genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.385.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  385  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34936885--34936937	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
34936945--34937286	159	2.2	158	85	2	463	17	28	33	21	1.96
34937411--34937463	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
34937979--34938022	21	2.1	21	87	8	63	27	22	43	6	1.78
34938228--34938280	26	2.0	26	92	7	90	26	30	20	22	1.98
34938717--34939163	159	2.8	158	78	6	431	19	26	29	24	1.98
34939135--34939188	26	2.1	26	89	6	83	24	25	22	27	2.00
34940299--34940351	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
34939897--34940552	356	1.8	356	83	1	859	20	26	28	24	1.99
34940801--34940853	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
34941521--34941573	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
34942304--34942356	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34942329--34942706	157	2.4	157	78	6	379	25	29	26	18	1.98
34942804--34942856	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
34943171--34943249	26	3.0	26	81	3	97	27	16	26	29	1.97
34944419--34944473	26	2.1	27	93	3	94	29	20	29	21	1.98
34945764--34945816	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34946114--34946171	26	2.3	26	93	3	100	29	20	22	27	1.99
34946834--34946886	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
34947028--34947321	158	1.9	158	79	4	342	26	29	24	19	1.99
34947339--34947391	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34947708--34947758	26	2.0	26	84	0	66	27	13	29	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34947151--34948148	368	2.7	365	81	3	1132	23	27	26	21	1.99
34948075--34948127	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34948708--34948750	11	3.9	11	96	0	77	16	25	30	27	1.97
34950382--34950434	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34950751--34950803	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34951094--34951146	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
34958077--34958129	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34959713--34960173	159	2.9	157	72	8	376	24	32	25	17	1.97
34960339--34960366	12	2.3	12	100	0	56	7	50	25	17	1.72
34961199--34961249	26	2.0	26	84	0	66	27	15	27	29	1.96
34960473--34961815	526	2.5	526	84	2	1701	23	28	26	20	1.99
34961373--34961714	159	2.2	158	85	1	461	21	31	27	19	1.97
34961727--34961779	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
34961422--34962140	350	2.1	346	83	5	882	23	28	26	21	1.99
34962077--34962129	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34962823--34963326	159	3.2	157	78	5	442	24	29	26	19	1.98
34963338--34963769	171	2.5	172	80	3	462	26	28	26	19	1.99
34963985--34964037	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
34962823--34964744	685	2.8	669	80	5	2032	24	29	26	20	1.99
34964171--34964661	159	3.1	157	76	6	479	24	31	26	18	1.97
34964667--34964719	26	2.1	25	85	3	70	24	20	26	28	1.99
34965292--34965344	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34966165--34966217	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34966886--34966939	26	2.0	27	85	3	74	29	18	22	29	1.97
34967387--34967439	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
34967907--34967959	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34968407--34968459	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34968244--34968921	355	1.9	353	81	2	804	24	28	25	21	1.99
34968605--34968965	184	2.0	184	82	1	445	26	28	24	20	1.99
34969985--34970036	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
34970009--34970410	159	2.5	157	77	7	393	24	28	27	19	1.99
34971286--34971338	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34972511--34972563	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
34972878--34972930	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34974084--34974136	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
34974109--34974539	159	2.7	159	76	5	415	25	29	25	19	1.99
34974584--34974636	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
34975603--34975655	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
34975801--34975851	26	2.0	26	88	7	77	35	15	23	25	1.94
34975595--34975951	196	1.8	196	83	3	477	24	25	28	22	1.99
34975827--34976265	159	2.7	160	75	4	427	22	29	28	20	1.98
34976303--34976355	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
34976400--34976431	13	2.5	13	94	0	55	21	12	53	12	1.71
34976539--34976830	159	1.8	159	79	1	343	23	30	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34977430--34977482	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
34978140--34978192	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
34978165--34978572	159	2.6	159	76	6	414	24	29	26	19	1.98
34978642--34978694	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
34979007--34979059	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34979036--34979496	159	2.9	157	80	3	476	24	30	26	18	1.98
34985153--34985205	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
34986542--34987201	159	4.2	159	75	7	538	23	29	27	20	1.98
34987200--34987637	159	2.8	156	77	5	441	22	29	28	19	1.98
34987676--34987727	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
34987833--34988245	158	2.6	157	76	6	404	25	30	24	18	1.98
34988347--34988399	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34988703--34989044	157	2.2	158	79	4	361	22	29	26	21	1.99
34989018--34989070	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34987358--34989742	672	3.5	669	83	3	2583	23	29	26	20	1.99
34989191--34989495	159	1.9	158	83	4	391	22	32	27	17	1.96
34989374--34989719	158	2.2	158	81	5	387	21	30	26	20	1.98
34989690--34989768	26	3.0	26	94	0	140	25	20	27	26	1.99
34990084--34990136	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
34995269--34995321	26	2.0	26	81	0	61	33	22	16	26	1.96
34995381--34995670	159	1.8	158	81	5	361	19	27	27	25	1.99
34995768--34995820	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34997304--34997356	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
34997620--34998171	158	3.5	158	76	6	436	18	26	30	24	1.98
34998144--34998196	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34998867--34998919	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34999226--34999279	27	2.0	27	82	10	67	24	27	22	25	2.00
34999743--34999795	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35000479--35001259	317	2.5	317	84	3	948	18	27	30	23	1.98
35000479--35001219	159	4.7	158	72	8	502	19	27	30	23	1.98
35001768--35001820	26	2.0	26	85	7	72	26	30	18	24	1.98
35001925--35002251	171	1.9	171	82	2	406	18	24	31	25	1.98
35002307--35002384	26	3.0	26	92	1	122	28	25	17	28	1.98
35002674--35002725	26	2.0	25	85	10	70	30	28	17	23	1.97
35002674--35002725	25	2.0	26	85	10	72	30	28	17	23	1.97
35002348--35003041	341	2.0	342	83	3	869	20	27	28	23	1.99
35003386--35003440	26	2.1	26	86	6	76	30	23	16	29	1.96
35003450--35003758	158	2.0	158	80	3	354	17	27	31	22	1.97
35003355--35004075	342	2.1	345	81	2	849	20	27	29	23	1.99
35004234--35004286	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
35005468--35005520	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
35005494--35006308	316	2.6	314	82	2	990	20	27	29	23	1.98
35005491--35006308	158	5.2	157	73	6	551	20	27	29	23	1.99
35008312--35008364	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35008692--35008743	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
35008289--35009147	380	2.3	381	82	3	1014	24	27	25	21	1.99
35010231--35010283	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35010984--35011581	158	3.8	158	79	5	532	22	28	29	18	1.98
35011616--35011666	26	2.0	26	88	0	75	25	11	31	31	1.92
35011952--35012004	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
35011432--35012234	337	2.4	341	83	3	972	24	28	26	20	1.99
35011977--35012407	159	2.7	160	80	2	404	23	30	27	17	1.97
35012454--35012504	26	2.0	26	92	0	84	25	13	27	33	1.94
35011776--35013051	502	2.5	496	81	5	1456	23	28	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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