--22366036	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
22371599--22371651	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
22372100--22372152	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
22372161--22372652	171	2.9	170	81	1	529	20	28	30	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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