genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  140  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16627328--16627701	196	1.9	196	85	2	509	20	28	28	22	1.99
16628330--16628382	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16628356--16628857	158	3.2	156	76	8	503	18	28	30	22	1.97
16628831--16628883	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16629211--16629262	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
16629552--16629604	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
16628577--16629915	337	3.8	339	77	10	1056	19	28	29	22	1.98
16629787--16630106	157	2.0	157	80	4	358	20	27	30	22	1.98
16629790--16630092	158	1.9	159	81	4	362	19	26	30	24	1.98
16630217--16630268	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
16631658--16631709	26	2.0	26	85	7	70	25	21	21	32	1.98
16632025--16632077	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
16631953--16633420	368	4.3	343	75	10	1016	19	27	29	23	1.98
16632453--16632904	159	2.8	158	75	7	378	18	28	28	23	1.98
16631953--16633420	317	4.3	341	75	11	1035	19	27	29	23	1.98
16632453--16633579	158	6.8	157	68	15	484	19	27	29	22	1.98
16633051--16633103	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16633077--16633578	158	3.2	158	78	8	536	19	26	30	22	1.98
16633552--16633604	26	2.0	26	88	0	79	32	20	18	28	1.97
16634020--16634458	159	2.8	158	78	4	456	18	28	29	23	1.98
16634797--16634849	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
16635166--16635215	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16635229--16636352	159	6.9	159	70	12	526	18	27	30	23	1.98
16637047--16637097	26	2.0	26	88	0	75	27	23	17	31	1.97
16637152--16637181	15	2.0	15	100	0	60	6	53	26	13	1.64
16637516--16637568	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16637480--16639191	873	2.0	873	83	9	2189	26	23	23	25	2.00
16639889--16639915	13	2.1	13	100	0	54	7	37	25	29	1.83
16641567--16641618	26	2.0	26	81	7	61	28	23	19	28	1.98
16641592--16642092	158	3.2	157	73	6	375	21	25	28	23	1.99
16642066--16642118	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16642445--16642497	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16649757--16650128	170	2.3	165	83	8	451	19	26	30	23	1.98
16649826--16650230	170	2.4	170	83	3	478	19	29	31	20	1.97
16650285--16650337	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
16650311--16651759	158	9.2	157	77	5	1326	18	26	31	24	1.97
16650319--16651760	316	4.6	316	84	3	1769	18	26	31	24	1.97
16650311--16651759	474	3.1	470	78	5	1585	18	26	31	24	1.97
16651733--16651785	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16652465--16652515	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
16652965--16653014	26	1.9	26	92	8	84	30	22	16	32	1.95
16653330--16653382	26	2.0	26	82	7	63	32	26	13	28	1.93
16654553--16654605	26	2.0	26	88	0	79	30	26	20	22	1.98
16654837--16654903	32	2.1	32	82	0	80	17	26	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16654928--16654980	26	2.0	26	85	7	72	26	28	16	28	1.97
16655679--16656374	159	4.4	159	75	8	587	19	26	29	23	1.98
16656492--16656544	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16656144--16657152	356	2.8	355	81	5	1127	20	27	29	23	1.99
16657816--16657868	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
16657842--16658172	158	2.1	157	83	1	412	22	26	28	22	1.99
16658231--16658262	12	2.7	12	95	0	55	34	28	31	6	1.82
16658721--16658773	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16658754--16659139	159	2.4	156	75	7	368	19	24	32	23	1.98
16659220--16659271	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
16659601--16659653	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16660127--16660179	26	2.0	26	85	0	70	26	28	18	26	1.98
16660325--16660375	26	2.0	26	88	7	77	27	19	19	33	1.96
16666022--16666074	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16666403--16666455	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
16666902--16666954	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16667626--16667678	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
16668811--16668863	26	2.0	26	86	13	74	30	26	18	24	1.98
16668892--16670131	159	7.8	160	80	4	1251	17	27	31	23	1.97
16668837--16670130	317	4.1	317	84	3	1387	18	26	31	23	1.97
16668900--16670132	475	2.6	475	84	3	1482	17	27	31	23	1.97
16670104--16670156	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16670826--16670876	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
16671339--16671391	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16671365--16671866	158	3.2	158	80	5	591	20	27	29	22	1.99
16671840--16671892	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16671866--16672254	171	2.3	170	78	5	424	20	25	30	23	1.98
16672173--16672737	158	3.6	158	74	3	458	20	26	30	23	1.98
16672866--16672917	26	2.0	26	92	0	86	30	26	15	26	1.96
16672891--16673394	159	3.2	159	76	7	479	20	26	30	22	1.98
16673562--16673614	26	2.0	26	88	0	79	26	28	16	28	1.97
16673260--16673637	196	1.9	195	84	2	499	20	27	29	22	1.98
16672829--16674120	697	1.9	699	84	2	1740	20	26	29	24	1.99
16673675--16674093	159	2.6	160	77	5	445	18	27	29	25	1.98
16674065--16674117	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
16674795--16674847	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
16674821--16675322	158	3.2	158	81	5	654	19	29	29	21	1.97
16675554--16675980	158	2.7	158	80	4	484	17	28	31	22	1.97
16676801--16676853	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16677525--16677577	26	2.0	26	85	0	70	28	28	20	22	1.99
16679703--16679754	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
16686693--16687001	158	2.0	158	84	1	413	18	28	30	22	1.98
16687674--16687726	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
16688176--16688228	26	2.0	26	88	0	79	26	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16688372--16688424	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16688266--16688598	184	1.8	184	84	2	454	19	27	28	24	1.99
16688556--16688608	26	2.0	26	85	7	72	28	16	20	33	1.95
16689280--16689331	26	2.0	26	85	7	70	30	26	15	26	1.96
16689623--16689673	26	2.0	26	88	7	77	31	21	15	31	1.95
16690338--16690393	26	2.2	26	93	0	94	28	21	19	30	1.98
16690373--16691185	159	5.1	157	72	5	582	20	27	29	22	1.98
16690369--16691186	316	2.6	315	82	2	967	20	27	28	22	1.99
16691864--16691916	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
16692169--16693312	538	2.1	542	81	2	1307	20	25	29	24	1.99
16693318--16693813	159	3.1	157	76	3	440	17	26	30	25	1.97
16693787--16693839	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16693911--16693935	11	2.3	11	100	0	50	16	28	36	20	1.93
16694521--16694573	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16694547--16695048	158	3.2	155	73	12	437	20	27	30	22	1.98
16695022--16695074	26	2.0	26	82	13	65	30	22	15	32	1.94
16694780--16695582	354	2.3	352	83	1	973	20	26	30	23	1.98
16695376--16695427	26	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
16694779--16695770	354	2.8	351	80	5	965	19	25	30	24	1.98
16695792--16695834	12	3.6	12	87	9	61	34	20	37	6	1.80
16695939--16695991	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16695965--16696319	158	2.2	158	77	3	363	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16696439--16696491	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
16696990--16697042	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16697714--16697766	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16698094--16698146	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16697740--16699467	855	2.0	855	83	4	2133	21	26	28	22	1.99
16699341--16699722	208	1.8	208	86	4	556	24	26	26	22	2.00
16699555--16699894	183	1.9	184	83	3	452	22	26	26	24	2.00
16699841--16699893	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16700572--16700624	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16700739--16701103	159	2.3	159	79	7	373	18	25	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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