genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  125  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37206942--37206977	18	2.0	18	88	0	54	41	11	16	30	1.83
37209915--37210084	93	1.8	93	93	0	295	28	28	21	21	1.98
37209906--37210081	46	3.8	46	76	12	189	30	28	20	20	1.98
37209915--37210100	46	4.0	44	71	16	128	29	29	20	21	1.98
37210503--37210560	30	1.9	31	89	3	91	24	22	8	44	1.80
37226060--37226161	51	2.0	50	81	7	118	36	29	11	22	1.90
37226124--37226242	43	2.8	43	83	3	134	26	31	18	22	1.97
37236203--37236383	40	4.6	40	76	10	149	24	24	27	23	2.00
37236203--37236383	78	2.3	79	80	8	190	24	24	27	23	2.00
37243322--37243414	47	2.0	47	97	0	177	62	17	3	17	1.46
37243513--37243557	23	2.0	23	86	0	63	35	11	6	46	1.66
37247780--37247804	12	2.1	12	100	0	50	40	16	24	20	1.91
37247848--37247892	22	2.0	22	100	0	90	33	13	8	44	1.75
37251557--37251594	17	2.2	17	90	0	58	36	0	2	60	1.11
37257516--37257720	40	5.2	40	91	1	297	29	27	20	23	1.99
37264106--37264210	32	3.4	33	74	20	127	24	27	21	25	2.00
37264085--37264237	60	2.5	60	95	0	270	27	26	18	26	1.98
37264085--37264274	60	3.2	59	90	4	240	27	25	18	28	1.98
37264346--37264387	22	1.9	22	85	0	57	16	50	7	26	1.71
37265537--37265577	19	2.2	19	86	8	57	53	0	43	2	1.13
37266740--37266769	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
37266941--37267003	31	2.0	31	100	0	126	26	28	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37270096--37270165	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
37270179--37270280	42	2.4	42	98	0	195	21	34	14	29	1.93
37274954--37275121	40	4.2	40	79	12	166	23	22	27	26	1.99
37274954--37275121	80	2.1	79	85	4	221	23	22	27	26	1.99
37281327--37281396	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
37282687--37282732	23	2.0	23	82	0	56	10	17	0	71	1.13
37288962--37288996	17	2.0	18	88	5	54	14	22	45	17	1.84
37298044--37298148	53	2.0	53	100	0	210	38	20	18	22	1.94
37299203--37299232	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
37311916--37311962	20	2.3	20	100	0	94	21	27	34	17	1.95
37312820--37312853	12	2.8	12	83	16	52	38	0	8	52	1.33
37312878--37312907	15	1.9	16	93	6	53	73	6	20	0	1.05
37313827--37313925	18	5.6	18	75	10	78	37	15	13	34	1.86
37313798--37313896	36	2.8	36	81	4	103	39	16	13	31	1.86
37318767--37318852	45	1.9	45	85	0	118	17	24	18	39	1.92
37318770--37318874	45	2.3	45	80	3	111	17	22	20	40	1.92
37318862--37318896	6	5.8	6	89	0	52	17	22	17	42	1.88
37319025--37319102	18	4.3	18	77	6	68	35	12	16	34	1.87
37327597--37327640	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
37329311--37329340	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
37339092--37339235	40	3.6	40	85	6	193	22	25	25	25	2.00
37347279--37347432	79	2.0	78	85	3	211	25	32	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37347279--37347432	39	3.9	40	90	1	215	25	32	20	22	1.98
37355343--37355502	39	4.1	39	90	0	203	25	32	20	21	1.97
37355379--37355502	39	3.2	39	95	1	212	25	33	19	21	1.97
37358455--37358616	39	4.2	39	95	2	281	25	33	19	22	1.97
37358455--37358616	77	2.1	79	94	2	283	25	33	19	22	1.97
37360036--37360389	177	2.0	177	92	0	591	34	21	12	31	1.90
37368741--37368810	28	2.5	28	85	2	86	25	14	27	32	1.94
37372773--37372966	40	4.9	39	86	1	244	24	30	20	24	1.98
37375354--37375470	43	2.8	42	75	7	128	29	15	26	29	1.96
37384779--37384996	47	4.7	46	76	8	176	27	19	28	23	1.98
37385895--37386009	55	2.1	54	80	7	126	20	17	32	29	1.96
37388024--37388203	47	3.9	44	78	10	171	26	16	30	26	1.97
37402759--37402814	29	1.9	29	82	7	69	39	10	5	44	1.62
37410031--37410204	46	3.8	46	76	13	185	22	20	26	29	1.99
37410028--37410198	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
37419829--37420012	40	4.6	39	75	8	156	24	26	24	24	2.00
37425121--37425344	40	5.6	40	84	2	281	22	27	24	25	2.00
37425085--37425344	80	3.3	80	83	4	303	23	26	24	25	2.00
37433311--37433535	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
37433275--37433535	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
37439227--37439287	27	2.3	27	88	5	97	31	14	24	29	1.95
37446849--37446955	42	2.5	42	92	0	178	28	14	33	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37446964--37447033	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
37454846--37454914	26	2.5	28	93	4	115	27	14	27	30	1.95
37458997--37459162	40	4.2	39	84	8	185	26	28	21	23	1.99
37458997--37459162	78	2.1	80	84	6	214	26	28	21	23	1.99
37461386--37461413	11	2.5	11	100	0	56	57	14	28	0	1.38
37464843--37464918	28	2.7	29	87	6	111	28	22	11	36	1.90
37464981--37465006	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
37466324--37466541	40	5.5	40	91	1	289	28	27	21	22	1.99
37470555--37470657	29	3.6	28	86	5	127	27	27	16	29	1.97
37476072--37476218	43	3.1	43	69	23	132	34	18	8	39	1.80
37478547--37478662	50	2.4	47	84	5	144	30	20	13	35	1.92
37483795--37483893	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
37491586--37491684	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
37494091--37494395	40	7.6	40	90	2	452	22	23	26	27	2.00
37494091--37494429	120	2.8	119	87	3	450	24	23	26	26	2.00
37502283--37502620	40	8.5	40	88	2	461	23	22	27	26	2.00
37507998--37508146	51	3.1	50	71	15	143	32	28	16	22	1.95
37513646--37513695	23	2.2	23	85	7	66	32	30	10	28	1.89
37516922--37517097	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
37516918--37517089	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
37520011--37520079	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
37520002--37520089	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37522474--37522649	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
37522470--37522641	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
37524336--37524421	43	2.0	43	88	0	127	29	29	19	22	1.98
37528785--37528878	29	3.2	29	98	0	179	26	27	15	29	1.96
37528748--37528878	58	2.3	58	86	2	174	25	32	16	25	1.96
37535949--37535979	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
37536070--37536142	29	2.5	29	90	0	92	26	30	16	27	1.97
37544004--37544131	45	2.9	45	83	2	152	26	28	20	24	1.99
37549517--37549622	51	2.1	51	100	0	212	28	19	16	34	1.94
37552392--37552421	14	2.1	14	93	0	51	63	20	3	13	1.43
37555534--37555679	45	3.2	45	61	16	109	28	6	21	44	1.76
37555539--37555726	93	2.0	93	100	0	376	27	5	22	45	1.74
37557646--37557704	29	2.1	27	81	15	66	47	3	16	32	1.64
37560262--37560292	12	2.6	12	94	0	53	54	3	0	41	1.16
37566539--37566646	34	3.2	34	77	13	107	25	21	23	29	1.99
37569180--37569307	40	3.2	39	84	5	150	24	22	28	25	2.00
37576376--37576503	40	3.2	39	84	5	150	24	21	28	25	1.99
37589794--37589833	20	2.0	20	100	0	80	35	0	10	55	1.34
37590447--37590491	21	2.1	21	100	0	90	28	13	17	40	1.88
37595721--37595780	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
37602983--37603042	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
37625845--37625944	27	3.6	28	78	6	105	32	23	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37626050--37626114	28	2.3	28	86	0	85	30	9	27	32	1.88
37627178--37627210	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
37634102--37634206	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
37634161--37634231	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
37646560--37646687	66	1.9	65	85	6	177	32	17	29	20	1.96
37653658--37653817	56	2.9	56	90	0	223	29	16	22	31	1.96
37674002--37674165	39	4.2	39	88	2	238	23	18	31	25	1.98
37674013--37674184	79	2.2	79	88	2	247	25	19	30	25	1.98
37674002--37674195	40	4.9	39	86	1	226	24	19	31	25	1.98
37681977--37682170	40	4.9	39	86	1	244	24	20	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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