genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28921483--28921652	92	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
28922071--28922130	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
28935075--28935103	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
28935299--28935356	27	2.1	27	81	12	66	51	0	10	37	1.36
28935621--28935651	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
28936213--28936362	45	3.5	42	73	10	133	26	14	26	32	1.95
28936213--28936393	86	2.1	86	87	2	256	27	14	24	32	1.95
28936243--28936405	41	3.8	43	75	10	140	27	15	23	33	1.95
28940287--28940529	81	3.0	81	82	8	239	30	10	18	39	1.85
28940291--28940556	27	9.9	27	82	5	211	31	11	18	39	1.86
28947299--28947329	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
28947926--28948088	41	3.9	41	78	8	184	23	18	27	30	1.97
28947905--28948088	86	2.1	86	89	2	289	23	16	27	31	1.96
28949116--28949173	27	2.1	27	83	3	71	20	18	18	41	1.91
28954640--28954678	10	3.8	10	90	6	60	33	20	15	30	1.94
28954639--28954678	21	1.9	21	94	0	71	35	20	15	30	1.93
28954725--28954794	25	2.8	24	85	8	95	25	27	21	25	1.99
28958718--28958868	40	3.8	40	74	13	123	27	24	26	21	2.00
28958799--28958890	40	2.3	40	84	0	112	26	23	27	22	2.00
28965859--28965897	10	3.8	10	90	6	60	33	20	15	30	1.94
28965858--28965897	21	1.9	21	94	0	71	35	20	15	30	1.93
28969342--28969399	28	2.2	26	84	6	71	43	1	3	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28972854--28972887	7	4.9	7	100	0	68	14	55	0	29	1.40
28972854--28972894	14	2.9	14	92	0	55	17	51	0	31	1.46
28972854--28972894	21	2.0	21	90	0	64	17	51	0	31	1.46
28973326--28973357	14	2.3	14	94	0	55	15	25	28	31	1.96
28974930--28975014	40	2.2	39	84	2	107	29	28	17	24	1.97
28978919--28979020	43	2.4	43	80	3	116	31	26	13	28	1.94
28979020--28979189	50	3.5	50	76	10	165	22	29	18	28	1.98
28981892--28981974	40	2.1	39	82	6	96	30	30	15	24	1.96
28990770--28990891	40	3.1	39	83	8	122	25	25	20	28	1.99
28990814--28990938	40	3.1	40	85	4	155	24	24	23	27	2.00
28998810--28998995	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
29002345--29002427	31	2.7	31	92	3	143	27	25	16	30	1.97
29002634--29002717	25	3.4	24	84	9	98	26	21	21	30	1.98
29002650--29002716	25	2.7	25	95	0	116	23	22	25	28	1.99
29002919--29003117	27	7.4	27	88	2	276	24	22	18	34	1.96
29002963--29003140	54	3.3	52	80	9	187	26	18	18	36	1.94
29002948--29003140	81	2.4	81	86	6	214	26	19	17	36	1.94
29002990--29003167	81	2.2	81	79	7	184	26	16	19	36	1.93
29003096--29003303	27	7.7	27	85	3	215	28	8	22	40	1.83
29003098--29003414	27	11.8	27	82	2	176	33	8	20	37	1.84
29007679--29007808	48	2.7	48	80	2	145	28	26	18	26	1.98
29014957--29015225	46	5.8	45	75	14	253	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29015003--29015171	47	3.6	47	81	7	227	21	20	29	28	1.98
29014957--29015217	93	2.8	93	93	0	450	21	21	29	28	1.98
29017493--29017561	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
29017484--29017571	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
29019951--29020170	46	4.8	45	74	17	195	21	20	29	28	1.98
29019948--29020116	45	3.7	47	84	13	219	21	20	28	28	1.98
29022004--29022139	50	2.8	48	82	5	141	27	26	19	27	1.99
29026245--29026401	43	3.7	42	82	4	154	25	19	23	31	1.98
29026281--29026401	43	2.8	43	86	5	156	26	19	23	30	1.98
29027509--29027589	29	2.8	30	81	7	96	27	33	16	23	1.95
29030380--29030445	33	2.0	33	96	0	123	53	16	0	30	1.44
29032098--29032198	29	3.5	29	90	2	150	29	26	14	28	1.95
29039856--29039958	29	3.6	29	86	2	118	27	27	17	28	1.98
29042643--29042710	28	2.4	29	85	2	93	29	29	11	29	1.92
29044871--29044949	31	2.5	31	91	0	122	29	26	17	26	1.98
29044973--29045064	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
29045209--29045351	52	2.8	52	94	1	252	30	20	22	25	1.98
29045209--29045351	26	5.5	26	86	0	207	30	20	22	25	1.98
29045408--29045464	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
29046162--29046244	27	3.1	27	89	0	121	19	24	22	33	1.97
29046307--29046404	27	3.6	27	77	10	90	32	10	17	39	1.83
29046370--29046520	27	5.6	25	80	7	124	27	8	22	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29046394--29046520	54	2.4	53	86	5	175	27	8	22	40	1.83
29046394--29046553	54	3.0	54	82	5	164	28	11	21	39	1.87
29046395--29046553	81	2.0	81	80	5	178	28	10	21	39	1.87
29046552--29046749	27	7.3	27	83	2	227	38	7	24	28	1.83
29046552--29046749	81	2.4	81	87	0	270	38	7	24	28	1.83
29046595--29046769	81	2.2	81	85	0	224	38	8	22	30	1.83
29050989--29051058	20	3.5	20	82	7	79	37	15	7	40	1.75
29051009--29051074	20	3.3	20	80	16	75	39	13	10	36	1.80
29051291--29051344	23	2.3	23	83	0	63	31	22	24	22	1.98
29051303--29051354	23	2.3	23	86	0	68	28	23	26	21	1.99
29051812--29051855	18	2.4	18	84	0	52	59	9	4	27	1.48
29052723--29052837	29	4.0	29	82	6	137	31	29	13	26	1.93
29052716--29052825	58	1.9	58	90	1	177	30	29	14	26	1.95
29058564--29059045	48	10.0	48	94	0	813	34	6	27	31	1.82
29059186--29059288	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
29063818--29063962	50	3.0	49	84	4	186	31	25	17	25	1.97
29066832--29066980	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
29066873--29066980	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
29074949--29075097	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
29074990--29075097	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
29077108--29077165	29	2.0	29	100	0	116	27	17	24	31	1.97
29078064--29078127	30	2.1	30	88	0	92	26	23	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29080915--29080943	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
29084579--29084766	39	4.8	39	96	1	333	23	19	33	23	1.97
29084579--29084796	117	1.9	118	87	2	323	23	21	33	22	1.98
29091917--29091979	31	2.0	31	100	0	126	22	15	26	34	1.94
29092770--29092914	37	4.0	37	90	9	237	24	20	33	22	1.97
29098187--29098362	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
29098183--29098354	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
29101419--29101540	46	2.7	46	93	0	199	29	27	21	21	1.98
29101417--29101559	46	3.1	45	84	6	137	29	27	20	21	1.98
29108663--29108700	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
29108929--29109099	46	3.7	46	78	4	200	28	27	21	22	1.99
29108930--29109100	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
29118932--29119028	40	2.4	41	83	6	119	26	28	14	29	1.95
29125802--29125992	40	4.8	40	87	0	283	26	26	21	25	2.00
29128734--29128763	15	2.0	15	100	0	60	33	13	33	20	1.91
29131049--29131254	63	3.2	63	76	11	193	32	17	28	21	1.96
29132251--29132280	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
29137330--29137358	15	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
29139164--29139233	29	2.4	29	90	0	104	30	31	15	22	1.95
29153394--29153497	29	3.6	28	80	11	113	27	15	27	28	1.96
29161431--29161504	29	2.6	29	88	0	112	28	17	25	28	1.98
29163400--29163761	180	2.0	180	85	2	494	32	19	8	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29164069--29164667	299	2.0	299	96	0	1090	30	23	11	34	1.90
29164631--29164761	49	2.6	50	91	2	210	29	26	19	25	1.98
29164631--29164784	50	3.1	50	85	5	197	29	26	16	27	1.97
29167117--29167217	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
29181881--29182216	180	1.9	180	89	2	532	31	21	9	37	1.85
29183022--29183145	51	2.4	51	95	0	221	29	20	20	28	1.98
29183442--29183484	21	2.0	21	95	0	77	32	30	9	27	1.88
29190899--29191143	50	4.9	50	78	2	206	27	16	24	31	1.96
29190945--29191129	100	1.9	99	84	1	253	27	16	25	30	1.97
29197625--29197725	35	2.9	35	74	8	100	22	26	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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