genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19036204--19036287	29	2.9	29	90	0	123	23	25	14	36	1.92
19040916--19040944	6	4.8	6	100	0	58	34	31	17	17	1.93
19048442--19048478	14	2.7	14	95	4	67	51	0	0	48	1.00
19053147--19053225	3	26.7	3	77	10	65	26	5	5	63	1.36
19053159--19053241	15	5.6	15	72	16	50	25	4	6	63	1.37
19055563--19055669	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
19055563--19055669	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
19060751--19060780	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
19062700--19062760	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
19066679--19066836	42	3.7	42	77	3	172	28	22	20	28	1.98
19066635--19066836	44	4.7	41	74	9	138	29	21	20	28	1.98
19066679--19066861	86	2.1	86	84	4	235	28	22	18	29	1.98
19066874--19067539	44	15.0	44	65	14	294	27	24	20	26	1.99
19066847--19067539	88	7.8	88	86	2	929	27	24	20	26	1.99
19067563--19067726	44	3.7	44	80	4	184	25	20	28	26	1.99
19069558--19069636	3	26.7	3	77	10	65	26	5	5	63	1.36
19069570--19069652	15	5.6	15	72	16	50	25	4	6	63	1.37
19076216--19076257	21	2.0	21	85	0	57	69	16	0	14	1.20
19076850--19076989	3	46.3	3	76	8	133	32	4	2	61	1.27
19077213--19077276	27	2.5	26	78	9	69	34	4	6	54	1.46
19077273--19077328	3	18.7	3	76	7	51	32	3	5	58	1.37
19077411--19077454	16	2.8	17	80	19	51	29	0	2	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19077620--19077670	27	2.0	27	84	7	70	29	5	0	64	1.17
19082901--19082925	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
19083415--19083534	61	2.0	57	81	10	134	51	4	3	40	1.37
19083505--19083553	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
19086307--19086466	27	5.9	27	82	11	186	34	21	25	19	1.96
19086325--19086466	54	2.6	54	93	2	241	34	22	24	18	1.96
19086853--19086882	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
19088359--19088398	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
19088460--19088570	26	4.2	27	84	12	124	36	23	22	17	1.94
19088460--19088571	53	2.1	53	85	6	147	37	23	22	16	1.94
19090184--19090291	26	4.2	26	92	4	184	36	24	5	34	1.79
19090184--19090291	50	2.1	52	96	3	202	36	24	5	34	1.79
19091140--19091247	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
19093940--19094111	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
19093945--19094111	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
19101437--19101608	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
19101442--19101608	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
19105480--19105561	25	3.3	24	78	10	85	32	21	18	26	1.97
19105494--19105573	25	3.2	25	76	3	90	31	22	20	26	1.98
19106079--19106124	22	2.1	22	100	0	92	30	4	21	43	1.72
19107997--19108031	17	2.1	17	89	5	54	48	0	11	40	1.39
19111055--19111139	42	2.0	43	84	6	111	20	31	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19119065--19119212	79	1.9	79	88	2	226	37	7	16	37	1.77
19119832--19119860	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
19120365--19120419	28	2.0	27	89	3	83	34	0	3	61	1.13
19121623--19121661	13	3.1	13	85	3	53	79	0	5	15	0.90
19121623--19121661	12	3.2	12	82	7	51	79	0	5	15	0.90
19121930--19121980	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
19123402--19123582	97	1.9	96	87	1	263	28	21	16	33	1.95
19123499--19123630	45	3.0	45	76	4	151	26	21	20	31	1.98
19123787--19124297	45	10.8	44	68	13	223	28	21	19	30	1.97
19123460--19124298	429	2.0	427	85	4	1163	28	21	18	30	1.97
19123460--19124300	143	5.9	143	85	2	1032	28	21	18	30	1.97
19128747--19128791	15	3.0	15	83	0	63	11	11	15	62	1.55
19133013--19133115	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
19139787--19139957	47	3.6	46	84	3	180	28	15	25	29	1.96
19139708--19139958	95	2.6	97	75	10	246	27	15	25	30	1.96
19139880--19140042	42	3.7	43	82	9	170	30	14	26	28	1.95
19145853--19146055	39	5.2	39	90	0	271	23	31	21	24	1.98
19145883--19146055	39	4.4	39	94	0	283	23	31	20	24	1.98
19148672--19148737	32	2.1	32	83	11	82	69	1	9	19	1.23
19148992--19149025	15	2.3	15	94	0	59	61	2	5	29	1.34
19150149--19150199	20	2.7	18	82	14	59	43	0	19	37	1.51
19150918--19151004	43	2.0	44	86	2	122	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153012--19153064	22	2.5	22	82	8	67	11	30	37	20	1.88
19154720--19154757	14	2.7	14	91	0	58	44	2	10	42	1.52
19154749--19154786	19	2.0	19	94	0	67	34	10	7	47	1.67
19157593--19157638	15	3.2	15	71	22	53	28	2	41	28	1.68
19163986--19164055	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
19164295--19164343	12	4.2	12	86	2	73	75	0	24	0	0.80
19164285--19164340	24	2.3	24	90	6	87	69	1	28	0	0.98
19164295--19164345	6	8.3	6	84	2	66	76	0	23	0	0.79
19165325--19165424	45	2.2	45	91	5	159	21	20	20	39	1.93
19171766--19171835	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
19173098--19173198	45	2.2	45	92	3	168	20	20	19	38	1.93
19173182--19173216	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
19174259--19174323	28	2.3	27	76	10	67	49	10	0	40	1.38
19174289--19174319	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
19188368--19188396	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
19190600--19190664	24	2.7	25	83	7	80	16	27	23	32	1.96
19190771--19190806	15	2.5	15	90	4	56	11	27	16	44	1.82
19191027--19191072	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
19195614--19195807	48	4.0	48	97	0	361	35	6	28	30	1.82
19195951--19196056	37	2.9	37	94	2	178	24	16	32	26	1.97
19199334--19199511	40	4.6	39	88	3	218	21	30	23	23	1.99
19199365--19199524	37	4.2	39	87	5	218	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19199366--19199516	75	2.0	77	89	3	234	23	31	21	23	1.99
19207255--19207433	39	4.8	37	84	8	168	23	31	21	22	1.98
19207290--19207435	36	3.9	37	92	6	233	23	32	21	23	1.98
19207290--19207446	75	2.1	76	92	3	264	24	32	20	22	1.98
19211230--19211278	23	2.3	22	83	13	59	67	0	0	32	0.91
19211544--19211593	24	2.0	25	84	3	66	46	0	0	54	1.00
19211552--19211607	24	2.2	27	84	9	73	42	0	0	57	0.99
19211563--19211634	38	1.9	37	82	2	90	41	2	0	55	1.14
19216036--19216072	6	6.3	6	82	17	51	62	0	0	37	0.96
19216716--19216741	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
19223320--19223362	21	2.0	21	90	0	68	18	18	39	23	1.92
19223808--19223848	16	2.4	17	88	12	66	31	12	0	56	1.36
19223857--19223907	23	2.3	22	86	6	75	13	15	1	68	1.30
19231045--19231074	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
19231099--19231130	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
19237419--19237520	6	16.0	6	85	9	116	18	1	0	79	0.83
19237417--19237520	29	3.7	29	76	14	110	18	1	0	79	0.82
19239116--19239163	20	2.5	20	89	3	71	29	4	2	64	1.23
19247781--19247820	21	1.9	21	85	10	55	55	5	15	25	1.60
19248720--19248969	41	6.1	41	76	2	198	37	14	24	24	1.93
19251836--19252019	68	2.7	68	88	1	253	32	13	11	42	1.81
19251857--19252012	34	4.6	34	72	15	117	32	13	11	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19253055--19253103	24	2.0	24	92	0	80	42	4	10	42	1.57
19254955--19255138	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
19258075--19258206	29	4.6	29	81	2	133	30	30	12	27	1.92
19258073--19258206	57	2.3	58	80	2	137	29	29	13	26	1.94
19259657--19259682	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
19264782--19264811	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
19265045--19265105	29	2.1	30	84	6	81	62	6	9	21	1.49
19265234--19265282	13	3.7	13	81	10	55	22	0	4	73	1.00
19265320--19265353	6	5.7	6	89	0	50	85	0	2	11	0.71
19265329--19265370	18	2.4	19	80	15	54	76	0	7	16	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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