genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78074037--78074324	47	6.1	47	92	0	459	26	28	11	32	1.91
78074224--78074295	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
78078319--78078397	31	2.5	31	95	0	140	29	26	17	26	1.98
78078421--78078512	42	2.2	42	92	3	150	40	20	10	28	1.86
78078657--78078831	26	6.8	26	88	0	246	27	21	22	28	1.99
78078651--78078831	52	3.5	52	94	2	314	27	20	22	29	1.99
78078881--78078967	20	4.3	20	94	2	140	31	19	12	36	1.89
78078881--78078956	11	7.5	11	66	16	56	30	19	13	36	1.90
78078898--78078974	9	7.8	10	69	16	54	32	19	11	36	1.88
78079674--78079738	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
78079769--78080100	27	12.3	27	76	6	190	30	9	21	39	1.84
78079855--78080086	54	4.3	54	79	5	222	28	9	21	41	1.83
78079771--78080100	54	6.1	53	73	8	218	30	9	21	39	1.84
78080079--78080341	27	9.7	27	88	0	373	40	10	22	27	1.86
78081817--78081861	14	3.3	13	85	14	56	17	0	4	77	0.92
78091779--78091811	6	5.5	6	86	13	50	15	0	0	84	0.61
78091778--78091811	11	2.8	12	91	8	52	14	0	0	85	0.60
78091776--78091811	18	2.1	17	94	5	63	13	0	0	86	0.58
78095440--78095640	103	2.0	103	95	0	366	24	27	18	29	1.98
78096174--78096229	28	2.0	28	96	0	103	44	14	10	30	1.79
78099120--78099159	19	2.1	19	100	0	80	42	20	10	27	1.83
78107538--78107649	56	2.0	57	94	1	199	34	25	21	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78110873--78111063	40	4.8	40	93	2	305	23	21	28	26	1.99
78114458--78114555	39	2.5	40	83	5	128	28	23	26	21	1.99
78114405--78114586	78	2.3	80	81	6	201	25	24	26	23	2.00
78122726--78122799	29	2.6	29	97	0	139	24	17	33	24	1.96
78125609--78125839	40	5.8	40	91	3	317	24	21	27	26	1.99
78133402--78133435	12	2.8	12	86	0	50	11	0	2	85	0.71
78134032--78134072	21	2.0	21	95	0	73	24	31	14	29	1.95
78134033--78134087	21	2.6	21	85	8	67	25	32	14	27	1.95
78141917--78142045	40	3.2	40	85	5	174	22	23	29	24	1.99
78145064--78145265	40	5.2	40	81	8	191	26	22	25	25	2.00
78145063--78145265	80	2.6	76	82	7	221	26	22	25	25	2.00
78148284--78148433	40	3.8	40	80	5	155	26	24	27	22	1.99
78156344--78156473	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
78157814--78157883	35	2.0	35	97	0	131	14	24	40	21	1.90
78165292--78165462	39	4.4	39	82	8	195	30	27	21	21	1.98
78165295--78165481	39	4.8	38	83	6	162	31	26	20	22	1.98
78171682--78171849	40	4.2	40	82	5	171	26	26	20	25	1.99
78171672--78171849	80	2.2	80	80	3	189	25	26	21	26	1.99
78180286--78180330	14	3.1	14	81	12	56	46	2	0	51	1.13
78196383--78196604	40	5.6	40	90	1	331	28	26	22	22	1.99
78204462--78204683	40	5.6	40	90	1	340	29	26	22	21	1.99
78211125--78211348	40	5.6	39	88	4	290	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78211125--78211348	79	2.8	78	86	6	299	26	26	20	26	1.99
78216151--78216220	35	2.0	35	88	0	104	18	22	37	21	1.94
78219327--78219363	13	2.8	13	84	15	58	75	2	5	16	1.10
78222690--78222722	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
78224171--78224209	8	4.9	8	83	0	51	5	25	23	46	1.73
78236709--78236816	26	4.2	26	95	0	198	31	6	26	35	1.82
78240057--78240482	48	9.0	48	92	4	715	34	6	28	30	1.83
78240067--78240482	184	2.2	189	93	3	707	34	6	28	30	1.83
78240057--78240482	232	1.8	232	95	0	771	34	6	28	30	1.83
78240612--78240762	37	4.1	37	94	1	241	26	18	29	25	1.98
78243064--78243106	18	2.4	18	96	0	77	18	32	11	37	1.87
78248486--78248524	20	2.0	20	89	0	60	35	12	2	48	1.55
78257157--78257196	20	1.9	22	90	10	66	25	0	15	60	1.35
78258850--78258973	40	3.2	40	73	17	129	25	29	24	20	1.99
78272829--78272931	30	3.5	30	91	1	154	33	14	26	26	1.95
78280821--78280883	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
78282050--78282114	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
78284260--78284376	31	3.8	31	80	4	121	52	3	0	43	1.24
78302738--78302940	111	1.8	111	89	0	316	39	11	12	36	1.80
78310066--78310190	61	2.0	61	85	8	166	26	31	20	22	1.98
78311749--78311851	14	7.2	14	73	16	72	16	0	38	43	1.55
78311814--78311881	22	3.1	21	77	12	66	16	1	38	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78311812--78311870	15	4.0	15	80	6	59	16	0	40	42	1.49
78311777--78311880	29	3.6	29	78	11	99	17	1	38	42	1.60
78312039--78312108	28	2.5	29	81	6	83	17	1	35	45	1.57
78312083--78312146	21	2.7	23	81	18	78	28	1	32	37	1.67
78311892--78312386	202	2.4	202	93	1	841	25	2	28	43	1.67
78311882--78312223	100	3.4	100	68	12	293	25	2	28	43	1.68
78312236--78312310	28	2.7	29	78	8	86	20	1	33	45	1.59
78312276--78312331	21	2.7	20	88	2	67	25	1	33	39	1.66
78312288--78312331	21	2.1	21	95	0	79	27	2	34	36	1.70
78312296--78312364	28	2.4	30	83	9	90	27	1	28	42	1.64
78312373--78312428	19	3.3	19	62	27	52	42	0	10	46	1.38
78312366--78312444	32	2.5	33	93	4	135	37	0	12	49	1.41
78315574--78315603	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
78316639--78316666	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78317157--78317248	29	3.2	29	98	0	175	30	15	28	26	1.96
78324988--78325052	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
78333130--78333209	31	2.5	33	77	8	92	15	5	18	61	1.51
78333264--78333492	43	5.3	43	84	2	271	28	26	19	25	1.99
78340454--78340489	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
78340785--78340845	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78354073--78354196	48	2.6	46	82	7	149	32	20	28	19	1.97
78354073--78354287	47	4.6	46	72	16	142	31	19	27	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78356143--78356185	6	6.4	7	89	10	56	13	0	41	44	1.44
78359791--78359918	46	2.8	45	81	10	152	26	20	30	22	1.98
78359750--78359918	92	1.8	93	82	11	222	27	18	30	23	1.98
78361945--78362011	33	2.0	33	100	0	134	37	8	23	29	1.86
78363174--78363462	49	5.9	49	95	0	515	32	8	29	29	1.87
78363549--78363676	37	3.4	37	97	1	238	23	18	32	25	1.97
78366039--78366180	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
78366078--78366206	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
78368731--78369002	40	6.8	40	94	0	472	24	20	28	25	1.99
78372606--78372950	49	6.9	49	91	4	555	32	8	28	30	1.87
78372682--78372771	27	3.3	27	67	27	80	32	4	28	34	1.77
78376895--78376965	28	2.5	28	84	8	83	30	25	12	30	1.93
78381277--78381536	46	5.6	46	71	15	203	22	19	28	29	1.98
78381314--78381476	47	3.5	47	71	14	147	23	19	26	30	1.98
78381277--78381529	93	2.7	93	90	1	400	22	19	28	29	1.98
78388918--78389017	27	3.7	28	82	9	109	40	20	10	30	1.85
78388918--78389024	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
78389002--78389062	27	2.3	27	85	0	77	32	29	8	29	1.86
78389013--78389223	27	7.8	27	88	0	278	27	24	8	38	1.84
78389094--78389425	27	12.2	27	78	6	107	35	20	9	34	1.85
78389000--78389358	54	6.6	54	81	1	180	33	22	8	35	1.85
78389202--78389431	27	8.4	27	78	5	140	38	19	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78389485--78389576	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
78390379--78390450	26	2.8	26	95	2	128	26	27	23	22	1.99
78390595--78390686	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
78390710--78390788	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
78396909--78397066	40	4.0	40	86	6	198	28	22	25	24	1.99
78396909--78397094	40	4.7	40	84	7	195	27	22	25	24	2.00
78397002--78397113	40	2.8	40	85	5	111	25	21	27	25	1.99
78400110--78400147	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
78405993--78406483	43	11.4	42	75	6	337	36	21	14	27	1.92
78405985--78406496	86	6.0	86	78	1	479	36	20	14	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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