genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25351549--25351633	27	3.1	27	76	3	82	42	18	17	21	1.89
25353414--25353466	12	4.4	12	76	9	54	32	35	1	30	1.69
25355903--25355964	30	2.1	30	87	6	90	38	48	9	3	1.52
25355898--25355969	30	2.6	27	73	16	65	37	45	9	6	1.64
25363279--25363429	74	2.0	74	85	2	205	46	16	9	27	1.79
25365447--25365503	28	2.0	28	100	0	114	49	10	17	22	1.77
25367407--25367523	59	2.0	59	93	0	198	41	14	24	19	1.89
25369111--25369144	16	2.1	16	94	0	59	32	5	14	47	1.69
25370036--25370084	20	2.5	20	89	0	71	38	0	4	57	1.18
25370048--25370095	20	2.3	21	79	13	55	45	0	4	50	1.21
25370180--25370224	9	5.4	9	80	20	62	40	0	0	60	0.97
25370180--25370224	17	2.8	17	93	6	76	40	0	0	60	0.97
25371521--25371550	15	2.0	15	93	0	51	50	6	0	43	1.28
25375908--25375985	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
25375907--25376480	47	12.1	47	92	1	878	32	11	29	26	1.92
25376193--25376271	25	3.3	25	65	22	69	35	7	26	30	1.84
25375907--25376480	239	2.4	236	91	2	936	32	11	29	26	1.92
25375907--25376454	286	1.9	286	93	0	952	32	11	29	26	1.92
25385658--25385691	6	5.7	6	85	0	50	17	0	2	79	0.86
25397149--25397251	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
25405151--25405253	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
25409324--25409581	40	6.6	40	91	4	393	22	27	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25409324--25409581	78	3.3	79	90	3	396	22	27	23	26	1.99
25409324--25409581	118	2.2	118	87	6	387	22	27	23	26	1.99
25417456--25417676	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
25425317--25425577	40	6.6	40	79	10	252	23	25	23	27	2.00
25425350--25425577	80	2.9	79	85	4	307	24	25	22	27	2.00
25425343--25425571	120	1.9	119	86	2	325	24	26	22	26	2.00
25427833--25427896	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
25428088--25428181	24	3.9	24	88	5	129	27	24	21	26	1.99
25428233--25428292	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
25428233--25428287	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
25428335--25428382	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25434879--25434939	32	1.9	32	93	6	106	27	16	24	31	1.96
25437667--25437714	23	2.1	23	96	0	87	47	4	2	45	1.33
25439700--25439775	37	2.1	37	100	0	152	36	26	15	21	1.93
25447373--25447414	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
25453693--25454015	48	6.7	47	78	9	232	23	30	20	25	1.98
25453692--25454024	96	3.5	96	76	10	329	24	30	20	25	1.98
25453696--25454025	144	2.3	144	84	4	407	24	30	19	25	1.98
25460624--25460654	13	2.4	13	94	0	53	25	48	16	9	1.76
25461427--25461661	96	2.4	96	85	5	298	25	30	17	25	1.97
25461424--25461662	48	5.0	48	78	9	256	25	30	17	25	1.98
25467355--25467380	12	2.2	12	100	0	52	30	26	42	0	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25472170--25472238	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
25474041--25474105	33	2.0	33	100	0	130	27	12	12	47	1.77
25476733--25476799	34	2.0	34	93	0	116	29	2	22	44	1.67
25477293--25477318	12	2.2	12	100	0	52	23	15	15	46	1.83
25481583--25481631	21	2.3	21	92	0	80	22	24	20	32	1.98
25488343--25488445	29	3.6	29	85	2	127	26	27	15	31	1.96
25491078--25491261	68	2.7	68	89	5	241	34	14	27	23	1.94
25491138--25491335	68	2.9	67	83	8	174	33	16	29	21	1.95
25496039--25496146	43	2.6	43	79	5	105	24	15	29	30	1.96
25496836--25496887	20	2.6	20	84	0	68	25	34	26	13	1.93
25499224--25499871	323	2.0	323	100	0	1296	28	17	21	32	1.97
25503607--25503676	27	2.5	28	90	2	106	30	14	27	28	1.95
25503607--25503688	27	3.0	28	83	5	96	30	15	24	29	1.96
25511584--25511653	27	2.5	28	90	2	106	30	14	27	28	1.95
25511584--25511665	27	3.0	28	83	5	96	30	15	24	29	1.96
25514017--25514188	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	20	1.98
25514009--25514184	46	3.8	46	80	11	216	29	28	20	21	1.98
25514060--25514203	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
25527165--25527298	43	2.9	46	76	8	130	23	18	29	27	1.98
25538088--25538285	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
25538154--25538271	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
25538122--25538285	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25545187--25545384	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
25545253--25545370	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
25545221--25545384	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
25547024--25547560	179	3.0	178	90	2	824	34	18	8	38	1.81
25548118--25548562	50	8.8	50	78	6	382	30	24	18	26	1.98
25548121--25548506	151	2.6	151	87	2	551	29	24	18	26	1.98
25548121--25548506	101	3.8	100	78	5	321	29	24	18	26	1.98
25549014--25549101	43	2.0	43	97	0	167	40	26	5	27	1.78
25550878--25550910	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
25554796--25554841	24	1.9	24	82	8	58	41	4	30	23	1.74
25562111--25562142	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
25562353--25562730	50	7.5	50	75	8	354	31	25	17	26	1.97
25562345--25562737	151	2.6	150	90	3	617	30	24	17	26	1.97
25562352--25562735	101	3.8	100	74	11	275	31	25	17	26	1.97
25567853--25567998	72	2.0	72	81	7	172	32	28	16	23	1.96
25567887--25568053	72	2.3	73	76	10	171	32	29	16	21	1.95
25571318--25571409	43	2.2	42	94	2	157	38	25	13	23	1.91
25571318--25571387	22	3.2	22	70	11	72	40	25	11	22	1.88
25574448--25574578	58	2.3	58	89	2	192	26	15	32	25	1.95
25574448--25574549	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
25581463--25581500	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
25581901--25581983	43	2.0	42	87	2	121	37	20	13	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25586766--25586950	40	4.7	40	88	4	218	25	27	21	25	1.99
25593077--25593169	14	6.6	14	68	18	59	60	0	7	32	1.25
25593136--25593168	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
25593318--25593364	21	2.4	18	80	13	58	65	4	2	27	1.22
25601187--25601811	254	2.4	257	87	3	889	32	24	15	28	1.95
25601185--25601811	87	7.2	87	88	3	874	32	24	15	28	1.95
25601778--25602149	170	2.1	175	85	3	522	27	19	18	34	1.95
25603057--25603132	7	11.0	7	77	17	79	1	15	0	82	0.73
25603060--25603132	21	3.7	20	83	10	96	1	15	0	83	0.71
25603073--25603129	20	2.9	19	78	12	62	1	15	0	82	0.75
25609705--25609765	16	3.6	17	78	20	65	59	0	4	36	1.19
25609714--25609752	20	2.0	20	90	10	62	58	0	5	35	1.20
25609738--25609767	14	2.1	14	93	0	51	60	0	3	36	1.14
25613729--25613845	43	2.8	42	80	5	137	30	15	24	29	1.96
25614030--25614105	35	2.1	35	97	2	143	36	9	14	39	1.78
25626316--25626464	39	3.8	39	92	1	237	24	21	30	22	1.99
25626316--25626494	78	2.3	78	84	4	218	24	22	30	22	1.99
25631260--25631315	26	2.2	26	93	0	94	30	12	12	44	1.79
25631485--25631509	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
25638362--25638389	10	2.8	10	100	0	56	42	14	10	32	1.80
25639459--25639490	15	2.1	15	100	0	64	34	6	21	37	1.79
25642015--25642082	24	2.8	24	93	0	109	22	19	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25645520--25645595	37	2.1	37	82	9	93	27	7	22	42	1.81
25647317--25647367	3	17.3	3	79	4	50	64	0	35	0	0.94
25648147--25648204	31	1.9	30	86	10	82	27	10	13	48	1.75
25650942--25651010	29	2.4	29	79	13	72	49	4	5	40	1.47
25654643--25654764	50	2.5	48	82	5	140	27	22	13	36	1.91
25656390--25656437	13	3.6	13	80	2	51	64	2	2	31	1.16
25656389--25656435	14	3.4	14	76	5	51	65	2	2	29	1.15
25656475--25656545	31	2.3	31	82	7	81	39	1	29	29	1.66
25657393--25657426	10	3.5	10	88	4	52	58	8	0	32	1.29
25662578--25662625	24	1.9	24	87	8	69	33	2	4	60	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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