genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  286  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27310098--27310620	159	3.3	158	76	5	509	23	29	27	19	1.98
27310594--27310646	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
27311660--27311712	26	2.0	26	88	0	79	24	22	30	22	1.99
27312038--27312090	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
27312064--27312563	158	3.2	156	72	5	405	24	28	26	20	1.99
27312537--27312589	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
27312851--27312907	30	1.9	30	85	0	78	21	40	14	24	1.90
27312922--27312974	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27311447--27314339	878	3.3	865	80	5	3021	23	29	26	20	1.99
27312948--27313446	158	3.2	155	74	7	441	24	29	25	20	1.99
27313423--27313472	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
27313515--27313539	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
27313801--27313853	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
27314892--27314970	26	3.0	26	92	0	122	22	17	29	30	1.97
27315067--27315382	170	1.9	170	79	5	361	24	29	26	19	1.98
27315809--27316258	158	2.8	154	74	11	419	24	28	25	20	1.99
27316938--27316990	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
27317272--27317640	160	2.3	158	81	3	418	23	30	25	20	1.98
27317622--27317674	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
27317647--27318109	170	2.7	171	77	5	393	22	28	28	19	1.98
27317985--27318291	159	1.9	159	81	1	364	24	30	26	19	1.98
27316872--27318296	684	2.1	684	85	2	1878	22	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27318464--27318516	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27319412--27319464	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27319793--27319845	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27319977--27320029	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
27320003--27320551	159	3.5	156	74	8	472	23	28	26	21	1.99
27320002--27320573	313	1.8	315	80	5	692	23	28	27	20	1.99
27321512--27321564	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27321892--27321944	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27321917--27322333	159	2.6	158	74	5	401	25	29	26	18	1.98
27322393--27322445	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
27322585--27322637	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27323418--27323855	159	2.8	158	78	4	470	22	30	28	18	1.98
27323894--27323945	26	2.0	26	88	0	77	25	19	28	26	1.98
27324615--27325202	197	3.1	186	81	6	598	24	26	26	22	2.00
27325492--27325544	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
27325517--27325884	170	2.2	169	81	3	407	22	29	27	20	1.99
27326417--27326469	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27326613--27326665	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27326638--27327222	159	3.7	156	79	4	537	22	29	29	19	1.98
27328306--27328592	157	1.8	158	85	0	405	24	30	27	17	1.97
27328306--27328678	157	2.4	158	81	3	394	22	30	27	20	1.98
27328652--27328704	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328861--27329312	160	2.7	160	80	10	477	21	30	27	19	1.98
27328999--27329534	160	3.4	157	76	5	463	22	30	26	20	1.98
27329508--27329560	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
27330522--27330571	24	2.1	24	100	0	100	8	24	30	38	1.84
27336084--27336136	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27336800--27336870	26	2.7	26	91	4	117	33	18	19	28	1.95
27336853--27337351	159	3.2	159	78	6	487	24	30	27	18	1.98
27337325--27337377	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
27337169--27337524	181	2.0	180	82	3	439	24	28	26	20	1.99
27336827--27337838	493	2.0	497	82	5	1210	24	29	26	19	1.98
27337350--27338165	315	2.6	309	78	8	853	23	30	26	19	1.98
27338139--27338191	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
27339299--27339350	25	2.2	24	86	13	72	26	19	26	26	1.99
27340901--27340951	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
27341450--27341501	25	2.0	26	89	10	81	30	19	23	26	1.98
27341474--27341975	159	3.2	159	75	4	451	24	31	25	18	1.98
27341949--27342001	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
27342581--27342613	11	3.0	11	95	0	57	18	33	30	18	1.94
27342682--27342735	26	2.1	26	89	6	83	27	18	25	27	1.98
27343184--27343235	25	2.0	26	85	3	70	25	23	23	28	1.99
27343000--27343721	366	2.0	357	78	8	754	23	30	26	19	1.98
27344064--27344116	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27344406--27344458	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
27345126--27345177	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
27345848--27345900	26	2.0	26	82	7	63	28	15	26	30	1.96
27346085--27346153	36	1.9	36	96	0	129	23	23	17	36	1.95
27346206--27346258	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
27346549--27346601	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27347264--27347316	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
27347643--27347695	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27346754--27348420	879	1.9	879	82	3	2066	24	28	26	20	1.99
27348570--27348953	183	2.1	183	79	6	404	24	28	25	20	1.99
27349244--27349296	26	2.0	26	85	0	70	24	20	24	30	1.99
27349597--27349649	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
27349427--27349866	195	2.3	194	84	4	548	24	28	25	21	1.99
27349427--27349938	195	2.6	196	81	4	475	24	29	25	20	1.99
27351014--27351309	159	1.9	159	87	2	443	21	30	29	17	1.97
27352542--27352593	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
27353584--27353636	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
27353609--27354110	159	3.2	157	76	7	397	25	30	25	18	1.98
27354084--27354135	26	2.0	26	88	0	77	26	19	25	28	1.98
27354476--27354980	159	3.2	159	79	4	570	21	30	28	19	1.97
27354954--27355006	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
27355292--27355344	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27355685--27356026	157	2.2	157	85	3	456	23	28	27	21	1.99
27356000--27356052	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27355489--27356306	341	2.4	342	82	7	938	24	28	26	20	1.99
27355842--27356210	184	2.0	184	83	6	462	23	28	26	20	1.99
27356489--27356541	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
27358947--27358998	26	2.0	26	85	7	70	32	21	23	23	1.98
27358971--27359417	159	2.8	158	80	4	490	23	30	27	18	1.97
27359447--27359499	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27359852--27360289	159	2.8	157	77	3	448	23	29	27	18	1.98
27360327--27360379	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27358955--27361293	880	2.7	879	91	1	3675	23	29	26	20	1.99
27360732--27361233	159	3.2	157	75	9	477	22	30	28	19	1.98
27361207--27361259	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
27362125--27362496	185	2.0	185	86	2	514	24	29	26	20	1.99
27362311--27362813	159	3.2	158	79	7	520	22	30	27	19	1.98
27362787--27362839	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
27368736--27368788	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
27375144--27375196	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
27375447--27376000	171	3.3	168	74	11	492	20	30	27	20	1.98
27376026--27376078	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
27375867--27376375	184	2.7	190	79	7	554	22	27	27	22	1.99
27376005--27376356	195	1.8	196	84	4	487	23	27	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27376722--27376774	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
27377089--27377140	26	2.0	25	89	10	79	28	21	23	26	1.99
27376051--27378037	867	2.3	868	86	3	2675	22	29	26	21	1.99
27377115--27377615	158	3.2	158	75	7	379	21	29	27	20	1.98
27377589--27377646	28	2.1	28	87	6	84	25	20	24	29	1.99
27380576--27380629	26	2.1	26	82	6	65	24	22	22	31	1.98
27380115--27380972	343	2.5	340	80	3	887	21	25	28	24	1.99
27380921--27380970	26	1.9	26	87	0	73	30	26	14	30	1.94
27381638--27381690	26	2.0	26	82	13	65	33	26	13	26	1.93
27381792--27382167	158	2.4	158	78	10	383	20	26	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402