genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  318  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29674113--29674866	368	2.0	369	82	2	917	20	26	29	23	1.99
29675378--29675430	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
29674948--29675734	367	2.2	342	80	7	774	21	26	28	24	1.99
29676219--29676271	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
29675034--29676846	841	2.2	841	82	4	2253	21	25	29	23	1.99
29676902--29676954	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
29677536--29677582	16	2.9	16	100	0	94	25	0	23	51	1.49
29677986--29678036	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
29678488--29678540	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29678380--29678767	195	2.0	196	82	3	476	21	25	29	23	1.99
29679223--29679275	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
29679433--29679485	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
29681514--29681566	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
29682249--29682301	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
29682282--29682710	159	2.7	157	75	7	436	20	27	30	21	1.98
29682283--29682776	158	3.1	158	76	6	516	20	26	29	23	1.99
29682750--29682802	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29682592--29683009	184	2.3	184	83	5	506	22	27	27	22	2.00
29682935--29682986	26	2.0	26	88	7	79	30	26	17	25	1.97
29683279--29683329	26	2.0	26	92	0	84	27	31	15	25	1.96
29683462--29683514	26	2.0	26	85	7	72	26	18	18	35	1.95
29683843--29683895	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29683869--29684404	158	3.4	157	76	6	425	20	26	29	23	1.99
29684635--29684661	13	2.1	13	100	0	54	14	48	14	22	1.81
29685392--29685893	158	3.2	157	75	6	474	19	25	30	23	1.98
29685867--29685919	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29686047--29686374	158	2.1	157	81	4	365	17	28	30	23	1.97
29685959--29686374	159	2.6	157	78	4	415	17	29	30	22	1.97
29686099--29686409	158	2.0	158	80	4	358	18	27	30	23	1.98
29687075--29687128	26	2.1	26	89	6	83	25	22	20	31	1.98
29687800--29687852	26	2.0	26	96	0	97	24	30	22	22	1.99
29687826--29688325	158	3.2	156	75	5	479	18	28	30	22	1.98
29688299--29688351	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
29688859--29689209	159	2.2	160	79	6	399	18	26	31	23	1.97
29689181--29689233	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29690255--29690307	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
29690920--29690972	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
29691010--29691448	159	2.8	159	89	1	639	20	28	29	21	1.98
29692106--29692175	26	2.7	26	95	0	122	28	24	17	30	1.97
29692702--29692751	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
29692812--29693249	158	2.8	158	75	3	414	20	27	26	24	1.99
29693385--29693437	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
29694437--29694489	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
29694572--29694966	158	2.5	160	79	6	435	19	26	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29694938--29694990	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
29694779--29695196	184	2.3	185	88	0	586	20	25	28	25	1.99
29695125--29695174	26	1.9	26	92	8	84	24	24	18	34	1.96
29695314--29695424	16	7.6	14	68	23	61	33	0	5	61	1.19
29696092--29696142	20	2.5	20	83	0	66	29	23	17	29	1.97
29696554--29696624	6	11.5	6	74	16	56	12	4	1	81	0.90
29696554--29696627	17	3.7	20	79	12	64	13	4	1	81	0.91
29696566--29696639	18	4.3	17	79	20	66	13	5	1	79	0.96
29696556--29696639	26	3.2	26	85	13	93	14	5	1	78	0.99
29696661--29697000	119	2.9	118	89	4	515	45	7	13	32	1.71
29696642--29697000	59	6.0	59	83	8	440	46	7	13	32	1.71
29696642--29697000	178	2.0	182	86	6	509	46	7	13	32	1.71
29699910--29699962	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
29700927--29700979	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29702170--29702220	26	2.0	26	88	7	77	25	13	31	29	1.94
29702525--29702577	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29701852--29702806	344	2.7	354	77	8	782	25	28	25	20	1.99
29702149--29702843	353	2.0	353	79	7	746	23	28	26	21	1.99
29702550--29703050	158	3.2	157	79	5	521	22	29	28	19	1.98
29703024--29703076	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29703749--29703800	26	2.0	26	85	7	70	30	19	21	28	1.97
29703933--29703985	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29704756--29704781	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
29704851--29705299	159	2.8	159	79	5	403	23	28	28	19	1.98
29705337--29705389	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
29705521--29705573	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
29705302--29705731	184	2.3	184	85	0	556	22	25	26	24	2.00
29705547--29706040	158	3.1	158	77	7	534	23	29	26	20	1.99
29706022--29706074	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
29706756--29706808	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
29707096--29707455	196	1.8	196	79	1	416	24	26	26	22	2.00
29708517--29708569	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29708839--29708891	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
29709792--29709844	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29709817--29710319	158	3.2	157	76	5	433	24	30	25	20	1.99
29710746--29710776	16	1.9	16	100	0	62	51	22	0	25	1.48
29711016--29711066	26	2.0	26	88	7	77	29	15	25	29	1.96
29711567--29711621	25	2.2	26	90	3	85	30	18	20	30	1.96
29711593--29712094	158	3.2	155	75	7	481	24	30	25	20	1.99
29712431--29712483	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29712456--29712958	158	3.2	158	74	4	438	24	30	25	20	1.98
29712932--29712984	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29713484--29713536	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
29713827--29713909	26	3.2	26	80	10	107	27	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29713496--29714250	368	2.0	369	83	3	966	23	29	26	20	1.99
29714734--29714786	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29714634--29715140	196	2.6	197	85	5	643	22	30	26	20	1.98
29714958--29715455	158	3.1	158	77	5	439	23	30	26	19	1.98
29715430--29715481	26	2.0	26	88	0	77	28	15	21	34	1.94
29715627--29715678	26	2.0	25	92	3	86	32	21	17	28	1.96
29715402--29715756	195	1.8	195	82	5	457	26	27	24	21	2.00
29715662--29716144	158	3.1	155	75	9	458	24	31	26	18	1.97
29716126--29716178	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
29714707--29716250	695	2.2	695	83	3	1963	23	29	26	19	1.98
29716874--29717209	158	2.1	158	81	4	374	23	29	27	19	1.98
29717191--29717243	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29717402--29717453	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
29717732--29717784	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
29718443--29718493	26	2.0	26	96	0	93	27	19	29	23	1.98
29719296--29719348	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29720371--29720548	93	1.9	93	83	2	232	28	24	26	21	1.99
29720801--29721158	157	2.3	158	83	2	416	26	30	25	18	1.98
29720483--29721444	158	6.0	161	72	8	571	23	30	27	19	1.98
29721349--29721710	184	2.0	184	85	2	485	23	28	28	20	1.99
29721621--29721673	26	2.0	26	96	0	97	22	20	28	28	1.99
29722658--29722710	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29722941--29722986	21	2.2	21	88	0	65	6	41	23	28	1.79
29723263--29723302	12	3.3	12	85	0	53	12	45	20	22	1.84
29723641--29723693	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29724352--29724402	26	2.0	26	88	7	77	27	11	29	31	1.92
29724718--29724770	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29725218--29725270	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
29726292--29726469	93	1.9	93	88	2	268	28	26	26	18	1.98
29726403--29727079	316	2.1	317	81	4	785	24	29	25	20	1.99
29726413--29727313	316	2.8	317	79	4	782	23	30	26	19	1.98
29726403--29727317	159	5.8	158	74	5	646	23	30	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402