genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  219  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22433659--22433710	26	2.0	26	85	3	70	28	21	19	30	1.97
22434159--22434211	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
22435235--22435286	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
22435318--22435761	159	2.8	157	77	7	443	17	29	30	22	1.97
22435733--22435785	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
22435942--22435993	26	2.0	26	85	3	70	28	21	19	30	1.97
22436582--22436634	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22436608--22437140	159	3.4	157	76	6	486	21	27	28	22	1.99
22437268--22437319	26	2.0	26	96	0	95	30	25	19	25	1.98
22437738--22437790	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
22437797--22438095	159	1.9	158	80	0	346	17	26	32	23	1.97
22437710--22438438	343	2.1	343	89	0	1118	19	27	30	23	1.98
22439118--22439170	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
22439314--22439366	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22439100--22439526	185	2.2	189	82	7	508	20	25	29	24	1.99
22439658--22439710	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22440694--22440763	26	2.7	26	97	0	131	25	22	20	31	1.98
22441780--22441837	26	2.2	26	87	3	80	27	24	20	27	1.99
22442286--22442338	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
22442641--22442693	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
22443306--22443358	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
22443806--22443858	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22443900--22444232	171	1.9	171	80	4	386	19	24	31	23	1.98
22444071--22444358	158	1.8	159	79	5	341	18	26	31	23	1.97
22443471--22445485	526	3.9	515	75	11	1624	21	25	29	24	1.99
22445371--22445423	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22445566--22445618	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
22446632--22446684	26	2.0	26	85	7	72	28	32	18	20	1.97
22446975--22447027	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
22447696--22447747	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
22447783--22448223	159	2.8	159	78	5	498	18	27	30	23	1.97
22447722--22448221	158	3.2	158	77	4	533	19	26	30	23	1.98
22448195--22448247	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
22448570--22448622	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22448596--22449097	158	3.2	155	73	8	422	20	28	28	22	1.99
22449071--22449130	26	2.4	26	78	10	63	30	23	16	30	1.96
22449268--22449320	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
22450039--22450537	158	3.2	154	77	8	502	19	28	31	20	1.97
22450895--22450935	21	2.0	21	95	0	73	26	26	43	2	1.67
22451836--22451888	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22451864--22452278	159	2.6	159	72	6	383	21	25	30	22	1.99
22452339--22452391	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22452182--22452551	185	2.0	185	83	4	469	21	26	28	24	1.99
22452694--22452746	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22452720--22453098	159	2.4	159	75	6	363	21	27	28	22	1.99
22453196--22453248	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22453917--22453969	26	2.0	26	85	7	72	30	28	20	20	1.98
22454259--22454311	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22459784--22459836	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22459817--22460476	159	4.1	159	78	6	438	19	26	30	22	1.98
22462765--22463172	158	2.6	159	78	4	405	23	30	28	17	1.97
22463801--22464144	157	2.2	159	79	5	358	21	30	28	19	1.97
22464118--22464170	26	2.0	26	82	13	65	28	15	24	32	1.95
22464497--22464549	26	2.0	26	89	7	81	28	16	26	28	1.97
22464546--22464951	159	2.6	159	77	9	359	25	31	26	16	1.96
22470932--22471514	159	3.6	158	78	9	563	23	30	26	18	1.98
22470580--22471877	343	3.8	336	76	9	1093	24	29	26	19	1.99
22471559--22471611	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
22470419--22471877	665	2.2	663	81	5	1697	24	30	25	19	1.98
22472113--22472165	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
22472747--22472799	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
22472773--22473268	159	3.1	158	84	3	647	20	32	29	17	1.96
22473249--22473301	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22473287--22473857	159	3.6	157	77	6	582	23	30	27	17	1.97
22473943--22474445	159	3.2	158	74	9	430	22	29	26	21	1.99
22474419--22474471	26	2.0	26	85	7	72	24	16	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22473433--22474701	514	2.5	510	79	5	1182	23	29	26	19	1.98
22474102--22474888	343	2.3	343	85	1	1022	21	29	28	20	1.98
22474762--22474814	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
22475497--22475990	158	3.1	158	73	7	421	24	28	28	19	1.99
22476877--22476932	26	2.2	26	96	0	103	26	19	23	30	1.98
22477060--22477112	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22476874--22477269	183	2.2	183	86	1	526	25	28	25	21	1.99
22477083--22477586	159	3.2	159	78	6	472	23	30	26	19	1.98
22477560--22477612	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
22478467--22478519	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22479103--22479139	11	3.4	11	88	0	56	18	24	29	27	1.98
22479209--22479261	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22477400--22479412	908	2.2	899	86	4	2486	26	24	24	24	2.00
22479234--22479738	160	3.2	159	74	5	457	23	29	27	19	1.98
22479712--22479764	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
22481140--22481192	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
22481166--22481667	158	3.2	156	76	5	497	23	30	26	18	1.98
22482296--22482345	26	1.9	26	84	8	66	34	16	18	32	1.92
22482782--22482834	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22483662--22483714	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
22483870--22483922	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
22483070--22484396	707	1.9	709	83	3	1715	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22484042--22484470	158	2.7	157	74	9	393	25	29	26	18	1.98
22485367--22485419	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
22486062--22486114	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
22485050--22486788	699	2.5	694	81	3	1997	23	28	26	20	1.99
22486288--22486839	158	3.5	157	81	4	655	23	31	27	17	1.97
22487116--22487168	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
22488673--22488729	26	2.2	26	90	0	87	29	17	22	29	1.97
22489123--22489175	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
22489758--22489807	26	1.9	26	87	0	73	26	18	30	26	1.98
22489977--22490404	158	2.7	156	76	6	405	23	30	28	18	1.98
22492181--22492233	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
22492390--22492440	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
22492860--22492910	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
22492416--22493381	159	6.1	159	70	11	524	24	27	26	21	1.99
22492381--22493293	469	1.9	470	95	0	1668	25	26	27	20	1.99
22494059--22494109	26	2.0	26	84	7	68	29	19	23	27	1.98
22494771--22494823	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22495306--22495358	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
22495331--22495717	159	2.4	159	78	4	413	23	30	26	19	1.98
22495795--22495847	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
22495820--22496286	158	2.9	158	76	9	414	23	30	27	19	1.98
22495245--22496201	488	2.0	489	83	3	1223	22	29	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22496847--22496896	26	1.9	26	87	0	73	28	20	24	28	1.99
22497792--22498454	159	4.1	159	79	5	562	21	30	28	19	1.98
22497920--22498454	159	3.4	158	80	2	581	21	30	28	20	1.98
22498428--22498480	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22497953--22499087	514	2.2	500	82	3	1281	22	29	28	20	1.98
22498941--22498992	26	2.0	26	92	3	88	28	17	23	30	1.97
22499137--22499189	26	2.0	26	85	0	70	30	15	22	32	1.94
22499163--22499664	158	3.2	157	78	6	519	22	28	27	21	1.99
22499162--22499600	159	2.8	157	78	5	445	23	29	27	20	1.98
22499638--22499690	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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