genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  173  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52406163--52406255	41	2.2	41	81	5	98	41	5	10	41	1.62
52406279--52406318	20	2.0	20	85	0	53	45	5	10	40	1.60
52406163--52406316	82	1.9	82	80	12	183	41	4	11	42	1.62
52408271--52408314	17	2.6	16	78	7	52	25	0	0	75	0.81
52408306--52408381	41	1.9	41	91	5	113	22	6	9	61	1.49
52408307--52408398	23	4.3	23	71	19	90	20	7	9	61	1.51
52416448--52416501	24	2.2	24	90	0	81	24	33	27	14	1.94
52417253--52417401	56	2.7	55	88	4	217	45	13	6	34	1.70
52419534--52419562	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
52422988--52423322	73	4.6	73	79	5	331	38	16	22	22	1.93
52422988--52423314	35	9.0	36	76	11	260	37	16	22	23	1.93
52423023--52423293	146	1.9	145	86	5	395	38	15	22	23	1.92
52422988--52423359	145	2.6	143	80	6	412	38	16	21	23	1.93
52424804--52424986	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
52428989--52429020	15	2.1	15	94	0	55	31	31	12	25	1.92
52430323--52430542	110	2.0	110	92	0	368	28	21	14	35	1.92
52430630--52430676	21	2.2	21	85	7	60	46	23	0	29	1.52
52431659--52432346	140	5.0	140	77	8	696	31	20	19	28	1.97
52431790--52432048	126	2.0	127	82	3	317	33	20	18	27	1.96
52431659--52432194	267	2.0	266	81	3	621	30	20	20	28	1.97
52436011--52436047	13	2.6	15	83	12	51	62	0	2	35	1.10
52436148--52436181	16	2.1	16	88	0	50	50	2	11	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52437867--52437973	33	3.3	32	77	12	112	38	2	1	57	1.24
52439891--52439919	9	3.0	10	90	10	51	0	20	0	79	0.74
52439891--52439919	5	6.0	5	92	8	51	0	20	0	79	0.74
52440405--52440430	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
52442839--52443072	117	2.0	117	100	0	468	29	11	17	41	1.84
52444514--52444547	6	5.7	6	100	0	68	85	0	14	0	0.60
52447157--52447213	15	3.5	15	69	17	51	45	0	3	50	1.18
52457345--52457378	8	4.0	8	88	11	50	17	0	11	70	1.16
52464066--52464149	44	1.9	43	92	2	141	36	9	17	35	1.83
52466808--52466875	27	2.5	26	86	11	91	41	14	1	42	1.55
52485873--52485979	42	2.5	42	81	1	115	22	22	28	27	1.99
52485873--52485987	43	2.7	41	80	6	122	21	21	28	27	1.99
52488281--52488319	21	1.9	21	89	5	62	23	28	38	10	1.87
52489508--52489642	49	2.7	49	80	3	155	25	26	20	28	1.99
52489693--52489785	48	1.9	48	82	4	116	27	25	20	25	1.99
52490161--52490219	30	1.9	31	93	3	102	30	25	10	33	1.89
52496706--52496765	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
52502573--52502733	43	3.8	42	80	11	157	24	17	26	31	1.97
52502573--52502733	86	1.9	85	81	8	193	24	17	26	31	1.97
52507491--52507531	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
52508435--52508519	42	2.0	42	93	0	143	43	16	9	30	1.79
52508889--52509059	46	3.7	46	79	9	195	25	29	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52508889--52509060	94	1.8	92	87	7	258	25	29	17	27	1.97
52508801--52509059	140	1.8	140	83	4	342	25	30	16	26	1.97
52512615--52512744	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
52520689--52520818	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
52528750--52528879	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
52534371--52534645	47	5.9	47	73	12	192	24	29	17	27	1.98
52534371--52534683	47	6.7	44	73	15	183	24	29	17	28	1.98
52537879--52537984	20	5.3	20	71	14	76	60	2	3	33	1.29
52537841--52537934	47	2.0	48	89	6	147	59	3	3	34	1.29
52537934--52537986	22	2.3	24	81	9	67	56	3	5	33	1.41
52537949--52538010	24	2.7	23	80	5	63	53	4	4	37	1.44
52538328--52538388	24	2.5	24	71	12	63	57	3	4	34	1.36
52538540--52538615	22	3.5	22	75	18	70	63	0	2	34	1.09
52538527--52538594	28	2.3	30	80	16	72	58	2	4	33	1.33
52540084--52540145	23	2.5	24	85	15	83	66	3	1	29	1.17
52540304--52540343	10	4.0	10	86	0	62	35	0	37	27	1.57
52541087--52541120	17	2.0	17	88	0	50	35	2	11	50	1.54
52543167--52543442	69	4.0	69	98	1	536	27	11	2	57	1.48
52543167--52543442	137	2.0	138	98	1	536	27	11	2	57	1.48
52543402--52543480	36	2.1	39	74	16	92	25	13	2	58	1.49
52543412--52543482	36	2.0	36	94	0	124	23	16	2	56	1.54
52546718--52546757	21	1.9	21	85	10	55	57	5	5	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52547867--52548009	76	1.9	75	88	4	216	27	9	19	44	1.81
52552762--52552933	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52552754--52552929	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52555314--52555402	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
52555314--52555393	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
52555325--52555402	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
52558354--52558525	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52558346--52558521	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52561669--52561727	20	3.0	20	87	7	84	10	30	25	33	1.89
52567256--52567459	80	2.5	80	84	3	241	24	21	28	25	1.99
52567256--52567436	40	4.5	40	90	0	254	25	22	28	23	1.99
52567653--52567718	24	2.8	24	86	4	80	36	0	27	36	1.57
52567677--52567726	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
52575397--52575604	40	5.2	40	86	0	256	25	21	27	25	1.99
52575794--52575859	24	2.8	24	86	4	80	36	0	27	36	1.57
52575818--52575867	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
52577471--52577652	40	4.6	40	77	8	167	24	28	23	24	2.00
52580999--52581108	43	2.6	42	85	2	157	28	18	26	27	1.98
52582373--52582411	20	1.9	21	84	5	53	30	5	15	48	1.66
52587558--52587706	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
52587599--52587706	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
52595691--52595839	40	3.8	39	75	10	124	21	26	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52606763--52607012	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
52609904--52609998	24	4.0	24	97	0	172	34	1	37	26	1.64
52611430--52611529	27	3.7	27	83	9	123	16	25	21	38	1.93
52614730--52614897	46	3.6	47	74	7	139	23	27	19	29	1.98
52618233--52618263	16	1.9	16	100	0	62	45	0	38	16	1.47
52620157--52620228	34	2.1	34	100	0	144	40	13	26	19	1.89
52627854--52628007	29	5.5	27	81	4	155	31	25	15	27	1.96
52627854--52627957	55	1.9	55	97	0	199	35	24	14	25	1.93
52636085--52636214	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
52636085--52636248	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
52639089--52639203	31	3.7	31	94	1	187	28	26	15	29	1.96
52639227--52639318	42	2.2	42	94	0	166	32	19	15	32	1.93
52639466--52639535	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
52640440--52640620	27	6.7	27	82	5	172	29	9	21	39	1.85
52640442--52640653	81	2.6	79	80	10	223	30	10	20	38	1.87
52640460--52640653	54	3.6	54	78	2	167	30	11	19	38	1.87
52640652--52640742	27	3.4	27	86	3	130	39	6	24	29	1.80
52640652--52640767	27	4.3	27	82	2	117	36	7	25	31	1.84
52642152--52642286	43	3.2	43	77	10	125	27	24	20	28	1.99
52642175--52642291	43	2.8	42	82	7	130	27	26	20	25	1.99
52648230--52648268	21	1.9	20	85	15	53	23	28	35	12	1.91
52649395--52649606	47	4.5	47	76	9	161	22	27	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52649486--52649611	46	2.7	45	81	6	144	22	26	19	31	1.97
52651969--52652144	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
52651965--52652137	93	1.9	93	95	0	310	21	21	29	27	1.98
52654714--52654835	48	2.5	48	82	2	147	17	18	28	35	1.94
52659263--52659291	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
52661658--52661771	29	4.0	28	82	8	131	28	14	29	27	1.95
52661845--52661911	33	2.0	33	97	0	125	44	14	13	26	1.83
52662821--52662866	21	2.2	21	84	3	58	19	2	23	54	1.55
52663551--52664116	281	2.0	281	97	0	1080	25	16	34	22	1.95
52666514--52666628	29	4.0	27	73	10	77	27	13	29	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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