genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104524--2104662	72	1.9	72	82	5	174	40	12	22	25	1.88
2110428--2110520	18	5.2	18	88	0	132	32	15	23	29	1.95
2111597--2111622	7	3.7	7	100	0	52	53	15	0	30	1.42
2125831--2125873	20	2.0	22	86	8	63	39	6	2	51	1.42
2130251--2130391	72	2.0	72	90	5	223	40	12	19	27	1.87
2152586--2152733	72	2.1	72	86	10	205	39	13	20	26	1.89
2156345--2156409	23	3.0	22	72	18	64	55	7	4	32	1.49
2156804--2156862	18	3.2	18	78	9	57	59	1	8	30	1.37
2158503--2158669	45	3.8	45	77	10	182	20	20	23	35	1.96
2158512--2158667	43	3.6	43	79	11	147	20	20	23	35	1.96
2158737--2158906	44	3.8	45	73	11	163	21	22	22	32	1.98
2158515--2158940	223	1.9	222	83	3	552	21	22	23	33	1.97
2159080--2159564	44	10.8	44	72	10	307	27	22	18	31	1.98
2158899--2159529	182	3.5	182	90	2	941	27	22	18	31	1.97
2159313--2159390	41	1.9	41	89	0	120	24	20	21	33	1.97
2159667--2160128	43	10.7	44	73	7	320	20	21	21	35	1.96
2159668--2160128	173	2.7	172	78	7	495	20	21	21	35	1.96
2159712--2160130	87	4.8	87	84	2	497	20	21	22	35	1.96
2159618--2160121	130	3.9	129	72	9	448	20	22	21	35	1.96
2161512--2161541	15	1.9	16	93	6	53	0	20	0	80	0.72
2161439--2161590	77	2.0	76	89	3	234	5	21	12	59	1.54
2161449--2161606	77	2.0	78	81	1	183	8	20	14	56	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162093--2162117	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2170360--2170401	22	1.9	22	85	9	59	57	2	4	35	1.33
2170484--2170512	13	2.2	13	100	0	58	37	6	13	41	1.72
2170746--2170776	13	2.4	13	94	0	53	51	9	0	38	1.35
2184389--2184422	14	2.3	15	90	5	52	29	5	0	64	1.17
2184339--2184469	44	3.0	44	77	15	119	25	7	1	64	1.29
2184432--2184476	12	3.5	12	77	16	54	22	8	0	68	1.16
2184415--2184460	15	2.9	15	90	6	65	23	8	0	67	1.18
2184724--2184767	22	2.0	22	81	0	52	38	2	2	56	1.24
2190443--2190494	18	2.8	18	91	5	77	44	7	0	48	1.31
2200351--2200404	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
2202438--2202506	31	2.2	31	86	0	93	43	8	10	37	1.69
2205181--2205339	72	2.2	72	90	6	243	37	15	18	28	1.91
2206718--2206755	20	1.9	20	84	10	51	44	7	0	47	1.32
2207545--2207595	16	3.2	16	78	8	50	72	1	1	23	1.05
2210780--2210941	26	6.2	26	90	0	243	35	5	22	36	1.78
2210780--2210941	52	3.1	51	93	3	270	35	5	22	36	1.78
2216874--2217077	3	67.3	3	67	14	64	31	5	2	60	1.34
2217345--2217445	3	34.0	3	70	13	57	33	8	1	55	1.42
2217408--2217448	14	2.9	15	89	7	59	31	4	2	60	1.30
2217515--2217577	26	2.8	22	73	19	58	26	11	0	61	1.29
2219245--2219359	44	2.6	44	83	2	140	35	13	22	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219245--2219378	46	3.0	45	80	4	135	35	13	23	27	1.93
2221966--2222124	72	2.2	72	88	4	232	38	14	18	28	1.90
2224531--2224561	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2224683--2224729	6	7.5	6	77	17	51	21	0	2	76	0.89
2224679--2224728	20	2.7	19	80	17	52	22	0	2	76	0.89
2228456--2228535	39	2.1	39	88	4	117	33	22	13	30	1.93
2230930--2230978	24	2.0	24	100	0	98	46	16	8	28	1.75
2235416--2235468	7	7.6	7	82	0	61	47	1	5	45	1.37
2235479--2235521	14	3.1	14	89	0	68	37	6	16	39	1.75
2243904--2243953	8	6.6	8	78	19	54	66	0	2	32	1.03
2243906--2243948	22	2.0	22	90	4	70	72	0	2	25	0.97
2260874--2260914	18	2.3	18	100	0	82	17	4	0	78	0.93
2260882--2260921	18	2.2	18	90	0	62	22	5	0	72	1.04
2261316--2261376	31	2.0	31	93	0	104	54	1	14	29	1.50
2261412--2261444	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2262108--2262172	33	1.9	35	84	6	89	56	1	4	36	1.29
2262161--2262208	8	6.0	8	78	7	53	58	4	0	37	1.18
2263162--2263267	51	2.0	53	87	7	153	37	13	6	42	1.70
2263818--2263855	19	2.1	19	90	5	60	55	2	0	42	1.14
2264138--2264200	26	2.4	26	94	0	117	26	23	12	36	1.91
2264128--2264203	26	2.6	31	76	23	101	25	23	11	39	1.89
2264894--2264994	53	1.9	53	93	0	175	43	23	4	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267298--2267358	22	2.7	23	80	12	63	37	8	1	52	1.41
2274645--2274671	13	2.1	13	100	0	54	22	18	7	51	1.70
2275909--2275950	20	2.1	20	86	0	57	64	0	14	21	1.29
2276116--2276152	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
2289184--2289400	120	1.8	119	80	4	260	41	20	14	23	1.89
2293389--2293467	39	2.0	39	100	0	158	37	13	17	30	1.89
2297088--2297130	21	2.0	22	82	13	54	37	11	6	44	1.68
2298368--2298409	22	1.9	22	85	0	57	28	2	16	52	1.56
2299435--2299498	31	2.1	31	97	2	121	50	0	21	28	1.49
2299522--2299569	24	2.0	24	83	0	60	37	0	2	60	1.09
2304992--2305051	26	2.3	26	80	5	68	38	1	5	55	1.32
2311516--2311547	16	2.1	15	94	5	55	50	15	21	12	1.77
2311609--2311644	6	6.0	6	100	0	72	16	0	33	50	1.46
2312802--2312834	15	2.2	15	94	0	57	48	6	6	39	1.53
2316664--2316710	18	2.5	19	80	10	53	55	2	2	40	1.24
2317734--2317771	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2319612--2319672	31	2.0	31	83	0	77	45	13	8	32	1.72
2331520--2331563	22	2.0	22	86	13	63	59	0	2	38	1.10
2335730--2335796	32	2.1	32	81	10	75	53	14	2	28	1.56
2338760--2338897	59	2.3	61	81	8	169	36	12	10	40	1.77
2341084--2341130	24	2.0	22	84	12	58	51	0	2	46	1.13
2345595--2345626	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350454--2350529	3	26.0	3	72	15	61	38	1	1	59	1.14
2350454--2350529	17	4.2	19	67	14	61	38	1	1	59	1.14
2350451--2350526	23	3.4	23	77	18	72	38	1	1	59	1.14
2350807--2350858	13	3.9	13	87	9	70	73	1	9	15	1.18
2351184--2351264	40	2.0	40	82	0	99	35	8	16	39	1.79
2351477--2351575	45	2.2	45	90	3	155	21	21	19	38	1.94
2367182--2367281	50	2.0	50	100	0	200	36	10	18	36	1.84
2373488--2373515	14	2.0	14	100	0	56	92	7	0	0	0.37
2376190--2376251	32	1.9	33	90	3	99	35	16	17	30	1.92
2379331--2379419	38	2.3	38	84	5	106	39	1	6	52	1.35
2380049--2380086	19	2.0	19	85	10	51	63	2	0	34	1.09
2380613--2380645	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2380663--2380701	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2383113--2383142	15	2.0	15	100	0	60	40	6	20	33	1.78
2385831--2385969	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
2392406--2392546	71	2.0	71	97	0	264	32	19	14	33	1.92
2392865--2392970	53	2.0	53	96	0	194	42	17	17	21	1.89
2398726--2398797	36	2.0	36	100	0	144	33	19	13	33	1.91
2400246--2400285	20	2.0	20	85	9	55	70	5	10	15	1.32
2401636--2401677	5	9.0	5	85	15	63	38	0	0	61	0.96
2403952--2403986	17	2.1	17	100	0	70	40	20	22	17	1.92
2411477--2411547	28	2.5	28	88	0	97	50	8	2	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411477--2411547	14	5.1	14	70	13	56	50	8	2	38	1.47
2414161--2414192	15	2.1	16	94	5	57	0	12	0	87	0.54
2415055--2415115	11	5.2	11	75	16	52	34	3	6	55	1.42
2416662--2416724	3	20.7	3	93	3	108	33	0	3	63	1.10
2417389--2417417	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2418753--2418783	15	2.0	16	93	6	55	25	6	6	61	1.45
2418777--2418852	27	2.8	27	76	13	75	31	7	9	51	1.63
2419547--2419586	20	2.0	20	85	5	53	82	2	10	5	0.91
2420518--2420556	2	19.5	2	89	10	62	46	0	2	51	1.14
2433303--2433436	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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