genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22119816--22119868	21	2.5	21	78	0	61	30	24	22	22	1.99
22124540--22124599	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
22124561--22124624	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
22124640--22124691	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
22131149--22131373	49	4.5	49	88	2	306	28	27	18	25	1.98
22131147--22131380	99	2.3	100	86	3	330	28	28	18	24	1.98
22134973--22135034	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
22135050--22135101	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
22137819--22138071	68	3.8	66	76	11	225	28	16	29	25	1.97
22140572--22140623	23	2.2	23	83	10	61	34	28	0	36	1.58
22157621--22157690	37	1.9	37	85	2	97	41	27	10	21	1.85
22157633--22157754	37	3.3	37	81	0	136	40	27	9	21	1.85
22164132--22164288	40	3.8	40	73	6	111	27	13	24	34	1.93
22174428--22174531	40	2.6	39	82	8	120	30	14	23	31	1.94
22176848--22176982	55	2.4	56	85	2	175	27	14	25	32	1.95
22184812--22184912	28	3.5	28	84	9	98	30	13	25	29	1.94
22184812--22184916	29	3.6	29	75	13	108	30	13	25	30	1.94
22192792--22192864	30	2.5	30	88	2	103	31	13	27	27	1.94
22194456--22194623	40	4.2	40	78	12	166	23	21	27	26	1.99
22194456--22194623	80	2.1	79	84	4	221	23	21	27	26	1.99
22196512--22196678	47	3.6	45	79	13	196	28	28	20	21	1.98
22196508--22196682	46	3.8	48	78	14	179	29	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22196513--22196682	92	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
22203787--22203824	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
22204044--22204170	46	2.8	46	81	11	154	29	27	19	22	1.98
22204047--22204189	46	3.1	45	71	20	127	29	27	19	23	1.98
22207212--22207264	14	3.8	13	79	18	54	43	0	1	54	1.11
22211073--22211439	27	13.6	27	86	3	461	28	23	8	39	1.84
22212678--22212725	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
22212768--22212828	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
22212878--22213020	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
22212878--22213020	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
22212878--22213021	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
22213212--22213275	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
22218261--22218410	39	3.8	39	95	0	264	24	32	20	22	1.98
22226271--22226420	39	3.8	39	96	0	264	24	32	20	22	1.98
22236791--22236871	23	3.4	23	64	18	58	43	7	14	34	1.74
22236790--22236886	48	2.0	48	100	0	194	39	8	16	36	1.79
22241835--22241879	21	2.2	20	84	4	54	42	2	15	40	1.59
22245776--22245805	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
22247023--22247147	40	3.2	38	76	11	126	25	21	20	32	1.98
22247023--22247169	79	1.9	79	80	5	172	27	21	20	31	1.98
22247439--22247536	49	2.0	49	100	0	196	40	2	10	46	1.49
22256842--22256910	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22264649--22264708	28	2.2	27	88	5	93	20	10	26	43	1.83
22264656--22264714	28	2.1	28	96	0	109	18	11	23	45	1.83
22272884--22272916	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
22276704--22276910	80	2.6	80	81	3	229	25	26	23	25	2.00
22276704--22276911	40	5.2	40	79	5	197	25	25	23	25	2.00
22279172--22279205	17	1.9	18	88	5	52	50	14	14	20	1.78
22283822--22283865	20	2.2	20	87	0	61	27	38	22	11	1.88
22291108--22291182	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
22291166--22291239	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
22298411--22298577	40	4.2	40	86	6	207	23	21	28	26	1.99
22298411--22298577	80	2.1	78	86	5	228	23	21	28	26	1.99
22304921--22305827	452	2.0	451	99	0	1805	31	14	24	28	1.95
22306901--22307068	40	4.2	40	78	12	166	24	22	27	26	2.00
22306901--22307068	80	2.1	79	85	4	221	24	22	27	26	2.00
22320271--22320322	24	2.2	24	89	0	77	17	19	38	25	1.93
22320271--22320322	12	4.3	12	85	0	68	17	19	38	25	1.93
22327076--22327239	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22327076--22327273	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
22335251--22335278	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
22335626--22335720	29	3.3	29	92	0	163	24	12	31	31	1.92
22337685--22337722	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
22339350--22339418	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22345680--22345717	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
22347339--22347407	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
22352174--22352377	40	5.1	40	82	7	245	26	26	21	25	1.99
22352160--22352375	79	2.7	79	81	11	253	26	26	20	25	1.99
22358155--22358229	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
22358213--22358286	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
22363552--22363818	24	11.1	24	97	0	489	37	25	17	20	1.94
22371560--22371830	24	11.1	24	92	5	420	36	25	17	20	1.94
22373639--22373764	38	3.3	39	79	4	148	23	24	27	23	2.00
22381613--22381763	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
22381653--22381779	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
22383547--22383733	6	30.8	6	74	16	154	49	13	16	20	1.79
22383526--22383733	30	7.1	30	79	12	173	49	13	16	20	1.79
22383547--22383733	85	2.2	85	94	0	320	49	13	16	20	1.79
22384088--22384146	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
22384234--22384316	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
22384517--22384854	27	12.3	27	70	13	110	27	20	18	33	1.96
22384533--22384852	54	5.8	54	74	10	227	26	19	19	34	1.96
22384478--22384758	140	2.0	140	95	0	499	29	21	20	29	1.98
22384658--22384850	81	2.4	81	83	1	244	25	19	18	36	1.94
22384855--22385453	27	22.1	27	85	3	668	41	9	21	27	1.84
22387462--22387708	6	40.8	6	74	16	217	47	14	17	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22388037--22388095	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
22388183--22388265	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
22388465--22388660	27	7.3	27	80	4	117	26	18	17	37	1.93
22388463--22388655	54	3.6	53	82	5	217	25	18	18	36	1.94
22388664--22389208	27	20.2	27	88	3	767	39	10	22	26	1.87
22391314--22391515	39	5.2	39	92	0	332	28	29	20	21	1.98
22400876--22400955	28	2.9	28	84	0	97	12	31	22	33	1.91
22408780--22408828	25	2.0	25	100	0	98	32	14	36	16	1.89
22410734--22410899	41	4.1	41	88	2	228	37	22	19	20	1.95
22429233--22429440	40	5.2	40	81	2	193	25	23	26	25	2.00
22429235--22429440	80	2.6	80	82	3	227	24	23	26	24	2.00
22431986--22432199	41	5.3	41	78	6	247	21	22	27	28	1.99
22431999--22432199	81	2.5	81	95	0	357	21	23	26	27	1.99
22438486--22438667	78	2.3	79	87	3	260	24	23	29	23	1.99
22438485--22438627	39	3.7	39	88	2	225	26	21	29	22	1.99
22440569--22440698	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
22440585--22440735	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
22440569--22440735	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
22449751--22449892	39	3.7	38	85	5	205	26	21	29	22	1.99
22449783--22449858	37	2.2	32	76	22	91	26	22	28	22	1.99
22457871--22458025	77	2.0	78	91	1	249	25	20	29	24	1.99
22457870--22458011	39	3.7	39	88	1	223	26	21	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22457873--22458049	77	2.3	77	85	2	221	25	22	29	23	1.99
22459940--22460067	40	3.2	40	78	6	154	24	28	23	24	2.00
22459955--22460103	78	1.9	77	83	6	194	22	27	23	26	1.99
22469106--22469249	39	3.7	39	86	0	216	27	20	29	22	1.99
22469107--22469289	78	2.3	79	85	3	244	25	22	28	22	1.99
22472712--22472843	40	3.3	41	80	4	169	21	20	28	29	1.98
22477509--22477566	25	2.3	25	81	0	71	27	20	17	34	1.95
22477959--22478091	44	3.0	45	94	2	232	22	18	6	53	1.66
22488749--22488775	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
22489970--22490000	16	1.9	16	93	0	53	45	9	16	29	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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