genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1878594--1878830	73	3.1	73	80	8	260	27	18	20	34	1.96
1878358--1878921	248	2.3	243	82	10	675	28	17	20	33	1.95
1878690--1878838	80	1.9	80	88	0	226	25	19	20	34	1.96
1878820--1878855	14	2.6	14	95	0	63	22	16	0	61	1.35
1878912--1878947	14	2.6	14	95	0	63	22	19	5	52	1.66
1878762--1879072	90	3.5	88	82	9	342	30	18	18	31	1.96
1878762--1879098	88	3.7	89	82	7	308	30	18	18	32	1.96
1879707--1879766	25	2.4	25	91	0	93	50	35	6	8	1.59
1880764--1880840	19	3.8	21	73	18	74	32	2	2	62	1.23
1880769--1880818	18	2.8	17	79	8	64	30	4	2	64	1.23
1880769--1880829	18	3.4	18	75	2	61	31	3	1	63	1.20
1880815--1880864	22	2.3	22	86	6	66	34	0	4	62	1.14
1881701--1881748	23	2.0	24	84	8	62	35	8	8	47	1.64
1887645--1887784	27	5.2	28	87	5	166	34	22	25	18	1.96
1889403--1889512	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
1894562--1894610	23	2.1	24	88	7	75	55	2	2	40	1.23
1894598--1894670	30	2.5	29	78	13	78	46	2	2	47	1.31
1896746--1896796	25	2.0	25	100	0	102	52	7	15	23	1.68
1900169--1900272	51	2.0	51	94	0	181	33	26	19	20	1.96
1901174--1901227	11	5.0	11	88	4	83	27	7	46	18	1.76
1901517--1901571	11	5.1	11	82	4	67	21	43	1	32	1.63
1901847--1901903	18	3.2	18	76	0	60	31	12	24	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902437--1902490	11	5.0	11	86	4	74	29	5	46	18	1.72
1905111--1905164	15	3.5	15	87	2	81	51	11	0	37	1.37
1907071--1907099	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1907831--1907884	26	2.1	26	89	0	81	22	22	22	33	1.97
1909680--1909713	11	3.0	11	86	4	50	76	0	0	23	0.79
1913281--1914039	405	1.9	401	81	7	921	32	14	20	31	1.93
1927258--1927318	31	1.9	32	83	9	81	57	4	6	31	1.46
1927502--1927549	15	3.4	14	80	11	53	54	6	2	37	1.38
1927673--1927703	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
1927784--1927858	35	2.2	33	79	6	78	53	4	6	36	1.46
1927833--1927881	12	4.0	13	79	12	59	55	6	2	36	1.37
1929818--1929851	16	2.1	16	94	0	59	67	5	8	17	1.37
1929655--1930275	91	6.8	91	80	9	646	36	18	17	28	1.93
1929692--1930275	183	3.2	181	89	5	885	35	18	17	28	1.94
1930204--1930348	78	1.9	78	88	0	218	33	19	16	31	1.94
1933292--1933356	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
1934817--1934868	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
1945305--1945346	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1945578--1945638	31	1.9	32	83	9	81	57	4	6	31	1.46
1945734--1945856	26	4.9	24	70	18	74	53	3	8	34	1.47
1945820--1945856	13	2.8	13	87	0	56	59	2	0	37	1.12
1945825--1945868	11	4.0	11	81	0	52	54	4	2	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945752--1945855	24	4.3	23	71	22	70	54	3	7	33	1.47
1946127--1946168	19	2.3	19	87	4	59	57	0	2	40	1.12
1946089--1946179	25	3.5	25	71	15	69	56	3	3	37	1.32
1946091--1946187	12	8.1	13	67	22	52	56	4	3	36	1.34
1946277--1946338	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
1948124--1948163	19	2.1	19	85	0	53	62	10	15	12	1.54
1951860--1951914	28	2.0	28	85	7	76	69	0	0	30	0.89
1955156--1955218	31	2.0	31	100	0	126	38	15	15	30	1.89
1955252--1955318	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
1959810--1959847	19	2.0	20	85	14	55	44	0	0	55	0.99
1960415--1960458	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
1961143--1961179	17	2.1	18	85	14	51	59	0	0	40	0.97
1966620--1966652	16	2.1	16	94	0	57	66	6	0	27	1.15
1968136--1968338	54	3.9	51	78	12	196	33	12	25	28	1.92
1973909--1973945	16	2.3	16	95	0	65	51	5	13	29	1.63
1975861--1975892	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1976309--1976343	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
1976463--1976525	31	2.0	31	87	0	90	38	12	17	31	1.87
1977124--1977157	2	16.5	2	93	6	59	47	2	0	50	1.16
1979132--1979159	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1979427--1979470	23	2.0	23	86	13	65	43	4	0	52	1.22
1980244--1980287	24	2.0	21	86	13	61	31	0	2	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984412--1984791	190	2.0	189	96	0	706	37	19	9	33	1.85
1986149--1986185	16	2.3	16	95	0	65	51	5	13	29	1.63
1988100--1988139	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1988557--1988591	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
1988711--1988773	31	2.0	31	87	0	90	38	12	17	31	1.87
1989372--1989403	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
1991378--1991409	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1991677--1991720	23	2.0	23	86	13	65	43	4	0	52	1.22
1992494--1992537	24	2.0	21	86	13	61	31	0	2	65	1.05
1996661--1997040	190	2.0	189	96	0	706	37	19	9	33	1.85
1998394--1998430	16	2.3	16	95	0	65	51	5	13	29	1.63
1998785--1998810	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2000347--2000384	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2000802--2000836	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
2000956--2001018	31	2.0	31	87	0	90	38	12	17	31	1.87
2001617--2001648	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
2003908--2003951	23	2.0	23	86	13	65	43	4	0	52	1.22
2004724--2004767	24	2.0	21	86	13	61	31	0	2	65	1.05
2007819--2008198	190	2.0	189	96	0	706	37	19	9	33	1.85
2011512--2011541	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2022387--2022448	31	2.0	32	87	3	90	46	9	9	33	1.69
2022537--2022596	28	2.1	28	84	6	77	58	5	0	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026927--2026986	30	2.0	29	87	3	84	40	10	10	40	1.72
2031119--2031159	21	2.0	21	85	9	57	56	12	2	29	1.49
2041150--2041208	31	1.9	31	82	6	75	49	6	10	33	1.63
2042654--2042692	14	2.8	14	100	0	78	61	0	0	38	0.96
2050959--2051041	43	2.0	42	92	2	139	45	14	7	32	1.72
2055707--2055878	46	3.7	46	78	13	199	28	28	21	21	1.99
2055712--2055882	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
2056299--2056358	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
2057385--2057427	18	2.4	18	88	11	70	46	13	2	37	1.57
2063166--2063271	53	2.0	53	100	0	212	33	30	11	24	1.90
2063165--2063254	29	3.3	29	69	15	100	35	31	10	23	1.88
2063664--2063761	43	2.3	44	91	3	155	50	13	5	31	1.63
2063664--2063775	43	2.6	43	84	8	104	51	11	6	30	1.62
2063778--2063817	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
2067441--2067533	43	2.2	44	92	3	154	53	12	4	29	1.58
2067555--2067594	19	2.2	18	86	4	53	42	15	2	40	1.60
2068528--2068660	66	2.0	67	95	1	241	35	21	9	33	1.85
2072977--2073036	29	2.1	29	100	0	120	23	6	13	56	1.60
2073706--2074204	48	10.4	47	75	8	192	30	34	22	12	1.91
2073706--2074111	144	2.8	142	80	5	363	29	34	23	12	1.91
2073736--2074134	96	4.2	96	79	3	304	30	34	23	12	1.91
2073874--2074213	144	2.4	143	76	4	333	29	35	22	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074287--2074381	39	2.4	39	82	3	111	41	33	18	6	1.76
2074394--2074532	48	2.9	48	78	0	143	28	35	21	15	1.93
2074699--2074791	48	1.9	48	84	4	125	32	38	18	10	1.85
2074700--2074840	48	2.9	48	77	4	122	32	37	18	11	1.86
2078006--2078043	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
2085599--2085670	32	2.2	32	85	4	92	48	29	11	11	1.73
2091844--2091900	18	3.2	18	92	0	96	31	22	14	31	1.93
2098536--2098569	16	2.1	16	89	10	52	58	8	0	32	1.29
2101057--2101132	28	2.8	28	81	2	91	18	30	22	28	1.97
2101758--2101794	20	1.9	19	89	10	58	43	2	8	45	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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