genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14020434--14020505	31	2.3	31	97	2	135	19	15	15	50	1.79
14024223--14024269	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
14024240--14024318	19	4.2	19	85	9	108	34	15	10	40	1.81
14025642--14025683	21	2.0	21	86	9	59	52	19	2	26	1.58
14025652--14025717	21	3.0	21	73	16	69	54	15	3	27	1.55
14030237--14030414	91	1.9	93	91	4	297	42	22	8	26	1.83
14032438--14032487	20	2.5	20	80	6	57	44	14	12	30	1.81
14038344--14038773	43	10.1	43	80	6	455	28	27	17	27	1.98
14040527--14040641	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
14040527--14040641	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
14042249--14042358	26	4.2	26	91	2	159	37	22	4	35	1.75
14046322--14046436	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
14046322--14046436	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
14046532--14046613	26	3.1	26	85	3	92	29	12	21	36	1.90
14048053--14048162	26	4.2	26	89	2	150	36	22	5	35	1.78
14048945--14048973	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
14051343--14051381	20	2.0	20	100	0	78	56	2	0	41	1.13
14053491--14053702	46	4.6	46	77	8	191	27	17	30	24	1.97
14055194--14055231	20	1.9	20	100	0	76	31	7	10	50	1.66
14055775--14055833	19	3.1	19	100	0	118	30	30	32	6	1.83
14064006--14064069	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
14064261--14064450	24	8.0	24	89	4	269	26	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14064260--14064451	47	4.0	48	89	4	282	26	21	22	29	1.99
14064261--14064451	71	2.7	72	88	4	280	26	21	22	29	1.99
14064508--14064564	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
14064504--14064566	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
14064603--14064650	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
14065795--14065892	27	3.7	27	85	8	107	22	24	21	31	1.98
14065810--14065892	27	3.1	27	87	6	116	20	25	21	32	1.98
14065954--14066061	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
14065951--14066120	54	3.1	54	80	5	166	32	10	18	38	1.85
14066037--14066168	27	4.9	27	81	9	155	29	7	21	41	1.80
14066044--14066182	54	2.6	54	81	8	167	28	7	23	41	1.81
14066162--14066344	27	6.8	27	85	0	195	41	8	20	29	1.81
14066162--14066344	81	2.3	81	88	0	258	41	8	20	29	1.81
14066162--14066398	81	2.9	81	82	0	213	39	8	20	31	1.83
14066341--14066439	27	3.7	27	85	5	121	31	10	18	40	1.83
14066333--14066439	54	2.0	54	83	7	137	31	10	19	38	1.85
14066349--14066454	27	3.9	27	79	9	92	34	9	16	38	1.82
14069093--14069156	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
14069348--14069513	47	3.5	48	87	5	214	27	21	21	29	1.98
14069363--14069513	24	6.4	24	87	5	218	27	21	21	29	1.99
14069572--14069628	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
14069568--14069630	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14069667--14069714	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
14070875--14070957	27	3.1	27	85	3	105	21	24	20	33	1.97
14071017--14071249	27	8.6	27	77	9	154	30	9	19	39	1.84
14071228--14071492	27	9.8	27	88	0	343	40	8	21	28	1.83
14071111--14071260	81	1.9	81	84	2	203	30	7	20	41	1.80
14071489--14071587	27	3.7	27	85	5	121	31	10	18	40	1.83
14071481--14071587	54	2.0	54	83	7	137	31	10	19	38	1.85
14071497--14071602	27	3.9	27	79	9	92	34	9	16	38	1.82
14074369--14074494	43	2.9	43	80	4	148	32	24	14	28	1.94
14083581--14083629	24	2.0	24	100	0	98	32	14	24	28	1.94
14084739--14084846	26	4.2	26	90	0	180	32	7	25	35	1.84
14089096--14089182	42	2.1	42	89	4	131	31	25	16	27	1.96
14090875--14090921	21	2.2	21	84	3	58	72	2	14	10	1.21
14091149--14091173	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
14092047--14092116	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
14099012--14099036	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
14099914--14099983	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
14102147--14102195	23	2.1	23	100	0	98	28	22	8	40	1.82
14105387--14105504	43	2.8	43	79	6	141	33	22	17	25	1.96
14107781--14107807	10	2.7	10	100	0	54	29	40	7	22	1.81
14108013--14108075	31	2.0	31	90	0	99	34	12	14	38	1.84
14108206--14108356	42	3.6	41	84	5	194	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14110370--14110401	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14110670--14110733	25	2.5	27	80	10	71	20	28	18	32	1.96
14110692--14110749	26	2.2	26	84	6	73	20	25	18	34	1.96
14116493--14116671	87	2.1	87	83	2	225	37	22	21	18	1.94
14126980--14127096	40	2.8	41	80	16	134	29	19	23	26	1.98
14126981--14127117	40	3.3	41	75	19	131	28	18	23	29	1.98
14130513--14130588	20	3.9	19	72	8	64	43	14	10	31	1.79
14130741--14130783	22	2.0	22	90	4	70	41	13	6	37	1.72
14139510--14139578	36	1.9	36	100	0	138	46	7	2	43	1.46
14145585--14145829	99	2.5	100	85	2	323	28	26	18	26	1.98
14145585--14145822	49	4.8	49	85	2	296	28	26	18	26	1.98
14148110--14148198	31	3.2	31	60	36	74	39	8	21	30	1.84
14148117--14148201	28	3.1	28	66	27	83	40	10	20	29	1.86
14148095--14148203	53	2.1	53	96	0	200	43	8	20	28	1.80
14148113--14148194	25	3.2	25	66	27	71	41	9	19	29	1.83
14155719--14155964	72	3.4	72	83	2	298	32	28	14	24	1.94
14164540--14164778	46	5.2	46	74	14	181	24	28	17	29	1.97
14167240--14167295	28	2.0	28	100	0	112	53	10	14	21	1.70
14169054--14169176	47	2.6	47	97	0	228	32	27	17	21	1.96
14171604--14171691	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
14171604--14171682	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
14171615--14171691	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14174593--14174763	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
14174585--14174760	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
14177223--14177299	30	2.6	30	80	0	100	23	22	12	41	1.88
14177278--14177337	30	2.0	30	83	6	77	28	18	15	38	1.91
14179027--14179137	55	2.0	55	100	0	222	33	19	3	43	1.69
14181505--14181702	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
14181571--14181688	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
14181539--14181702	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
14185726--14185770	16	2.7	17	86	6	65	17	0	11	71	1.14
14187143--14187204	24	2.7	22	80	9	70	24	30	19	25	1.98
14190128--14190208	35	2.3	35	82	4	92	40	34	13	11	1.80
14195280--14195385	40	2.6	39	83	2	122	22	17	26	33	1.96
14195374--14195476	28	3.7	28	89	2	163	29	13	28	29	1.94
14197183--14197358	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.99
14197179--14197351	93	1.9	93	92	0	292	21	21	28	27	1.99
14200479--14200587	43	2.6	42	78	8	114	31	25	19	23	1.98
14209993--14210087	49	1.9	49	100	0	190	37	18	11	31	1.87
14212446--14212541	36	2.7	36	85	1	122	44	35	7	12	1.70
14217981--14218016	18	1.9	19	88	5	56	38	13	5	41	1.68
14228916--14228967	20	2.7	20	78	3	61	40	11	0	48	1.40
14231529--14231553	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14232258--14232290	16	2.1	16	94	0	57	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14232161--14232902	306	2.5	289	76	11	700	35	14	9	40	1.79
14237098--14237124	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
14241778--14241816	10	3.9	10	96	0	69	69	0	17	12	1.19
14243064--14243122	22	2.7	23	72	15	61	35	0	5	59	1.20
14243080--14243104	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
14254018--14254156	35	4.0	35	85	0	161	30	13	20	35	1.91
14258833--14258857	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14258830--14258882	14	3.8	14	77	7	54	22	5	0	71	1.06
14268818--14268877	10	6.0	10	88	3	86	66	1	10	21	1.30
14270504--14270564	15	4.4	14	75	24	58	77	0	1	21	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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