genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  110  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32382306--32382374	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
32394282--32394489	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
32394283--32394489	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
32397886--32397921	7	5.1	7	100	0	72	13	0	41	44	1.44
32400222--32400420	40	5.0	40	87	4	271	24	23	28	24	2.00
32404597--32404628	16	2.0	16	93	0	55	53	18	0	28	1.45
32416261--32416469	46	4.5	47	75	12	166	29	19	27	23	1.98
32417678--32417718	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
32423934--32424131	40	4.9	40	87	3	240	28	20	25	25	1.99
32423934--32424159	40	5.7	40	85	6	198	27	20	25	26	1.99
32424067--32424178	40	2.8	40	85	5	111	25	21	27	25	1.99
32423934--32424166	80	2.9	80	80	9	226	28	20	25	25	1.99
32431660--32431858	39	5.1	39	87	0	209	24	31	21	23	1.98
32431665--32431847	78	2.3	79	86	1	242	22	30	22	24	1.99
32431696--32431858	39	4.2	39	90	0	236	24	31	20	23	1.98
32438088--32438163	38	2.0	38	97	0	143	34	22	19	23	1.97
32444359--32444462	29	3.6	29	84	2	138	26	25	17	29	1.97
32447139--32447361	49	4.7	49	74	8	131	24	30	19	25	1.98
32458058--32458095	12	2.9	13	80	11	51	47	2	15	34	1.60
32458194--32458246	27	2.1	26	86	10	74	64	0	7	28	1.21
32458338--32458363	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
32458307--32458397	47	2.0	45	82	4	110	61	1	2	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32458323--32458390	30	2.3	30	84	5	84	61	0	2	35	1.11
32461337--32461553	88	2.5	88	83	3	276	26	27	14	31	1.95
32461363--32461553	44	4.3	44	87	1	267	28	27	14	30	1.95
32461594--32462145	89	6.2	89	77	8	466	27	22	19	31	1.97
32461822--32461905	44	1.9	44	97	0	159	29	27	14	28	1.95
32461717--32462275	178	3.2	177	71	12	541	28	23	17	30	1.97
32461457--32462278	354	2.3	354	90	1	1274	28	23	17	31	1.97
32462153--32462259	44	2.4	44	82	0	124	32	22	14	30	1.93
32465005--32465045	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
32465079--32465210	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
32465078--32465210	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
32472773--32472797	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
32472831--32472962	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
32472830--32472962	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
32485535--32485572	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
32485785--32485871	41	2.1	42	82	6	106	64	1	1	33	1.09
32488691--32488835	40	3.6	40	82	8	177	23	25	26	24	2.00
32490813--32490984	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
32490805--32490980	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
32501141--32501180	21	1.9	21	84	0	53	42	2	17	37	1.63
32506710--32506922	81	2.6	81	85	4	252	29	19	16	34	1.94
32506710--32506922	27	7.9	27	78	7	211	29	19	16	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32506709--32506935	54	4.2	53	81	6	235	28	18	17	35	1.93
32506915--32507024	27	4.1	27	76	4	82	30	8	21	39	1.83
32510422--32510490	26	2.6	26	79	2	66	43	21	18	15	1.88
32510459--32510546	27	3.3	27	81	0	86	38	22	19	19	1.93
32510687--32510857	27	6.3	26	77	6	128	27	19	17	35	1.94
32510717--32510857	54	2.6	53	82	6	149	26	19	18	35	1.95
32510852--32510919	27	2.6	26	86	4	100	33	10	19	36	1.85
32517963--32517997	14	2.5	14	90	0	52	45	5	14	34	1.68
32524450--32524488	18	2.2	18	100	0	78	15	17	10	56	1.66
32526526--32526693	43	3.9	43	75	11	155	33	23	14	27	1.94
32533640--32533843	42	4.8	42	78	4	187	32	17	24	25	1.96
32533640--32533850	84	2.5	84	80	2	226	32	16	24	26	1.96
32534983--32535034	20	2.6	20	90	0	86	21	34	30	13	1.92
32537402--32537465	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
32537671--32537799	24	5.4	24	91	2	161	28	21	20	28	1.98
32537671--32537781	47	2.3	48	87	4	152	29	22	18	28	1.98
32537656--32537799	71	2.0	72	83	4	184	28	21	21	28	1.99
32537850--32537909	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
32537850--32537904	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
32537952--32537999	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
32544850--32545066	47	4.6	48	83	10	206	22	17	29	30	1.97
32544848--32545018	47	3.7	47	89	8	244	22	18	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32569996--32570167	47	3.7	47	76	11	156	25	29	18	26	1.98
32570098--32570212	46	2.5	44	81	6	124	26	30	17	26	1.97
32575134--32575236	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
32583248--32583350	29	3.6	28	85	5	127	29	26	16	28	1.97
32588456--32588581	46	2.8	45	83	2	153	30	18	27	23	1.97
32588643--32588768	49	2.6	49	88	1	171	27	17	28	26	1.98
32593207--32593239	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
32593726--32593879	41	3.6	42	85	6	161	22	28	21	27	1.99
32593766--32593938	45	3.9	45	87	5	230	24	28	23	23	1.99
32602250--32602528	30	9.4	30	73	7	115	37	12	26	22	1.90
32602278--32602346	29	2.4	28	78	9	75	42	10	27	20	1.84
32602428--32602498	29	2.4	30	90	2	108	40	14	29	15	1.86
32602250--32602528	149	1.9	149	87	0	414	37	12	26	22	1.90
32606923--32607224	39	7.7	40	88	4	404	23	21	27	26	1.99
32611440--32611484	23	1.9	23	82	13	56	62	4	6	26	1.39
32612686--32612710	9	2.8	9	100	0	50	36	20	0	44	1.52
32616465--32616540	29	2.6	29	87	8	102	30	14	26	28	1.95
32624447--32624522	29	2.6	29	87	8	102	30	14	26	28	1.95
32632385--32632442	26	2.2	26	84	6	73	60	0	1	37	1.07
32632823--32632934	29	3.8	29	80	12	122	34	2	0	61	1.16
32632865--32632946	29	2.8	29	81	7	103	39	2	0	58	1.11
32632824--32632946	58	2.1	60	80	8	137	35	3	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32633532--32633556	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
32635053--32635097	23	1.9	24	86	4	65	46	22	8	22	1.79
32637293--32637469	40	4.4	40	82	4	216	25	27	22	23	2.00
32637293--32637469	80	2.2	79	87	5	241	25	27	22	23	2.00
32638495--32638557	31	2.0	31	100	0	126	41	22	3	33	1.70
32643642--32643809	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
32643658--32643807	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
32648525--32648701	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
32653527--32653636	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
32653527--32653676	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
32656131--32656226	30	3.2	30	71	20	92	36	9	17	36	1.82
32655838--32656465	331	1.9	331	91	0	1031	36	19	13	30	1.90
32666611--32666659	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
32669793--32669840	25	1.9	25	87	8	71	45	10	4	39	1.58
32670321--32670409	44	2.0	44	100	0	178	41	11	20	26	1.86
32675584--32675639	29	1.9	29	100	0	112	28	7	10	53	1.62
32676248--32676309	33	1.9	32	87	9	90	38	4	1	54	1.31
32677505--32677548	22	2.0	22	95	0	79	43	18	20	18	1.89
32681505--32681604	49	2.0	49	98	0	191	31	14	17	38	1.89
32683579--32683609	12	2.5	13	94	5	55	16	6	0	77	0.97
32684146--32684194	19	2.7	17	81	9	53	59	0	2	38	1.09
32688181--32688445	40	6.7	40	84	7	299	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32688180--32688401	120	1.9	120	89	0	345	24	22	27	25	2.00
32690879--32690989	27	4.2	26	88	5	150	38	22	23	15	1.92
32692395--32692494	24	4.2	24	94	0	155	25	40	2	33	1.67
32696743--32696815	31	2.4	31	83	0	83	31	17	8	42	1.79
32701737--32701912	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
32701734--32701905	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
32709297--32709472	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
32709294--32709465	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
32722921--32723104	40	4.7	40	78	10	182	25	21	26	26	2.00
32726133--32726257	62	2.0	62	96	0	232	23	16	27	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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