genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  274  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84420769--84420923	79	2.0	79	85	2	213	21	21	32	24	1.98
84420769--84420892	39	3.2	39	95	1	212	21	19	33	25	1.97
84420779--84420961	79	2.3	78	80	6	190	23	21	31	24	1.98
84423030--84423216	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
84423053--84423216	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84423053--84423250	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
84430585--84430747	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
84430585--84430781	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
84439459--84439569	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
84452751--84452868	18	6.6	17	74	5	65	39	18	6	34	1.77
84452841--84452922	18	4.6	18	81	6	94	32	13	17	36	1.88
84452813--84452922	36	3.1	35	81	7	114	36	13	15	34	1.87
84453029--84453058	6	5.0	6	95	0	51	46	16	20	16	1.84
84455708--84455777	25	2.8	25	93	0	113	24	24	25	25	2.00
84455995--84456165	27	6.3	27	89	3	220	25	19	18	36	1.95
84456159--84456233	26	2.8	26	86	9	107	36	13	13	37	1.84
84456127--84456363	27	8.8	26	79	9	187	30	13	19	36	1.90
84456220--84456416	54	3.6	54	89	1	270	29	10	20	39	1.85
84456211--84456416	81	2.5	81	85	2	261	29	10	20	39	1.85
84456169--84456416	27	9.2	27	81	3	232	31	10	19	38	1.85
84456169--84456568	27	14.9	27	79	6	177	34	10	20	35	1.86
84456366--84456556	81	2.4	81	79	1	204	37	8	20	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84456397--84456575	81	2.2	81	76	0	196	37	7	20	33	1.82
84458947--84459023	25	3.1	25	88	1	111	27	19	22	31	1.98
84459251--84459491	27	8.9	26	86	7	304	26	18	17	37	1.93
84459486--84459558	27	2.7	27	85	2	94	34	10	15	39	1.82
84459535--84459634	27	3.7	27	85	1	130	26	7	24	43	1.79
84459512--84459634	27	4.6	26	78	5	120	27	8	21	42	1.82
84459521--84459651	54	2.4	54	85	1	156	29	9	21	40	1.84
84459655--84459780	27	4.7	27	92	0	189	38	7	23	30	1.83
84459643--84459821	81	2.2	81	75	4	180	36	8	21	33	1.83
84462556--84462636	39	2.1	39	95	0	144	34	11	17	37	1.85
84465352--84465619	50	5.6	50	75	9	211	24	29	19	27	1.98
84471447--84471486	21	2.0	20	85	14	55	20	25	40	15	1.90
84477239--84477305	31	2.1	32	97	2	127	37	2	26	32	1.72
84482835--84482980	40	3.7	40	90	3	206	27	28	21	23	1.99
84497023--84497217	27	7.2	27	74	16	106	31	10	16	41	1.83
84497067--84497228	54	3.0	55	85	4	222	32	9	17	40	1.82
84497040--84497217	81	2.2	80	84	7	218	32	10	15	42	1.81
84501274--84501376	29	3.6	28	79	7	109	32	15	25	27	1.96
84509317--84509419	29	3.6	28	81	7	118	31	15	26	27	1.96
84515174--84515280	40	2.7	41	80	4	128	23	17	27	31	1.97
84515272--84515333	30	2.1	30	96	0	115	30	11	24	33	1.90
84534881--84535059	53	3.4	52	84	7	213	35	17	26	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84541456--84541569	43	2.7	43	80	5	115	26	17	28	28	1.98
84548093--84548256	43	3.8	43	79	4	145	25	20	25	29	1.99
84548146--84548277	42	3.1	41	77	9	131	29	18	21	30	1.97
84552699--84552759	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84557550--84557683	27	5.0	26	80	12	130	20	25	20	33	1.97
84557546--84557691	54	2.7	54	90	3	213	19	24	21	34	1.97
84559174--84559323	76	2.0	77	95	1	275	24	32	20	22	1.98
84559174--84559334	39	4.2	39	93	4	272	24	32	19	22	1.97
84564688--84564749	26	2.3	26	83	8	81	38	27	6	27	1.81
84564853--84564967	27	4.3	27	80	9	128	21	21	20	35	1.96
84564853--84564967	54	2.1	53	84	7	151	21	21	20	35	1.96
84567566--84567605	19	2.1	19	85	0	53	32	10	10	47	1.70
84574089--84574184	48	2.0	48	95	0	174	36	18	6	38	1.76
84582750--84582933	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
84584653--84584884	48	4.5	55	82	13	227	30	28	7	33	1.85
84584682--84584897	48	4.5	48	94	0	378	29	28	8	33	1.86
84591157--84591378	40	5.6	40	94	1	376	23	22	26	27	2.00
84599725--84599946	40	5.6	40	89	1	331	25	22	25	27	2.00
84606323--84606494	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
84606316--84606491	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
84615031--84615121	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
84615215--84615427	49	4.4	49	94	2	358	29	32	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84618149--84618247	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
84618731--84618942	29	7.3	29	95	2	372	25	32	15	26	1.95
84621013--84621103	37	2.4	37	90	1	146	24	31	18	25	1.97
84621258--84621342	27	3.3	27	65	15	81	30	34	4	30	1.78
84621199--84621412	49	4.4	49	92	1	324	28	32	9	28	1.88
84622987--84623251	93	2.8	93	98	0	503	28	29	20	21	1.98
84622980--84623248	46	5.8	46	78	14	302	28	29	20	21	1.98
84629938--84630050	29	3.9	29	77	1	111	42	18	13	25	1.87
84632343--84632516	40	4.3	40	83	3	197	28	22	25	23	1.99
84636276--84636338	21	3.0	22	79	9	76	52	7	15	23	1.69
84645371--84645437	27	2.5	27	97	0	125	38	17	19	23	1.93
84645801--84645888	33	2.7	32	89	3	122	28	20	28	22	1.99
84646770--84646843	37	2.0	37	97	0	139	43	33	2	20	1.66
84649784--84649863	30	2.7	30	78	0	97	41	12	26	20	1.87
84655374--84655544	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
84655366--84655541	46	3.8	46	79	12	198	28	28	21	21	1.98
84658639--84658803	42	3.9	42	79	7	149	32	16	23	28	1.96
84664748--84664777	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
84665641--84665799	35	4.5	35	76	3	158	29	8	18	43	1.80
84671507--84671556	17	2.9	17	82	8	57	66	0	28	6	1.15
84680076--84680259	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
84680120--84680268	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84685957--84686110	51	3.0	50	79	3	130	30	17	22	29	1.97
84689760--84689799	20	2.0	20	100	0	80	45	25	10	20	1.81
84708749--84708781	17	1.9	17	93	0	57	51	12	9	27	1.69
84711127--84711298	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
84711120--84711295	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
84711171--84711314	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
84711713--84711773	30	2.0	30	83	0	77	31	19	6	42	1.77
84720620--84720697	29	2.8	28	77	11	86	28	34	11	25	1.91
84720620--84720697	28	2.8	28	84	7	88	28	34	11	25	1.91
84720757--84720790	18	1.9	18	88	5	52	17	38	23	20	1.93
84726098--84726227	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
84726114--84726264	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
84726114--84726264	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
84732484--84732660	40	4.5	40	89	1	250	24	27	23	24	2.00
84735158--84735287	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
84735174--84735324	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
84735174--84735324	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
84737526--84737702	40	4.5	40	87	2	241	24	27	23	24	2.00
84737526--84737702	79	2.2	80	85	3	241	24	27	23	24	2.00
84743882--84744057	40	4.5	40	92	2	268	23	27	23	24	2.00
84749349--84749485	40	3.5	40	88	2	197	23	27	24	24	2.00
84755708--84755885	40	4.5	40	89	0	250	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84761487--84761542	10	5.8	10	85	8	71	62	5	0	32	1.18
84761487--84761541	18	2.9	18	83	8	65	63	5	0	30	1.17
84765152--84765185	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
84773625--84773861	24	9.9	24	97	0	420	35	25	18	20	1.95
84782538--84782774	24	9.9	24	98	0	429	35	25	18	20	1.96
84784755--84784800	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
84787405--84787453	15	3.3	15	80	11	64	61	12	12	14	1.58
84790489--84790639	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
84790526--84790655	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
84792970--84793141	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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