genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  270  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83059290--83059344	27	2.0	27	86	6	76	38	20	20	21	1.94
83059345--83059462	27	4.4	27	83	2	148	25	22	18	33	1.96
83059349--83059462	53	2.1	54	87	6	162	25	22	17	34	1.96
83064248--83064381	27	5.0	26	79	8	126	37	20	10	32	1.86
83064220--83064380	54	3.0	54	77	8	175	37	20	10	31	1.87
83064333--83064394	27	2.3	26	83	5	70	45	17	8	29	1.77
83064227--83064393	81	2.1	80	80	7	178	40	19	9	30	1.83
83064373--83064808	27	16.2	27	86	1	491	30	21	7	40	1.80
83065313--83065437	6	20.3	6	68	16	51	20	19	12	48	1.81
83065325--83065416	31	3.0	31	81	0	112	19	21	13	45	1.84
83068522--83068729	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
83068622--83068729	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
83076645--83076852	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
83076745--83076852	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
83082090--83082273	40	4.6	40	79	5	203	25	24	23	27	2.00
83082090--83082273	80	2.3	81	83	7	234	25	24	23	27	2.00
83112750--83112794	20	2.2	20	92	0	72	46	2	11	40	1.52
83116221--83116284	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
83116479--83116644	24	7.0	24	84	4	221	27	21	21	30	1.98
83116478--83116644	47	3.5	48	86	8	225	26	21	20	30	1.98
83116479--83116644	71	2.3	71	88	3	235	27	21	21	30	1.98
83116693--83116753	20	3.3	20	68	25	62	32	21	11	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83116705--83116743	14	2.6	14	84	8	51	33	20	10	35	1.86
83124341--83124403	30	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
83124595--83124759	23	7.0	24	87	6	230	26	21	23	29	1.99
83124595--83124759	71	2.3	70	90	4	251	26	21	23	29	1.99
83124808--83124874	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
83124808--83124863	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
83124911--83124958	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
83136784--83136814	8	3.9	8	95	0	53	51	3	25	19	1.62
83141180--83141223	20	2.2	20	95	0	79	47	0	18	34	1.49
83142968--83143021	21	2.5	22	81	3	65	18	31	33	16	1.93
83145676--83145841	40	4.2	40	82	3	185	24	27	22	26	2.00
83153699--83153866	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
83157915--83158042	48	2.7	48	90	2	186	21	14	26	37	1.92
83159097--83159163	34	2.0	33	86	13	93	22	22	22	32	1.98
83163399--83163447	25	2.0	25	83	0	62	32	22	16	28	1.95
83163493--83163548	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
83163482--83163548	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
83163596--83163671	24	3.2	24	94	3	136	30	19	19	30	1.97
83163598--83163670	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
83163885--83163945	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
83168686--83168788	29	3.6	28	88	2	134	27	27	16	29	1.97
83176711--83176813	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83184928--83184975	25	1.9	25	86	0	69	37	25	14	22	1.92
83185023--83185078	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
83185012--83185078	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
83185129--83185200	23	3.1	23	100	0	144	29	20	20	29	1.98
83185415--83185478	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
83192763--83192909	73	2.0	73	94	0	258	48	20	15	15	1.81
83194011--83194052	21	2.0	20	90	4	66	47	0	4	47	1.23
83194027--83194095	30	2.2	33	80	17	83	44	1	5	47	1.35
83196541--83196767	46	5.0	46	82	2	251	40	13	23	21	1.89
83198872--83198977	40	2.6	40	89	1	167	20	18	27	33	1.96
83201209--83201458	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
83209381--83209627	40	6.2	40	88	3	358	25	23	29	22	1.99
83211664--83211873	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83219795--83220004	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83223233--83223350	40	3.0	40	93	0	200	22	18	28	29	1.98
83226416--83226626	27	7.8	27	85	0	242	30	22	8	38	1.84
83226416--83226655	54	4.4	54	82	4	243	31	22	8	37	1.84
83226578--83226931	27	13.2	27	83	2	356	38	22	8	30	1.84
83226619--83226946	161	2.0	161	84	5	430	40	20	8	29	1.83
83226951--83227004	27	2.0	27	85	0	72	40	22	14	22	1.90
83228374--83228517	43	3.3	43	87	0	225	27	35	17	20	1.94
83230638--83230799	40	4.1	40	87	3	220	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83230638--83230815	80	2.2	80	87	4	245	25	23	26	24	2.00
83235683--83235715	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
83236007--83236049	14	3.1	14	93	0	77	39	0	37	23	1.55
83236115--83236144	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
83237239--83237273	17	2.1	17	88	0	52	17	0	28	54	1.43
83237343--83237527	41	4.5	41	92	0	300	22	23	21	33	1.97
83241071--83241130	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
83247517--83247763	49	5.0	50	80	4	266	25	17	26	30	1.98
83247520--83247749	100	2.3	98	87	2	307	25	17	25	31	1.97
83251758--83251885	47	2.7	48	83	5	147	28	20	28	21	1.98
83259310--83259360	23	2.1	26	82	10	63	50	7	7	33	1.60
83262261--83262375	29	4.0	29	87	6	164	27	29	15	26	1.96
83262252--83262367	57	2.0	57	90	3	180	26	31	16	25	1.96
83263705--83263744	8	5.0	8	96	0	71	12	2	37	47	1.55
83263705--83263752	16	3.0	16	90	0	60	14	2	33	50	1.55
83263705--83263752	24	2.0	24	87	0	69	14	2	33	50	1.55
83263707--83263760	24	2.2	24	83	0	63	18	1	27	51	1.56
83265356--83265642	40	7.2	40	84	2	328	25	26	23	24	2.00
83265356--83265561	80	2.6	80	99	0	403	24	28	23	23	2.00
83265356--83265642	80	3.6	80	90	4	402	25	26	23	24	2.00
83270657--83270763	28	3.8	28	88	0	142	31	24	9	34	1.87
83270657--83270763	56	1.9	56	88	0	160	31	24	9	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83277638--83277822	101	1.8	99	88	2	280	27	18	24	29	1.98
83277645--83277835	50	3.8	50	87	1	258	27	19	24	28	1.98
83280037--83280119	29	2.9	27	82	8	85	27	30	15	26	1.96
83280334--83280378	8	5.6	8	86	0	63	8	24	22	44	1.81
83280334--83280380	24	2.0	24	100	0	94	10	25	21	42	1.85
83280334--83280384	16	3.2	16	85	0	66	9	23	19	47	1.79
83286887--83287068	78	2.3	80	83	6	237	26	26	21	24	2.00
83286893--83287068	40	4.4	40	84	8	227	26	26	22	25	2.00
83289287--83289358	36	2.0	36	100	0	144	33	13	16	36	1.89
83291354--83291418	32	2.0	32	96	0	121	55	13	6	24	1.61
83291638--83291712	34	2.3	34	83	4	91	22	24	16	37	1.93
83295994--83296151	43	3.7	43	80	7	162	29	28	18	23	1.98
83298589--83298650	31	2.0	31	96	0	115	24	25	9	40	1.85
83300646--83300816	45	3.8	45	76	18	183	29	28	19	21	1.98
83300650--83300835	45	4.1	45	70	19	120	29	28	19	22	1.98
83306136--83306306	91	1.9	92	92	1	290	28	29	20	21	1.98
83306129--83306302	46	3.8	46	80	10	203	29	29	20	21	1.98
83306134--83306321	46	4.1	44	70	19	116	29	28	20	21	1.98
83307842--83307947	24	4.3	23	77	10	88	33	16	24	24	1.96
83308096--83308126	15	2.1	15	100	0	62	38	19	0	41	1.51
83308099--83308143	19	2.4	19	78	14	56	44	17	0	37	1.49
83312307--83312445	39	3.6	39	83	7	167	28	29	17	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83312276--83312445	79	2.2	78	83	3	207	28	28	18	24	1.98
83312276--83312491	40	5.5	39	78	10	181	28	27	18	25	1.98
83320432--83320656	40	5.7	40	79	5	206	25	27	21	25	1.99
83320432--83320656	80	2.8	80	80	6	242	25	27	21	25	1.99
83320432--83320653	79	2.8	80	79	8	220	25	27	20	25	1.99
83320434--83320657	119	1.9	120	81	6	276	25	27	21	25	1.99
83325766--83325896	48	2.7	48	89	0	190	24	17	31	26	1.97
83325768--83325937	48	3.6	47	82	4	162	26	15	30	27	1.96
83326410--83326525	58	2.0	58	100	0	232	18	13	20	46	1.83
83327347--83327485	49	2.8	49	80	2	154	25	15	30	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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