genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77780766--77780910	70	2.1	70	97	0	272	30	11	31	26	1.92
77780741--77780957	117	1.9	117	97	0	407	29	12	31	25	1.93
77780836--77781073	47	5.1	47	95	0	395	31	11	30	26	1.91
77780667--77780997	164	2.0	166	89	2	513	31	11	30	26	1.92
77781047--77781183	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
77781368--77781515	37	4.0	37	94	0	242	22	18	31	27	1.97
77784911--77784950	19	2.0	21	90	9	66	17	2	0	80	0.83
77784911--77784955	11	4.3	11	78	18	51	17	2	0	80	0.82
77784906--77784955	6	8.0	6	80	6	55	20	2	0	78	0.86
77792073--77792340	46	5.7	46	79	10	228	25	19	30	25	1.98
77792075--77792340	48	5.7	47	79	12	221	25	18	30	25	1.98
77792070--77792340	95	2.9	93	79	12	279	24	18	30	25	1.98
77793031--77793197	46	3.6	48	82	12	181	26	17	30	25	1.97
77802679--77802809	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
77802679--77802809	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
77810629--77810759	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
77810629--77810759	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
77812534--77812571	6	6.3	6	90	9	60	13	2	0	84	0.73
77822938--77823003	35	1.9	35	90	3	107	19	27	27	25	1.99
77822939--77823027	34	2.6	34	83	1	97	22	23	22	31	1.98
77835978--77836077	50	2.0	50	98	0	191	31	16	15	38	1.89
77839332--77839382	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77843996--77844046	25	2.0	25	92	0	84	37	17	5	39	1.74
77846245--77846283	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
77846421--77846472	17	3.1	16	71	17	52	46	1	0	51	1.12
77847371--77847477	35	3.0	34	76	8	90	32	0	22	43	1.60
77847478--77847557	41	1.9	42	85	10	110	32	1	21	45	1.60
77847574--77847671	34	3.0	34	74	15	64	35	1	19	43	1.58
77847518--77847709	88	2.2	88	88	5	282	38	1	17	42	1.59
77847619--77847758	25	5.5	24	81	11	145	37	2	18	42	1.63
77847571--77847656	34	2.7	32	85	5	111	38	1	17	43	1.57
77847601--77847760	54	3.0	54	79	11	161	38	1	17	42	1.60
77847619--77847799	78	2.2	80	81	6	206	37	1	19	41	1.61
77847859--77848235	125	3.0	126	89	2	555	38	16	16	28	1.91
77852344--77852395	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
77852384--77852439	19	3.0	19	71	12	62	62	1	1	33	1.16
77852376--77852455	37	2.1	38	90	2	126	62	2	2	32	1.22
77852385--77852450	18	3.6	18	71	17	55	60	3	1	34	1.21
77852610--77852653	21	2.1	21	82	0	52	38	2	25	34	1.68
77867775--77867834	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
77874844--77874942	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
77880324--77880435	55	2.0	55	81	3	127	19	24	35	20	1.96
77883033--77883196	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77883033--77883230	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77890613--77890776	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77890613--77890810	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77893242--77893287	23	2.0	23	100	0	92	47	17	26	8	1.76
77898104--77898375	47	5.8	47	78	9	238	28	19	29	22	1.98
77898153--77898375	93	2.4	94	81	11	262	27	19	30	21	1.98
77898105--77898374	140	1.9	141	83	5	350	28	19	29	22	1.98
77903220--77903653	215	2.0	216	91	0	699	32	19	20	27	1.97
77907098--77907298	40	5.1	40	88	7	261	28	21	24	25	1.99
77907105--77907285	78	2.3	78	87	9	269	28	20	25	25	1.99
77907151--77907321	40	4.3	39	87	8	140	27	19	26	25	1.99
77913583--77913620	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
77916883--77916944	33	1.9	32	87	9	90	75	14	4	4	1.13
77918121--77918149	13	2.3	13	94	5	51	72	6	6	13	1.26
77919303--77919351	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
77920167--77920333	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
77927297--77927345	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
77928161--77928327	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
77938038--77938154	59	2.0	59	98	0	225	32	24	17	24	1.97
77943419--77943463	23	1.9	23	82	13	56	46	0	4	48	1.22
77944118--77944228	45	2.5	46	83	7	147	21	17	16	45	1.86
77944208--77944255	6	7.8	6	88	2	60	18	22	16	41	1.90
77946100--77946409	47	6.8	45	75	11	272	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77946100--77946409	91	3.4	91	87	3	408	24	28	19	27	1.99
77952710--77952830	55	2.2	55	81	0	143	27	36	17	19	1.94
77953590--77953949	47	7.7	47	71	13	210	24	29	18	27	1.98
77953590--77953952	91	3.9	91	81	5	374	24	29	18	27	1.98
77967622--77967875	47	5.3	49	91	2	358	29	31	8	31	1.87
77971984--77972135	40	3.8	40	93	1	243	25	27	20	26	1.99
77979127--77979205	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
77979077--77979378	47	6.3	49	92	4	465	29	31	8	31	1.87
77983007--77983092	40	2.2	40	85	4	111	36	23	16	24	1.94
77986640--77986718	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
77986590--77986891	47	6.3	49	92	4	465	29	31	8	31	1.87
77990519--77990604	40	2.2	40	85	4	111	36	23	16	24	1.94
77996452--77996530	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
77996402--77996703	47	6.3	49	92	4	465	29	31	8	31	1.87
78000337--78000422	40	2.2	40	85	4	111	36	23	16	24	1.94
78008252--78008283	15	2.1	16	88	11	50	21	3	21	53	1.60
78009328--78009373	23	2.0	23	82	0	56	60	15	23	0	1.34
78010400--78010474	37	2.0	37	100	0	150	32	13	5	49	1.64
78015844--78015922	14	5.8	13	78	19	81	17	3	0	78	0.90
78015844--78015922	6	12.7	6	75	12	61	17	3	0	78	0.90
78015844--78015922	13	6.3	12	77	10	61	17	3	0	78	0.90
78015845--78015915	5	13.8	5	78	19	67	18	4	0	77	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78028216--78028372	43	3.6	42	83	2	197	24	29	20	25	1.99
78028203--78028370	86	2.0	86	86	4	241	23	29	20	26	1.98
78028658--78029091	216	2.0	216	98	0	841	32	20	12	35	1.89
78029360--78029494	70	1.9	70	92	0	225	35	19	13	31	1.90
78030866--78030918	27	2.0	25	82	17	63	33	15	30	20	1.93
78033046--78033086	19	2.2	20	91	8	68	70	0	29	0	0.87
78034612--78034722	45	2.5	45	80	0	141	20	20	17	41	1.90
78034890--78035172	36	7.6	36	72	12	216	35	11	15	37	1.83
78034890--78035185	18	16.1	18	75	9	195	35	11	15	38	1.83
78038781--78038818	19	2.0	19	85	10	51	21	18	21	39	1.93
78040658--78040718	25	2.5	26	84	7	74	16	9	3	70	1.27
78044708--78044745	20	1.9	20	84	10	51	36	7	18	36	1.80
78045328--78045462	67	2.0	67	89	0	207	28	22	12	36	1.91
78047543--78047692	43	3.5	43	89	3	223	29	28	18	24	1.98
78048910--78048943	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
78053226--78053260	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78053439--78053489	21	2.5	20	78	9	57	39	43	0	17	1.49
78053548--78053608	7	8.7	7	77	13	63	45	24	0	29	1.53
78053771--78053948	41	4.4	41	82	6	211	20	21	20	37	1.94
78053864--78053979	41	2.8	41	80	3	117	21	20	17	40	1.91
78058133--78058187	27	2.0	27	100	0	110	45	21	7	25	1.77
78058184--78058216	16	2.1	16	88	11	50	57	27	6	9	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78060274--78060337	33	2.0	32	87	3	92	23	15	7	53	1.68
78061355--78061399	20	2.3	19	81	11	54	17	37	13	31	1.89
78063438--78063638	100	2.0	100	94	0	348	39	18	4	36	1.73
78065429--78065563	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
78065375--78065564	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
78067464--78067496	14	2.3	15	89	5	50	24	15	6	54	1.63
78072050--78072107	18	3.3	17	82	4	62	46	3	18	31	1.66
78072060--78072107	17	2.7	18	83	6	62	47	4	16	31	1.65
78073676--78073781	37	2.9	37	94	0	176	26	31	17	24	1.97
78073931--78074067	50	2.8	48	86	8	213	30	25	6	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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