genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  106  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14202492--14202544	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
14202872--14202924	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14202898--14203397	157	3.2	158	78	5	562	19	27	31	22	1.98
14203368--14203423	26	2.2	26	87	6	78	32	21	16	30	1.95
14203914--14203966	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14203940--14204513	305	1.9	305	82	2	722	19	29	30	20	1.97
14204576--14204626	26	2.0	26	92	0	84	29	31	13	25	1.94
14204917--14204969	26	2.0	26	85	0	70	24	26	20	28	1.99
14206680--14206729	26	1.9	26	91	0	82	20	26	20	34	1.96
14207588--14207640	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
14208113--14208165	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14208953--14209085	58	2.3	58	90	3	205	34	12	8	44	1.73
14210279--14210310	11	3.0	11	95	4	57	15	37	28	18	1.92
14211409--14211461	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14212356--14212406	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
14213562--14213617	26	2.2	26	87	6	78	28	16	23	32	1.96
14214062--14214114	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14214441--14214493	26	2.0	26	85	7	72	33	20	18	26	1.96
14214466--14214929	159	2.9	158	78	5	425	25	32	24	18	1.97
14214785--14215144	184	2.0	184	88	4	548	24	27	26	21	1.99
14215436--14215488	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14216143--14216195	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14216632--14216682	26	2.0	26	88	7	77	29	19	23	27	1.98
14217353--14217405	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14217696--14217748	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14217907--14217959	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14218407--14218459	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
14218787--14218839	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
14219446--14219498	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14219287--14219740	184	2.5	183	80	7	474	25	27	27	20	1.99
14219443--14219777	184	1.8	185	81	3	415	26	27	25	20	1.99
14219655--14220022	171	2.2	171	81	3	416	23	29	26	21	1.99
14220023--14220523	158	3.2	158	74	8	457	22	29	28	20	1.98
14221551--14221603	26	2.0	26	82	7	63	28	16	24	30	1.97
14221255--14222015	419	1.8	419	83	2	1028	21	28	27	21	1.99
14222167--14222219	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14222192--14222554	158	2.3	158	80	6	403	24	30	25	19	1.98
14222192--14222623	159	2.7	158	77	9	439	24	30	26	18	1.98
14222680--14222731	26	2.0	26	92	3	88	32	21	21	25	1.98
14223162--14223217	26	2.2	26	86	0	76	26	21	25	26	1.99
14224227--14224278	26	2.0	26	92	0	86	25	19	30	25	1.98
14224422--14224474	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
14225569--14225872	159	1.9	159	82	6	375	21	31	28	18	1.97
14226008--14226060	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14226494--14226545	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
14227013--14227436	152	2.7	154	80	5	437	23	29	28	18	1.98
14228239--14228732	158	3.1	156	78	8	541	22	30	27	20	1.98
14228706--14228755	26	1.9	26	95	0	91	30	20	24	26	1.98
14229073--14229123	26	2.0	26	84	7	68	29	15	23	31	1.95
14229257--14229309	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
14229600--14229652	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
14229441--14229995	196	3.0	180	74	12	445	25	28	25	21	1.99
14229796--14229848	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
14229598--14229949	196	1.8	194	83	4	476	25	26	25	22	2.00
14229821--14230199	155	2.4	155	76	5	368	24	29	26	20	1.99
14230659--14230711	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
14231497--14231871	158	2.4	157	76	6	362	22	29	25	22	1.99
14231845--14231897	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14232566--14232618	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14232591--14232948	158	2.3	158	76	5	355	24	29	27	19	1.98
14233067--14233119	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
14234140--14234578	159	2.8	158	79	3	425	23	29	28	18	1.98
14234616--14234668	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14234825--14234877	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14234851--14235193	158	2.2	157	89	1	506	23	30	26	19	1.98
14235167--14235219	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14236137--14236189	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14236345--14236559	117	1.8	117	81	0	268	31	26	26	15	1.96
14237173--14237553	158	2.4	158	80	3	426	22	30	28	18	1.97
14237173--14237674	159	3.2	157	78	5	487	22	30	27	19	1.98
14238682--14238734	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14238879--14238931	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14239062--14239310	138	1.8	138	81	5	315	22	27	31	18	1.97
14239358--14239410	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14239727--14239777	26	2.0	26	84	7	68	29	21	21	27	1.99
14239567--14239935	185	2.0	184	86	3	519	22	30	27	18	1.97
14239753--14240190	159	2.8	158	80	3	468	22	30	28	17	1.97
14240227--14240279	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14239911--14240717	368	2.3	355	81	7	937	22	28	28	20	1.98
14240252--14240621	171	2.2	171	78	5	363	20	30	27	21	1.98
14238707--14241285	868	3.0	863	81	5	2923	21	29	28	20	1.98
14240631--14241121	159	3.1	158	75	4	375	21	28	28	21	1.99
14241095--14241147	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14242325--14242377	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
14242350--14243800	158	9.2	158	78	4	1397	22	31	28	18	1.97
14242350--14243800	317	4.6	317	87	0	1965	22	31	28	18	1.97
14243774--14243826	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14243742--14244420	350	1.9	353	82	3	841	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14244154--14244595	159	2.8	156	80	5	509	22	31	29	16	1.96
14244626--14244702	26	3.0	26	92	0	127	27	18	27	27	1.98
14244887--14245351	154	3.0	153	76	7	456	23	31	27	18	1.97
14245360--14245412	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
14245215--14245570	184	1.9	184	82	2	437	22	31	26	19	1.98
14245043--14245779	342	2.1	342	84	2	942	23	30	26	19	1.98
14253122--14253154	11	3.0	11	90	0	57	18	33	27	21	1.96
14253724--14253776	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
14254103--14254152	26	1.9	26	88	8	75	30	18	24	28	1.97
14254128--14254630	158	3.2	158	78	5	480	22	29	28	19	1.98
14254604--14254656	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14256183--14256235	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
14255645--14256576	356	2.6	354	80	6	1014	23	28	27	20	1.99
14256392--14256894	160	3.2	158	77	3	517	22	29	28	19	1.98
14256354--14256821	158	2.9	158	77	3	474	22	29	28	19	1.98
14256867--14256920	26	2.1	26	89	6	83	25	18	27	27	1.98
14257247--14257298	26	2.0	26	92	3	88	30	21	21	26	1.98
14258184--14258272	26	3.4	26	77	0	106	26	17	26	28	1.98
14258631--14258683	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
14258836--14258888	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14259318--14259422	26	4.0	26	83	4	149	27	20	25	26	1.99
14259318--14259419	52	2.0	52	92	0	168	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14264174--14264282	55	2.0	55	83	0	137	18	23	33	23	1.96
14265139--14265618	158	3.0	155	76	6	419	23	31	26	18	1.98
14265116--14265500	158	2.4	157	79	5	454	23	32	26	17	1.97
14265116--14265543	158	2.7	157	77	6	425	24	31	27	17	1.97
14266666--14266718	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
14268326--14268378	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
14268878--14268930	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
14270124--14270174	26	2.0	26	84	0	66	29	27	19	23	1.98
14270466--14270517	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
14271646--14271699	26	2.1	26	93	6	92	25	25	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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