genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.338.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  338  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31102166--31102217	25	2.0	26	89	10	81	28	21	23	26	1.99
31102670--31102720	26	2.0	26	96	0	93	27	15	25	31	1.96
31103391--31103460	26	2.7	26	97	0	131	31	20	24	24	1.98
31104151--31104219	26	2.7	26	95	2	122	31	18	24	24	1.98
31104363--31104415	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31104389--31104962	159	3.6	156	74	7	494	23	28	28	19	1.98
31111291--31111343	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
31111670--31111722	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31111695--31112156	159	2.9	157	76	6	385	23	30	26	19	1.98
31112170--31112222	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
31111865--31112616	343	2.2	342	83	2	952	24	29	26	19	1.98
31112512--31112564	26	2.0	26	88	0	79	28	18	28	24	1.98
31113244--31113786	159	3.4	157	78	4	606	21	30	28	20	1.98
31114766--31114874	26	4.0	26	82	9	137	23	21	30	24	1.99
31114766--31114871	56	1.9	56	92	0	176	24	20	30	24	1.99
31115256--31115321	26	2.5	26	87	4	98	25	16	24	33	1.96
31115458--31115980	158	3.3	157	75	7	443	22	30	27	20	1.98
31115954--31116006	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31116677--31116728	26	2.0	26	88	7	79	32	19	21	26	1.97
31117428--31117938	159	3.2	157	77	6	487	20	30	28	20	1.98
31118861--31119117	130	2.0	130	89	1	399	19	33	30	17	1.94
31119141--31119193	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31119643--31119675	16	2.1	16	94	0	57	33	12	33	21	1.90
31119824--31119879	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
31121126--31121177	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
31122024--31122420	185	2.2	184	87	1	571	24	26	26	22	2.00
31123639--31123691	26	2.0	26	92	7	90	30	22	22	24	1.99
31123835--31123887	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31123860--31124421	159	3.5	159	78	5	440	22	29	27	19	1.98
31124496--31124548	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
31125229--31125282	26	2.1	26	82	6	65	25	18	24	31	1.97
31125730--31125782	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
31126462--31126515	26	2.1	26	82	6	65	25	18	24	31	1.97
31127171--31127223	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
31127671--31127723	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
31126463--31127744	708	1.8	705	82	3	1556	24	29	25	20	1.99
31127999--31128051	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31128722--31128772	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
31129432--31129484	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
31129790--31129842	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
31130133--31130185	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31130848--31130900	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
31131701--31131753	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
31132327--31132734	159	2.6	157	78	7	407	22	30	29	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31133154--31133206	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31132626--31133283	340	1.9	333	79	9	731	22	28	29	19	1.98
31132984--31133509	196	2.7	195	83	3	619	22	29	27	20	1.98
31133375--31133813	159	2.8	157	78	3	443	24	30	27	17	1.97
31135377--31135426	26	1.9	26	88	8	75	26	16	32	26	1.96
31136067--31136118	26	2.0	26	92	7	88	28	19	21	30	1.97
31137109--31137161	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
31137609--31137660	26	2.0	26	92	7	88	25	19	25	30	1.98
31137647--31137970	171	1.9	171	82	3	411	20	31	29	18	1.96
31137647--31138007	171	2.1	170	81	4	397	20	30	28	20	1.98
31138003--31138505	159	3.2	158	79	5	550	22	31	27	18	1.97
31138479--31138531	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
31138816--31138868	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31138630--31138968	184	1.8	184	82	3	441	25	25	26	22	2.00
31139391--31139420	15	2.0	15	100	0	60	33	40	13	13	1.83
31139231--31139764	173	3.0	174	78	10	569	24	29	25	20	1.99
31140028--31140080	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
31140729--31140780	26	2.0	26	92	7	88	28	19	21	30	1.97
31141243--31141295	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
31142489--31142990	159	3.2	157	79	4	555	23	31	26	18	1.97
31142964--31143016	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31143370--31143873	159	3.2	157	73	9	360	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31143847--31143899	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
31144556--31144608	26	2.0	26	82	13	65	24	15	26	33	1.95
31144765--31145135	185	2.0	184	86	2	512	24	30	26	19	1.98
31144950--31145452	158	3.2	159	81	3	595	22	31	27	18	1.97
31145426--31145478	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
31146032--31146161	62	2.1	62	94	0	233	23	27	31	17	1.97
31149081--31149113	16	2.1	16	100	0	66	12	12	39	36	1.80
31151455--31151507	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31158866--31158918	26	2.0	26	82	7	63	30	20	22	26	1.98
31158891--31159387	158	3.1	159	79	5	497	22	30	26	19	1.98
31159405--31159721	171	1.9	171	81	4	397	22	32	26	18	1.97
31159405--31159761	171	2.1	171	80	5	391	22	31	26	19	1.98
31160984--31161426	159	2.8	158	78	4	437	23	30	27	18	1.98
31161480--31161843	171	2.1	171	78	7	382	22	31	26	19	1.97
31161824--31161878	25	2.2	26	83	9	69	32	18	20	29	1.96
31161848--31162291	158	2.8	158	76	5	432	22	30	27	18	1.98
31163031--31163084	26	2.1	26	89	6	83	29	20	24	25	1.99
31163058--31163558	158	3.2	157	81	6	566	22	29	26	20	1.99
31163532--31163584	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31163728--31163780	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
31163753--31164195	157	2.8	157	80	4	500	21	29	29	19	1.98
31169550--31169600	26	2.0	26	92	7	86	33	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31170675--31170726	26	2.0	26	88	7	79	30	19	21	28	1.97
31171547--31171599	26	2.0	26	85	7	72	26	20	28	24	1.99
31171913--31171965	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
31171947--31172302	158	2.2	157	79	6	380	23	29	27	19	1.98
31172818--31173247	159	2.7	158	76	7	424	20	30	28	20	1.98
31172768--31173239	158	3.0	158	76	7	375	21	30	27	20	1.98
31174354--31174851	159	3.1	158	81	2	588	22	31	28	17	1.97
31174824--31174878	26	2.1	27	83	16	71	30	16	27	25	1.96
31174519--31175301	355	2.2	345	84	4	991	22	29	28	19	1.98
31173989--31175137	514	2.2	506	80	7	1237	22	30	27	19	1.98
31175176--31175228	26	2.0	26	85	7	72	26	15	22	35	1.93
31175882--31175934	26	2.0	26	85	0	70	28	18	22	30	1.98
31176313--31176340	13	2.2	13	100	0	56	14	17	53	14	1.73
31176433--31176483	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
31176458--31176874	159	2.6	158	80	4	466	23	29	27	19	1.98
31177299--31177351	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
31177682--31177732	26	2.0	26	92	0	84	31	17	25	25	1.97
31179307--31179359	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
31179673--31179725	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31179465--31180269	353	2.3	352	86	1	1083	24	29	25	20	1.99
31180027--31180079	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
31179000--31180323	354	3.7	351	79	6	1237	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31180052--31180498	159	2.8	158	77	8	451	23	30	27	18	1.98
31181567--31181619	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31181408--31181777	184	2.0	184	84	2	483	24	29	25	20	1.99
31181602--31182090	158	3.1	158	76	4	455	22	30	27	19	1.98
31182067--31182116	26	1.9	26	91	0	82	28	20	28	24	1.99
31188649--31189048	159	2.5	159	80	2	462	23	27	29	20	1.99
31189505--31189557	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31189531--31190283	157	4.7	157	73	10	499	23	29	27	19	1.98
31189530--31190286	316	2.4	316	80	6	817	23	29	27	19	1.98
31190344--31190396	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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