genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.383.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  383  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117839023--117839054	11	2.9	11	95	0	55	0	15	9	75	1.05
117839037--117839079	5	8.4	5	80	14	52	0	16	2	81	0.79
117839037--117839075	11	3.6	11	86	13	55	0	15	2	82	0.79
117845939--117846045	26	4.1	26	87	0	151	27	25	25	22	2.00
117853986--117854061	37	2.1	37	100	0	152	56	10	18	14	1.66
117856649--117856687	5	7.6	5	83	16	53	58	0	0	41	0.98
117860438--117860478	21	2.0	21	95	0	73	2	53	21	21	1.57
117866812--117866840	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
117869639--117869706	35	1.9	35	93	0	118	39	19	16	25	1.91
117870611--117870639	8	3.6	8	100	0	58	48	41	0	10	1.37
117870634--117870674	7	5.9	7	85	0	55	43	43	0	12	1.41
117870634--117870674	21	2.0	21	90	0	64	43	43	0	12	1.41
117870634--117870674	14	2.9	14	85	0	64	43	43	0	12	1.41
117871300--117871339	7	5.9	7	94	5	73	40	45	0	15	1.46
117871300--117871336	13	2.8	13	95	4	65	40	43	0	16	1.48
117871381--117871446	14	4.7	13	77	9	51	46	33	0	19	1.50
117871419--117871453	15	2.3	15	90	0	52	42	37	0	20	1.52
117872015--117872485	114	4.1	114	81	4	482	29	18	20	31	1.97
117872419--117872530	40	2.8	39	86	5	143	26	24	20	28	1.99
117874947--117875263	46	6.7	46	76	9	250	24	29	19	26	1.99
117874950--117875263	94	3.3	93	80	6	332	24	28	19	26	1.99
117887718--117887861	55	2.6	54	82	2	162	20	26	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117892371--117892410	20	2.0	20	100	0	80	30	30	10	30	1.90
117892288--117892504	114	1.9	114	84	1	292	24	27	17	29	1.97
117892391--117892508	46	2.5	48	86	2	159	27	26	16	30	1.96
117896100--117896137	17	2.1	18	90	9	60	73	0	21	5	1.02
117896111--117896145	17	2.1	17	88	0	52	80	2	11	5	1.00
117898000--117898108	26	4.2	26	91	1	175	33	5	23	36	1.78
117898000--117898108	52	2.1	51	98	1	209	33	5	23	36	1.78
117903679--117903813	26	5.2	26	94	1	227	33	5	25	36	1.78
117903679--117903813	51	2.6	52	96	1	245	33	5	25	36	1.78
117907177--117907460	137	2.1	136	97	1	534	31	25	19	24	1.98
117907209--117907419	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
117907706--117907758	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
117909227--117909328	25	4.2	25	90	5	156	38	23	4	33	1.76
117913099--117913309	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
117913065--117913351	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
117913599--117913645	23	2.0	24	83	8	60	25	14	21	38	1.92
117915124--117915259	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
117919030--117919316	137	2.1	137	96	0	520	32	24	18	25	1.97
117919564--117919616	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
117921099--117921234	26	5.2	26	92	0	227	36	25	5	33	1.80
117923026--117923062	6	6.0	6	87	6	56	5	0	45	48	1.25
117923026--117923062	18	2.0	18	94	5	65	5	0	45	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117926494--117926541	24	2.0	24	84	8	62	35	27	6	31	1.82
117933989--117934076	41	2.1	41	95	2	158	37	12	22	27	1.90
117935347--117936170	180	4.6	176	82	5	920	28	22	17	30	1.97
117935365--117936170	359	2.3	358	83	4	1034	28	23	17	30	1.97
117964894--117964944	26	1.9	27	88	4	77	52	5	5	35	1.50
117970256--117970406	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
117977772--117977922	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
117979512--117979598	15	6.0	14	76	12	61	25	8	1	65	1.27
117979519--117979552	14	2.3	15	90	5	52	23	5	2	67	1.26
117979557--117979623	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
117979510--117979596	44	2.0	44	82	13	108	25	8	1	65	1.27
117979728--117979825	25	3.9	24	70	13	72	32	7	2	58	1.37
117983927--117983980	27	2.0	27	100	0	108	18	11	22	48	1.79
117990390--117990483	48	2.0	48	89	4	145	40	12	6	40	1.69
117992751--117992829	25	3.2	25	75	13	74	25	21	20	32	1.97
117995596--117995651	28	2.1	28	83	6	71	21	14	7	57	1.61
117997451--117997502	26	2.0	26	100	0	104	23	11	15	50	1.76
117998104--117998138	15	2.3	15	95	0	61	40	2	11	45	1.55
118001392--118001482	25	3.6	25	85	4	130	34	23	18	24	1.96
118005132--118005255	58	2.1	58	83	5	153	46	4	18	30	1.67
118009456--118009509	27	2.1	26	82	6	65	50	5	0	44	1.25
118010249--118010343	36	2.7	35	79	9	113	66	3	3	27	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118010314--118010355	17	2.5	17	84	3	50	69	7	0	23	1.13
118015105--118015233	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
118020092--118020220	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
118021828--118021857	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
118025107--118025223	58	2.0	58	93	0	198	39	12	11	35	1.81
118027581--118027701	54	2.2	54	85	2	163	25	22	29	22	1.99
118029657--118029700	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
118030306--118030384	31	2.6	29	83	15	88	13	32	26	26	1.94
118030325--118030389	31	2.1	31	100	0	130	13	30	23	32	1.93
118040238--118040305	23	2.9	24	88	4	102	13	23	23	39	1.90
118040242--118040318	23	3.2	24	85	3	66	15	23	19	41	1.89
118047918--118048326	46	8.9	46	85	1	426	41	14	24	20	1.89
118049026--118049445	210	2.0	211	90	1	673	27	27	18	27	1.98
118049565--118049602	18	2.2	18	85	4	51	68	18	2	10	1.30
118059894--118060064	46	3.7	46	77	14	199	28	28	21	21	1.99
118059899--118060068	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
118062467--118062514	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
118065465--118065635	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
118065460--118065632	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
118071085--118071196	46	2.4	46	87	0	152	17	22	16	43	1.87
118079987--118080122	45	3.0	47	69	13	138	24	18	27	29	1.98
118092239--118092357	46	2.6	47	89	2	170	21	22	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118094410--118094461	11	4.5	11	81	9	59	63	1	0	34	1.06
118095302--118095585	141	2.0	141	95	0	514	45	17	9	27	1.80
118096519--118096543	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
118110377--118110406	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
118111780--118111828	26	2.0	24	88	8	71	32	0	4	63	1.13
118118502--118118694	43	4.5	42	74	13	155	29	26	20	23	1.99
118118543--118118689	43	3.5	42	75	12	156	28	27	19	24	1.99
118118502--118118694	85	2.3	85	92	0	314	29	26	20	23	1.99
118119474--118119499	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
118123340--118123377	2	19.0	2	88	0	58	50	0	2	47	1.15
118124624--118124676	12	4.5	13	73	20	53	64	3	0	32	1.12
118124751--118124830	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
118124751--118124831	12	6.8	12	75	12	78	65	1	3	29	1.17
118124747--118124826	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
118125250--118125316	22	3.0	22	88	0	98	13	0	49	37	1.42
118125274--118125329	13	4.6	13	76	17	57	12	0	50	37	1.41
118125425--118125454	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
118125647--118125741	44	2.1	45	88	1	147	26	23	14	35	1.93
118125736--118127221	176	8.4	176	77	8	1025	26	24	17	31	1.97
118125869--118127049	132	8.9	132	93	0	1993	26	23	18	31	1.97
118125882--118127181	396	3.3	395	89	2	1912	26	24	18	31	1.97
118127026--118127320	132	2.2	132	95	0	527	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118125869--118127181	264	5.0	263	91	1	1961	26	23	18	31	1.97
118125882--118127335	396	3.7	395	87	2	1899	26	24	17	31	1.97
118125869--118127327	308	4.7	307	77	8	1050	26	24	17	31	1.97
118127348--118127833	205	2.4	205	91	0	774	29	21	18	30	1.97
118127982--118128102	61	1.9	65	86	6	178	37	14	16	32	1.88
118129213--118129264	20	2.5	21	73	17	54	9	0	13	76	1.01
118132494--118132540	19	2.5	19	86	6	60	42	10	21	25	1.85
118135307--118135394	3	29.3	3	72	24	55	67	1	3	28	1.14
118135307--118135390	12	6.8	12	76	20	68	66	1	3	28	1.15
118135303--118135371	18	3.7	18	81	14	86	62	1	2	33	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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